Locus 7804

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 20,864,625 – 20,864,761
Length 136
Max. P 0.994221
window12698 window12699 window12700 window12701

overview

Window 8

Location 20,864,625 – 20,864,740
Length 115
Sequences 5
Columns 118
Reading direction forward
Mean pairwise identity 90.79
Mean single sequence MFE -36.88
Consensus MFE -29.32
Energy contribution -29.32
Covariance contribution 0.00
Combinations/Pair 1.21
Mean z-score -2.86
Structure conservation index 0.80
SVM decision value 2.46
SVM RNA-class probability 0.994221
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 20864625 115 + 23771897
UUUCCAUAGCCGUUUUUCCAAUUAUUCGCGCUGCUGCAGCAGCAGCUGCUGCCAUAUAGCAUAUA---UGUAUGUAUGUACAUAGCUAUAGGAUUAACCGAUGCUGAUGUGGGCAGAU
..((((((((.(((..(((........(((((((((...))))))).)).....((((((...((---(((((....))))))))))))))))..)))....)))...)))))..... ( -35.40)
>DroSec_CAF1 121260 115 + 1
UUUCCAUAGCAGUUUUUCCAAUUAUUCGCGCUGCUGCAGCAGCAGCUGCUGCCAUAUAGCAUAUG---UAUAUGUAUGUACAUAGCUAUAGGAUUAACCGAUGCUGAUGUGGGCAGAU
..((((((.((((...((.........(((((((((...))))))).))..((.((((((.((((---((((....)))))))))))))))).......)).)))).))))))..... ( -39.80)
>DroSim_CAF1 123623 115 + 1
UUUCCAUAGCCGUUUUUCCAAUUAUUCGCGCUGCUGCAGCAGCAGCUGCUGCCAUAUAGCAUAUG---UAUAUGUAUGUACAUAGCUAUAGGAUUAACCGAUGCUGAUGUGGGCAGAU
..((((((((.(((..(((........(((((((((...))))))).)).....((((((.((((---((((....)))))))))))))))))..)))....)))...)))))..... ( -38.00)
>DroEre_CAF1 121615 118 + 1
UUUCCAUAGCCGUUUUUCCAAUUAUUCGCGCUGCUGCAGCAGCUGCCACUGCCACAUAGCACAUAGCACAUAUAUGUGUACAUGGCUAUAGGUUUAACCGAUGCUGAUGUGGGCAGAU
...........................(((((((....))))).))..(((((((((((((((((((.(((.((....)).)))))))).((.....))).)))).)))).))))).. ( -34.50)
>DroYak_CAF1 121652 110 + 1
UUUCCAUAGCCGUUUUUCCAAUUAUUCGCGCUGCUGCAGCAGCUGCCUCUGCCAUAUAGCAUAUA---CAUA-----GCAUAUAGCUAUGGGUUUAACCGAUGCUGAUGUGGGCAGAU
...........................(((((((....))))).)).(((((((((((((((...---((((-----((.....))))))((.....)).))))).)))).)))))). ( -36.70)
>consensus
UUUCCAUAGCCGUUUUUCCAAUUAUUCGCGCUGCUGCAGCAGCAGCUGCUGCCAUAUAGCAUAUA___UAUAUGUAUGUACAUAGCUAUAGGAUUAACCGAUGCUGAUGUGGGCAGAU
...........................(((((((....))))).))..(((((.....(((((((.......)))))))(((((((....((.....))...))).)))).))))).. (-29.32 = -29.32 +   0.00)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 9

