Locus 7711

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 20,610,722 – 20,610,877
Length 155
Max. P 0.998256
window12544 window12545 window12546

overview

Window 4

Location 20,610,722 – 20,610,837
Length 115
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 91.93
Mean single sequence MFE -33.80
Consensus MFE -27.78
Energy contribution -28.68
Covariance contribution 0.90
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -2.02
Structure conservation index 0.82
SVM decision value 1.61
SVM RNA-class probability 0.967356
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 20610722 115 + 23771897
-----CUCUACCCACCGCAUUAUUAAUAAUGCCUGAGCUGAGCUGAGCUGGGCCAGGCAGAGCGUUUUGACCACCGCCAAAGCGGUUUCAAAUGCUGGCCCAAUGCAAUUUUAUUAACGC
-----...........(((((........((((((.(((.(((...))).))))))))).(((((((.((..(((((....))))).))))))))).....))))).............. ( -38.60)
>DroSec_CAF1 55556 110 + 1
-----CUCUACCCACCGCAUUAUUAAUAAUGCCUGAGCU-----GAGCUGGGCCAGGCAGAGCGUUUUGACCACCGCCAAAGCGGUUUCAAAUGCUGGCCCAAUGCAAUUUUAUUAACGC
-----...........(((((........((((((.(((-----......))))))))).(((((((.((..(((((....))))).))))))))).....))))).............. ( -33.30)
>DroAna_CAF1 77393 110 + 1
UCGGCCUCUACCCACCGCAUUAUUAAUAAUGCCUGAG----------CUGCGCCAAGCCGGGCGUUUUGACCACCGCCAAAGCCGUUUCAAAUGCAGGCCCAAUGCAAUUUUAUUAACGC
..(((((.........(((((.........(((((.(----------((......))))))))((((((........)))))).......)))))))))).................... ( -28.20)
>DroSim_CAF1 50448 110 + 1
-----CUCUACCCACCGCAUUAUUAAUAAUGCCUGAGCU-----GAGCUGGGCCAGGCAGAGCGUUUUGACCACCGCCAAAGCGGUUUCAAAUGCUGGCCCAAUGCAAUUUUAUUAACGC
-----...........(((((........((((((.(((-----......))))))))).(((((((.((..(((((....))))).))))))))).....))))).............. ( -33.30)
>DroEre_CAF1 48091 110 + 1
-----CUCUACCCACCGCAUUAUUAAUAAUGCUGGAGCU-----GAGCUGGGCCAGGCAGAGCGUUUUGACCACCGCCAAAGCGGUUUCAAAUGCUGGCCCAAUGCAAUUUUAUUAACGC
-----(((..((((..((((((....))))))))).)..-----))).((((((((((...))..(((((..(((((....))))).)))))..)))))))).................. ( -35.60)
>consensus
_____CUCUACCCACCGCAUUAUUAAUAAUGCCUGAGCU_____GAGCUGGGCCAGGCAGAGCGUUUUGACCACCGCCAAAGCGGUUUCAAAUGCUGGCCCAAUGCAAUUUUAUUAACGC
................(((((..............((((......))))(((((((((...))..(((((..(((((....))))).)))))..)))))))))))).............. (-27.78 = -28.68 +   0.90)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 5

Location 20,610,722 – 20,610,837
Length 115
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 91.93
Mean single sequence MFE -41.24
Consensus MFE -34.64
Energy contribution -35.54
Covariance contribution 0.90
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -2.67
Structure conservation index 0.84
SVM decision value 3.05
SVM RNA-class probability 0.998256
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 20610722 115 - 23771897
GCGUUAAUAAAAUUGCAUUGGGCCAGCAUUUGAAACCGCUUUGGCGGUGGUCAAAACGCUCUGCCUGGCCCAGCUCAGCUCAGCUCAGGCAUUAUUAAUAAUGCGGUGGGUAGAG-----
(((..........))).((((((((((((((((.(((((....)))))..)))))......)).)))))))))(((.(((((.(....((((((....))))))).))))).)))----- ( -42.50)
>DroSec_CAF1 55556 110 - 1
GCGUUAAUAAAAUUGCAUUGGGCCAGCAUUUGAAACCGCUUUGGCGGUGGUCAAAACGCUCUGCCUGGCCCAGCUC-----AGCUCAGGCAUUAUUAAUAAUGCGGUGGGUAGAG-----
(((..........))).((((((((((((((((.(((((....)))))..)))))......)).)))))))))(((-----.(((((.((((((....))))))..))))).)))----- ( -42.10)
>DroAna_CAF1 77393 110 - 1
GCGUUAAUAAAAUUGCAUUGGGCCUGCAUUUGAAACGGCUUUGGCGGUGGUCAAAACGCCCGGCUUGGCGCAG----------CUCAGGCAUUAUUAAUAAUGCGGUGGGUAGAGGCCGA
((((((.(((...(((.((((((.(((.(((((.((.((....)).))..)))))..(((......)))))))----------))))))))...))).))))))....(((....))).. ( -37.40)
>DroSim_CAF1 50448 110 - 1
GCGUUAAUAAAAUUGCAUUGGGCCAGCAUUUGAAACCGCUUUGGCGGUGGUCAAAACGCUCUGCCUGGCCCAGCUC-----AGCUCAGGCAUUAUUAAUAAUGCGGUGGGUAGAG-----
(((..........))).((((((((((((((((.(((((....)))))..)))))......)).)))))))))(((-----.(((((.((((((....))))))..))))).)))----- ( -42.10)
>DroEre_CAF1 48091 110 - 1
GCGUUAAUAAAAUUGCAUUGGGCCAGCAUUUGAAACCGCUUUGGCGGUGGUCAAAACGCUCUGCCUGGCCCAGCUC-----AGCUCCAGCAUUAUUAAUAAUGCGGUGGGUAGAG-----
(((..........))).((((((((((((((((.(((((....)))))..)))))......)).)))))))))(((-----.(((((.((((((....)))))).).)))).)))----- ( -42.10)
>consensus
GCGUUAAUAAAAUUGCAUUGGGCCAGCAUUUGAAACCGCUUUGGCGGUGGUCAAAACGCUCUGCCUGGCCCAGCUC_____AGCUCAGGCAUUAUUAAUAAUGCGGUGGGUAGAG_____
((((((.(((...(((..(((((((((((((((.(((((....)))))..)))))......))).)))))))(((......)))....)))...))).))))))................ (-34.64 = -35.54 +   0.90)

