Locus 7978

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 21,106,048 – 21,106,162
Length 114
Max. P 0.939638
window13026

overview

Window 6

Location 21,106,048 – 21,106,162
Length 114
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 90.98
Mean single sequence MFE -39.00
Consensus MFE -31.24
Energy contribution -32.00
Covariance contribution 0.76
Combinations/Pair 1.10
Mean z-score -2.01
Structure conservation index 0.80
SVM decision value 1.28
SVM RNA-class probability 0.939638
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 21106048 114 + 23771897
AGGAA------ACCACCUGUUGGCGCGGCGCCAUGUUAGUUAACAGCGGGCUGUAUUUCGGGGAGCUUUUCGGUAACAUUCUGUUAAUGCAGAUAGUAAACAGAUGUUACUGAGCUUUCU
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>DroSec_CAF1 156465 114 + 1
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>DroSim_CAF1 64077 114 + 1
AGGAA------ACCACCUGUUGGCGUGGCGCCAUGUUAGUUAACAGCGUGCUGUAUUUCGGGGAGCUUUUCGGUAACACUCUGUUACUGCGGAUGGUCAACAGAUGUUACUGAGCUUUCU
.((((------(((((((((((((.((((.....)))))))))))).)))..)).))))((..(((...(((((((((.(((((((((......))).))))))))))))))))))..)) ( -40.90)
>DroEre_CAF1 78925 114 + 1
AGGAA------ACCACCUGUUGGCGUGGCGCCAUGUUAGUUAACAGCGGGCUGUAUUUCAGGGAGCUUUUCGGUAACAUUCUCUUACUGCGAACGGUUAACAGAUGUUACGGAGCUUUCU
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>DroYak_CAF1 50927 119 + 1
AGGAAACCGAAACCACCUGUUGGCGUGGCGCCA-GUUAGUUAACAGCGUGCUGUAUUUCGGGGAGCUUUUCGGUAACAUUCUGUUACUGGGGAUGGUCAACAGAUGUUACUGAGCUUUAU
......((((((.(((((((((((.((((....-)))))))))))).))).....))))))(((((...((((((((((.((((((((......))).)))))))))))))))))))).. ( -43.90)
>consensus
AGGAA______ACCACCUGUUGGCGUGGCGCCAUGUUAGUUAACAGCGGGCUGUAUUUCGGGGAGCUUUUCGGUAACAUUCUGUUACUGCGGAUGGUCAACAGAUGUUACUGAGCUUUCU
.((((...........(((.(((((...)))))...)))...((((....)))).))))(((((((...(((((((((.((((((((((....)))).)))))))))))))))))))))) (-31.24 = -32.00 +   0.76)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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