| Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 21,002,578 – 21,002,692 |
| Length | 114 |
| Max. P | 0.739044 |
| Location | 21,002,578 – 21,002,692 |
|---|---|
| Length | 114 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 74.37 |
| Mean single sequence MFE | -45.90 |
| Consensus MFE | -18.46 |
| Energy contribution | -20.18 |
| Covariance contribution | 1.72 |
| Combinations/Pair | 1.41 |
| Mean z-score | -2.09 |
| Structure conservation index | 0.40 |
| SVM decision value | 0.44 |
| SVM RNA-class probability | 0.739044 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 21002578 114 - 23771897 UAGUGAUUCUGCAGGUAAACAUAG---CCGCCAACACUGCCGCUAUCUGUGCAGGUGGAGGCGU---UGGCUGAUCCUGGCUGUUGCGCUCCAGCCAGCUCAUACUGGGUGGAACCACUU .((((.(((..(.((((.......---..((((((...(((.((((((....)))))).)))))---))))(((..(((((((........))))))).)))))))..)..))).)))). ( -46.40) >DroGri_CAF1 15355 111 - 1 UAAUGAUUCUGCAGGUAAACAUAA---CCACCGACGCUGUCCGUGGUCGAGCUGCUGGAGCCGUGUGUGGCAGCCACCG------GUGCUCCAGCCAGAUCAUAUUGGGUGGAGCCGCUG ..........((.(((.......(---((((.(((...))).))))).(.(((((((.(......).))))))))))).------(.((((((.((((......)))).))))))))).. ( -38.90) >DroEre_CAF1 28823 114 - 1 UAGUGGUUCUGCAGGUAAACAUAG---CCGCCGACACUGCCGCUGUCUGUGCAGGUGGAGGCAU---UGGCUGAUCCUGGCUGUUGCGCUCCAGCCAGCUCAUACUGGGUGGAACCACUU .((((((((..(.((((....(((---(((((..((((..(((.....)))..))))..)))..---.)))))...(((((((........)))))))....))))..)..)))))))). ( -51.50) >DroWil_CAF1 24 111 - 1 UAAUGAUUCUGCAAAUAGACAUAACCGCCGCCAACACUCCCACUAUCG------GUGGAUGUGU---UCGAACCACCCGGUGGUGGCGCUCCGGCUAAAUCAUACUGAGUGGAUCCACUG ..((((((..((....((.......((((((((((((..((((.....------))))..))))---)...(((....))))))))))))...))..))))))....((((....)))). ( -36.41) >DroYak_CAF1 26382 114 - 1 UAGUGAUUCUGCAGGUAAACAUAG---CCACCAACACUGCCGCUAUCUGUGCAGGUGGAGGCGU---UGGCUGAUCCCGGCUGUUGCGCUCCAGCCAGCUCAUACUGGGUGGAACCACUU .((((.(((..(.((((......(---((.(((...((((.((.....)))))).))).)))((---((((((.....(((......))).))))))))...))))..)..))).)))). ( -44.10) >DroAna_CAF1 17130 111 - 1 UAGUGGUUCUGCAGGUAGACAUAG---CCGCCGACGCUGCUGCCGUCGGUGGAGGUGG---CGG---UGACGGAGCCCUGGGGUGGUCCUCCAGCCAAGUCGUACUGGGUGGAGCCACUG (((((((((..(.(((((((....---((((((((((....).)))))))))...(((---((.---...)((((.((......))..)))).)))).))).))))..)..))))))))) ( -58.10) >consensus UAGUGAUUCUGCAGGUAAACAUAG___CCGCCAACACUGCCGCUAUCUGUGCAGGUGGAGGCGU___UGGCUGAUCCCGGCUGUUGCGCUCCAGCCAGCUCAUACUGGGUGGAACCACUG .((((.....((...............(((((..(((...........)))..)))))..........(((((....)))))...))..((((.((((......)))).))))..)))). (-18.46 = -20.18 + 1.72)
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