Location 20,864,625 – 20,864,740
Length 115
Sequences 5
Columns 118
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 90.79
Mean single sequence MFE -34.08
Consensus MFE -27.06
Energy contribution -27.18
Covariance contribution 0.12
Combinations/Pair 1.16
Mean z-score -2.56
Structure conservation index 0.79
SVM decision value 2.06
SVM RNA-class probability 0.986835
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 20864625 115 - 23771897
AUCUGCCCACAUCAGCAUCGGUUAAUCCUAUAGCUAUGUACAUACAUACA---UAUAUGCUAUAUGGCAGCAGCUGCUGCUGCAGCAGCGCGAAUAAUUGGAAAAACGGCUAUGGAAA
.........(((.(((....(((..(((....((((((((((((......---..)))).)))))))).((.(((((((...)))))))))........)))..))).)))))).... ( -32.40)
>DroSec_CAF1 121260 115 - 1
AUCUGCCCACAUCAGCAUCGGUUAAUCCUAUAGCUAUGUACAUACAUAUA---CAUAUGCUAUAUGGCAGCAGCUGCUGCUGCAGCAGCGCGAAUAAUUGGAAAAACUGCUAUGGAAA
.........(((.(((((((((((..((((((((((((((........))---)))).)))))).))..((.(((((((...)))))))))...)))))))......))))))).... ( -33.20)
>DroSim_CAF1 123623 115 - 1
AUCUGCCCACAUCAGCAUCGGUUAAUCCUAUAGCUAUGUACAUACAUAUA---CAUAUGCUAUAUGGCAGCAGCUGCUGCUGCAGCAGCGCGAAUAAUUGGAAAAACGGCUAUGGAAA
.........(((.(((....(((..(((....((((((((((((......---..)))).)))))))).((.(((((((...)))))))))........)))..))).)))))).... ( -32.40)
>DroEre_CAF1 121615 118 - 1
AUCUGCCCACAUCAGCAUCGGUUAAACCUAUAGCCAUGUACACAUAUAUGUGCUAUGUGCUAUGUGGCAGUGGCAGCUGCUGCAGCAGCGCGAAUAAUUGGAAAAACGGCUAUGGAAA
..(((((.((((.(((((.((.....)).(((((((((((....)))))).)))))))))))))))))))((((.(((((....))))).(((....)))........))))...... ( -39.10)
>DroYak_CAF1 121652 110 - 1
AUCUGCCCACAUCAGCAUCGGUUAAACCCAUAGCUAUAUGC-----UAUG---UAUAUGCUAUAUGGCAGAGGCAGCUGCUGCAGCAGCGCGAAUAAUUGGAAAAACGGCUAUGGAAA
...(((........)))..........((((((((...(((-----((((---((.....)))))))))...((.(((((....)))))))................))))))))... ( -33.30)
>consensus
AUCUGCCCACAUCAGCAUCGGUUAAUCCUAUAGCUAUGUACAUACAUAUA___UAUAUGCUAUAUGGCAGCAGCUGCUGCUGCAGCAGCGCGAAUAAUUGGAAAAACGGCUAUGGAAA
.........(((.(((....(((..(((....((((((((((((...........)))).))))))))....((.(((((....)))))))........)))..))).)))))).... (-27.06 = -27.18 +   0.12)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 0

Location 20,864,663 – 20,864,761
Length 98
Sequences 5
Columns 101
Reading direction forward
Mean pairwise identity 89.62
Mean single sequence MFE -34.12
Consensus MFE -25.88
Energy contribution -25.88
Covariance contribution 0.00
Combinations/Pair 1.21
Mean z-score -2.79
Structure conservation index 0.76
SVM decision value 1.79
SVM RNA-class probability 0.977565
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 20864663 98 + 23771897
GCAGCAGCUGCUGCCAUAUAGCAUAUA---UGUAUGUAUGUACAUAGCUAUAGGAUUAACCGAUGCUGAUGUGGGCAGAUUUCGAUCAGUUCGCCAGCUGG
....((((((((((((((((((((.((---(((((....)))))))......((.....)).))))).)))).)))))....(((.....))).)))))). ( -32.20)
>DroSec_CAF1 121298 98 + 1
GCAGCAGCUGCUGCCAUAUAGCAUAUG---UAUAUGUAUGUACAUAGCUAUAGGAUUAACCGAUGCUGAUGUGGGCAGAUUUCGAUCAGUUCGCCAGCUGG
(((((....)))))..((((((.((((---((((....))))))))))))))((.....))...((((..((((((.(((....))).))))))))))... ( -33.60)
>DroSim_CAF1 123661 98 + 1
GCAGCAGCUGCUGCCAUAUAGCAUAUG---UAUAUGUAUGUACAUAGCUAUAGGAUUAACCGAUGCUGAUGUGGGCAGAUUUCGAUCAGUUCGCCAGCUGG
(((((....)))))..((((((.((((---((((....))))))))))))))((.....))...((((..((((((.(((....))).))))))))))... ( -33.60)
>DroEre_CAF1 121653 101 + 1
GCAGCUGCCACUGCCACAUAGCACAUAGCACAUAUAUGUGUACAUGGCUAUAGGUUUAACCGAUGCUGAUGUGGGCAGAUUUCGAUCAGUUCGCCAGCUGG
.((((((.(.(((((((((((((((((((.(((.((....)).)))))))).((.....))).)))).)))).))))).....((.....))).)))))). ( -34.50)
>DroYak_CAF1 121690 93 + 1
GCAGCUGCCUCUGCCAUAUAGCAUAUA---CAUA-----GCAUAUAGCUAUGGGUUUAACCGAUGCUGAUGUGGGCAGAUUUCGAUCAGUUCGCCAGCUGG
.((((((..(((((((((((((((...---((((-----((.....))))))((.....)).))))).)))).))))))...(((.....))).)))))). ( -36.70)
>consensus
GCAGCAGCUGCUGCCAUAUAGCAUAUA___UAUAUGUAUGUACAUAGCUAUAGGAUUAACCGAUGCUGAUGUGGGCAGAUUUCGAUCAGUUCGCCAGCUGG
.((((.....(((((.....(((((((.......)))))))(((((((....((.....))...))).)))).)))))....(((.....)))...)))). (-25.88 = -25.88 +   0.00)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 1

