Locus 7862

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 21,007,423 – 21,007,543
Length 120
Max. P 0.793607
window12799

overview

Window 9

Location 21,007,423 – 21,007,543
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 87.50
Mean single sequence MFE -39.87
Consensus MFE -33.93
Energy contribution -33.77
Covariance contribution -0.16
Combinations/Pair 1.25
Mean z-score -1.94
Structure conservation index 0.85
SVM decision value 0.59
SVM RNA-class probability 0.793607
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 21007423 120 - 23771897
GCAAAACGGAUAGUUGGGCAUGUCCAGAAGGGUGACAACGGUGCCGCAUAGCGGGAAACUGUUGCGGAAUGUGUACGUCACGGAGGUCUUCUUUUUGCUAAAUAUUUUGGUAAUGACCAG
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>DroGri_CAF1 19792 120 - 1
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>DroSim_CAF1 33575 120 - 1
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((((((.((((.((((((....))))))...(((((.(((...(((((..((((....)))))))))..)))....)))))....))))...)))))).........((((....)))). ( -40.40)
>DroWil_CAF1 3789 120 - 1
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>DroYak_CAF1 30935 120 - 1
GCAAAACGGAUAGUUGGGCAUGUCCAGAAGGGUGACAACGGUGCCGCAUAGCGGGAAACUGUUGCGGAAUGUGUACGUCACAGAGGUCUUCUUUUUGCUAAAUAUUUUGGUAAUGACCAG
((((((.(((((........)))))(((((((((((.(((...(((((..((((....)))))))))..)))....))))).....)))))))))))).........((((....)))). ( -40.10)
>DroAna_CAF1 21398 120 - 1
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>consensus
GCAAAACGGAUAGUUGGGCAUGUCCAGCAGGGUGACAACGGUGCCGCAUAGCGGGAAACUGUUGCGGAAUGUGUACGUCACAGAGGUCUUCUUUUUGCUAAAGAUUUUGGUAAUGACCAG
((((((.(((..((((((....))))))...(((((.(((...(((((..((((....)))))))))..)))....))))).......))).)))))).........((((....)))). (-33.93 = -33.77 +  -0.16)

alignment

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