Locus 7786

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 20,779,655 – 20,779,773
Length 118
Max. P 0.998883
window12674

overview

Window 4

Location 20,779,655 – 20,779,773
Length 118
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 89.48
Mean single sequence MFE -49.25
Consensus MFE -43.04
Energy contribution -42.71
Covariance contribution -0.33
Combinations/Pair 1.15
Mean z-score -4.26
Structure conservation index 0.87
SVM decision value 3.27
SVM RNA-class probability 0.998883
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 20779655 118 - 23771897
GGAGGUGAUUUGCUGACAAAGCGACAAUUCUGUACGUUACGUGGAGAUCGAUCGUGUGACCACGGUCUGAUGCUCGACGGC--CAGUAACGUGCAGAAUUGUGCCCCGGAACAGACACCA
...((((.((((.(..(...((.(((((((((((((((((((.(((((((((((((....))))))).))).))).))...--..)))))))))))))))))))...)..))))))))). ( -51.20)
>DroVir_CAF1 49446 118 - 1
GGAGGUGAUUUGCUGACAAAGCGACAAUUCUGUGCGUUACGUUGAGAUCGAUCGUGUGACCACGGUCUGAUUGUCGACGGC--CACUAACGUGCAGAAUUGUGCCCCGGAACUGAAACUG
((.(((....((((.....))))(((((((((..((((((((((((((((((((((....))))))).)))).))))))..--...)))))..))))))))))))))............. ( -48.20)
>DroGri_CAF1 37445 118 - 1
GGAGGUGAUUUGCUGACAAAGCGACAAUUCUGUGCGUUACGUUGAGAUCGAUCGUGUGACCACGGUCUGAUCAUUGACGAA--CCCUAACGUACAGAAUUGUGCCCCGGAACUGAUACUG
((.(((....((((.....))))(((((((((((((((((((..((((((((((((....))))))).)))).)..)))..--...)))))))))))))))))))))............. ( -49.40)
>DroWil_CAF1 45138 114 - 1
GGAGGUGAUUUGCUGACAAAGCGACAAUUCUGUGCGUUAUGUUGAGAUCGAUCGUGUCACCACGGUCUGAUGCUCGGCGAC--CAAUAACGUACAGAAUUGUGCCCCGGAACUGAA----
((.(((....((((.....))))(((((((((((((((((((((((((((((((((....))))))).))).))))))...--..)))))))))))))))))))))).........---- ( -49.80)
>DroMoj_CAF1 40851 120 - 1
GGAGGUGAUUUGCUGACAAAGCGACAAUUCUGUGCGUUACGUGGAGAUCGAUCGUGUGACCACGGUCUGAUCGAACACGACUCAAAUAACGUGCAGAAUUGUGCCCCGGAACUGAAAAAA
((.(((....((((.....))))(((((((((..(((((((((..(((((((((((....))))))).))))...)))).......)))))..))))))))))))))............. ( -48.81)
>DroAna_CAF1 36995 116 - 1
GGAGGUGAUUUGCUGACAAAGCGACAAUUCUGUGCGUUAUGUGGAGAUCGAUCGUGUCACCACGGUCUGAUGCUCGACGAC--CAGUAACGUGCAGAAUUGUGCCCCGGAACAGACAC--
((.(((....((((.....))))(((((((((..((((((((.(((((((((((((....))))))).))).))).))...--..))))))..))))))))))))))...........-- ( -48.10)
>consensus
GGAGGUGAUUUGCUGACAAAGCGACAAUUCUGUGCGUUACGUGGAGAUCGAUCGUGUGACCACGGUCUGAUGCUCGACGAC__CAAUAACGUGCAGAAUUGUGCCCCGGAACUGAAAC__
((.(((....((((.....))))((((((((((((((((((((((..(((((((((....))))))).))...)))))).......)))))))))))))))))))))............. (-43.04 = -42.71 +  -0.33)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:56:54 2006