Location 20,864,663 – 20,864,761
Length 98
Sequences 5
Columns 101
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 89.62
Mean single sequence MFE -31.00
Consensus MFE -23.16
Energy contribution -23.28
Covariance contribution 0.12
Combinations/Pair 1.17
Mean z-score -3.06
Structure conservation index 0.75
SVM decision value 1.88
SVM RNA-class probability 0.981106
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 20864663 98 - 23771897
CCAGCUGGCGAACUGAUCGAAAUCUGCCCACAUCAGCAUCGGUUAAUCCUAUAGCUAUGUACAUACAUACA---UAUAUGCUAUAUGGCAGCAGCUGCUGC
.((((((.(((.....)))....(((((............((.....))((((((((((((......))))---))...)))))).))))))))))).... ( -26.90)
>DroSec_CAF1 121298 98 - 1
CCAGCUGGCGAACUGAUCGAAAUCUGCCCACAUCAGCAUCGGUUAAUCCUAUAGCUAUGUACAUACAUAUA---CAUAUGCUAUAUGGCAGCAGCUGCUGC
.((((((.(((.....)))....(((((............((.....))((((((((((((........))---)))).)))))).))))))))))).... ( -28.70)
>DroSim_CAF1 123661 98 - 1
CCAGCUGGCGAACUGAUCGAAAUCUGCCCACAUCAGCAUCGGUUAAUCCUAUAGCUAUGUACAUACAUAUA---CAUAUGCUAUAUGGCAGCAGCUGCUGC
.((((((.(((.....)))....(((((............((.....))((((((((((((........))---)))).)))))).))))))))))).... ( -28.70)
>DroEre_CAF1 121653 101 - 1
CCAGCUGGCGAACUGAUCGAAAUCUGCCCACAUCAGCAUCGGUUAAACCUAUAGCCAUGUACACAUAUAUGUGCUAUGUGCUAUGUGGCAGUGGCAGCUGC
.((((((.(((.....)).....(((((.((((.(((((.((.....)).(((((((((((....)))))).))))))))))))))))))).).)))))). ( -38.10)
>DroYak_CAF1 121690 93 - 1
CCAGCUGGCGAACUGAUCGAAAUCUGCCCACAUCAGCAUCGGUUAAACCCAUAGCUAUAUGC-----UAUG---UAUAUGCUAUAUGGCAGAGGCAGCUGC
.((((((.(((.....))....((((((......(((((.((.....))((((((.....))-----))))---...)))))....))))))).)))))). ( -32.60)
>consensus
CCAGCUGGCGAACUGAUCGAAAUCUGCCCACAUCAGCAUCGGUUAAUCCUAUAGCUAUGUACAUACAUAUA___UAUAUGCUAUAUGGCAGCAGCUGCUGC
.((((.(((....(((((((....(((........))))))))))........((((((((((((...........)))).))))))))....))))))). (-23.16 = -23.28 +   0.12)

alignment

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