Locus 7779

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 20,748,525 – 20,748,633
Length 108
Max. P 0.645765
window12665

overview

Window 5

Location 20,748,525 – 20,748,633
Length 108
Sequences 6
Columns 113
Reading direction forward
Mean pairwise identity 76.05
Mean single sequence MFE -38.68
Consensus MFE -22.78
Energy contribution -24.68
Covariance contribution 1.90
Combinations/Pair 1.41
Mean z-score -1.50
Structure conservation index 0.59
SVM decision value 0.23
SVM RNA-class probability 0.645765
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 20748525 108 + 23771897
G-----AUUCAUGUUUGAGCUGGGCAAGCGAUUUAGUGCGCUGUACCAGUGACAAACUAGUCACGAGCAGGAGGUCCAGCACUCCAUCUGCAUCCAGAUCAGGCAGGAUAACU
.-----((((.(((((((.(((((...(((((..((((((((......(((((......))))).))).((....)).)))))..))).)).))))).))))))))))).... ( -37.50)
>DroPse_CAF1 7992 108 + 1
G-----UCUCGUGCUUGGGUUGGAUAAGCGACUUGGUGCGCUGCUCCAGCGACAGGCUGGACACGAGCAGUAUGUCCAGCACUCCAUCGCCAUCCAGGUCGGGCAGAAUGAUG
(-----((((.(((((((.((((((..((((..((((((((((...))))).)).((((((((.........))))))))...))))))).)))))).)))))))))..))). ( -44.60)
>DroSim_CAF1 4924 108 + 1
G-----AUUCAUGUUUGAGCUGGGCAAGCGAUUUAGUGCGCUGUACCAGUGACAAACUGGUCACGAGCAGCAGGUCCAGCACUCCAUCUCCAUCCAGAUCAGGCAGGAUGACU
.-----((((.((((((((((((((..(((......)))(((((((((((.....)))))).....)))))..)))))))......(((......)))))))))))))).... ( -38.90)
>DroMoj_CAF1 7375 113 + 1
UUUGCUUUGGCUGUUGCUGCUGGAUAAGCGUCUUGGUGCGCUGCUCUAGCGAGAGACUGGAUAUCAGCAAUAUAUCCAACACGCCAUCGCCAUCAAUAUCGGGCAGUAUGAGU
.........(((..(((((((.((((.(((...((((((((((...)))))......(((((((.(....))))))))...))))).)))......)))).)))))))..))) ( -35.70)
>DroAna_CAF1 8371 108 + 1
G-----GCUCGUGUUUCUGCUGUGCCAGCGACUUGGUACGUUGCUCCAGCGACAAACUAGUCACCAGCAGCAAGUCCAGCACUCCAUCGUUAUCAAGAUCCGGAAGAAUGAUG
.-----(((.(..(((((((((((((((....)))))))(((((....)))))............))))).)))..))))....(((((((.((........))..))))))) ( -30.80)
>DroPer_CAF1 7800 108 + 1
G-----UCUCGUGCUUGGGUUGGAUAAGCGACUUGGUGCGCUGCUCCAGCGACAGGCUGGACACGAGCAGUAUGUCCAGCACUCCAUCGCCAUCCAGGUCGGGCAGAAUGAUG
(-----((((.(((((((.((((((..((((..((((((((((...))))).)).((((((((.........))))))))...))))))).)))))).)))))))))..))). ( -44.60)
>consensus
G_____UCUCGUGUUUGAGCUGGACAAGCGACUUGGUGCGCUGCUCCAGCGACAAACUGGACACGAGCAGUAUGUCCAGCACUCCAUCGCCAUCCAGAUCGGGCAGAAUGAUG
...........(((((((.(((((...((((...((((((((((((((((.....)))))).....))))).......)))))...))))..))))).)))))))........ (-22.78 = -24.68 +   1.90)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:56:45 2006