Locus 7722

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 20,616,586 – 20,616,705
Length 119
Max. P 0.745726
window12570

overview

Window 0

Location 20,616,586 – 20,616,705
Length 119
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 96.82
Mean single sequence MFE -34.50
Consensus MFE -30.92
Energy contribution -31.00
Covariance contribution 0.08
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -1.35
Structure conservation index 0.90
SVM decision value 0.46
SVM RNA-class probability 0.745726
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 20616586 119 - 23771897
UGUUAAUUAGCCCACGGUAGGCGCCAGUCUACAGCCGACAGUAGC-GAAACAUUUUGUUGUCGUCGCUUUUGUACAAUUAAAACGUGAUCAGGCUCUGGACAGGCAGCUACAAAUUUGUC
.(((.....(((.......)))(((.(((((.((((((((...((-(((....)))))))))((((((((((......))))).)))))..)))).))))).))))))............ ( -34.20)
>DroSec_CAF1 61381 119 - 1
UGUUAAUUAGCCCACGGUAGGCGCCAGUCUACAGCCGACAGUAGC-GAAACACUUUGUUGUCGUCGCUUUUGUACAAUUAAAACGUGAUCAGGCUCUGGACAGGCAGCUACAAAUUUGUC
.(((.....(((.......)))(((.(((((.((((((((...((-(((....)))))))))((((((((((......))))).)))))..)))).))))).))))))............ ( -34.40)
>DroAna_CAF1 83204 120 - 1
UGUUAAUUAGCCUACGAUAGGCGCCAGUCUACAGUCGACGGUAGCAGAAACAUUUUGUUGUCGUCGCUAUUGUACAAUUAAAACGUGAUCAGGCCCUGGACAGGCAGCUACAAAUUUGUC
.........((((....((((.(((....(((((((((((..((((((.....))))))..)))))..))))))..((((.....))))..)))))))...))))............... ( -33.40)
>DroSim_CAF1 56263 119 - 1
UGUUAAUUAGCCCACGGUAGGCGCCAGUCUACAGCCGACAGUAGC-GAAACAUUUUGUUGUCGUCGCUUUUGUACAAUUAAAACGUGAUCAGGCUCUGGACAGGCAGCUACAAAUUUGUC
.(((.....(((.......)))(((.(((((.((((((((...((-(((....)))))))))((((((((((......))))).)))))..)))).))))).))))))............ ( -34.20)
>DroEre_CAF1 53799 119 - 1
UGUUAAUUAGCCUACGGUAGGCGCCAGUCUAUAGCCGACAGUAGC-GAAACAUUUUGUUGUCGUCGCUUUUGUACAAUUAAAACGUGAUCAGGCUCUGGACAGGCAGCUACAAAUUUGUC
.(((.....(((((...)))))(((.(((((.((((((((...((-(((....)))))))))((((((((((......))))).)))))..)))).))))).))))))............ ( -36.30)
>consensus
UGUUAAUUAGCCCACGGUAGGCGCCAGUCUACAGCCGACAGUAGC_GAAACAUUUUGUUGUCGUCGCUUUUGUACAAUUAAAACGUGAUCAGGCUCUGGACAGGCAGCUACAAAUUUGUC
.(((.....(((.......)))(((.(((((.((((((((((((..........))))))))((((((((((......))))).)))))..)))).))))).))))))............ (-30.92 = -31.00 +   0.08)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:55:05 2006