Locus 7981

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 21,107,996 – 21,108,116
Length 120
Max. P 0.947670
window13030

overview

Window 0

Location 21,107,996 – 21,108,116
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 96.00
Mean single sequence MFE -37.48
Consensus MFE -33.08
Energy contribution -33.52
Covariance contribution 0.44
Combinations/Pair 1.09
Mean z-score -1.66
Structure conservation index 0.88
SVM decision value 1.37
SVM RNA-class probability 0.947670
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 21107996 120 - 23771897
AUCUCAUCGGCUCCUUCGCCGGAGAGGAUCAUCUUGAUGCCUGUGCUCUUGAUAUAUCUAGCUAGUAGCAGCAUGGGCAAACUACAUCUCACUGUGGUCACAUCAUAGGUUUCAAGGUGG
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>DroSec_CAF1 158628 120 - 1
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>DroSim_CAF1 66268 120 - 1
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>DroEre_CAF1 81380 120 - 1
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>DroYak_CAF1 53192 120 - 1
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>consensus
AUCUCAUCGGCUCCUUCGCCGGAGAGGAUCAUCUUGAUGCCGGUGCUCUUGAUAUAUCUAGCCAGUAACAGCAUGGGCAAACUACAUCUCACGGUGGUCACAUCAUAGGUUUCCAGGUGG
.((((..((((......))))..)))).((((((.((((((((((((.(((..............))).)))))))))).(((((........))))).............)).)))))) (-33.08 = -33.52 +   0.44)

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