alignment

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secondary structure

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Window 6

Location 20,610,757 – 20,610,877
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 90.26
Mean single sequence MFE -39.30
Consensus MFE -31.48
Energy contribution -32.28
Covariance contribution 0.80
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -1.82
Structure conservation index 0.80
SVM decision value 0.91
SVM RNA-class probability 0.880792
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 20610757 120 - 23771897
GCAGCGCUAUGACUUCAACAUGGAGCGAUCAUUUGUCGUUGCGUUAAUAAAAUUGCAUUGGGCCAGCAUUUGAAACCGCUUUGGCGGUGGUCAAAACGCUCUGCCUGGCCCAGCUCAGCU
(((((((.((((((((.....))))...))))..).))))))..........(((..((((((((((((((((.(((((....)))))..)))))......)).)))))))))..))).. ( -43.00)
>DroSec_CAF1 55590 115 - 1
GCAGCGCU-UGACUUCAACAUGGAGCGAUCAUUUGUCGUUGCGUUAAUAAAAUUGCAUUGGGCCAGCAUUUGAAACCGCUUUGGCGGUGGUCAAAACGCUCUGCCUGGCCCAGCUC----
(((((((.-(((((((.....))))...)))...).))))))............((..(((((((((((((((.(((((....)))))..)))))......)).))))))))))..---- ( -41.30)
>DroAna_CAF1 77430 100 - 1
-------------CUCAACAUGGAGCGAUCAUUUGUCGUUGCGUUAAUAAAAUUGCAUUGGGCCUGCAUUUGAAACGGCUUUGGCGGUGGUCAAAACGCCCGGCUUGGCGCAG-------
-------------......(((.((((((.....)))))).))).........(((.(..((((.((.(((((.((.((....)).))..)))))..))..))))..).))).------- ( -29.80)
>DroSim_CAF1 50482 115 - 1
GCAGCGCU-UGACUUCAACAUGGAGCGAUCAUUUGUCGUUGCGUUAAUAAAAUUGCAUUGGGCCAGCAUUUGAAACCGCUUUGGCGGUGGUCAAAACGCUCUGCCUGGCCCAGCUC----
(((((((.-(((((((.....))))...)))...).))))))............((..(((((((((((((((.(((((....)))))..)))))......)).))))))))))..---- ( -41.30)
>DroEre_CAF1 48125 115 - 1
GCAGAGCU-UGGCUUCAACAUGGAGCGAUCAUUUGUCGUUGCGUUAAUAAAAUUGCAUUGGGCCAGCAUUUGAAACCGCUUUGGCGGUGGUCAAAACGCUCUGCCUGGCCCAGCUC----
...(((((-.((((.....(((.((((((.....)))))).)))...............((((.(((.(((((.(((((....)))))..)))))..)))..)))))))).)))))---- ( -41.10)
>consensus
GCAGCGCU_UGACUUCAACAUGGAGCGAUCAUUUGUCGUUGCGUUAAUAAAAUUGCAUUGGGCCAGCAUUUGAAACCGCUUUGGCGGUGGUCAAAACGCUCUGCCUGGCCCAGCUC____
...................(((.((((((.....)))))).))).............((((((((((((((((.(((((....)))))..)))))......))).))))))))....... (-31.48 = -32.28 +   0.80)

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