Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 20,602,158 – 20,602,300 |
Length | 142 |
Max. P | 0.998921 |
Location | 20,602,158 – 20,602,260 |
---|---|
Length | 102 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 92.31 |
Mean single sequence MFE | -33.58 |
Consensus MFE | -29.12 |
Energy contribution | -29.16 |
Covariance contribution | 0.04 |
Combinations/Pair | 1.03 |
Mean z-score | -2.50 |
Structure conservation index | 0.87 |
SVM decision value | 3.28 |
SVM RNA-class probability | 0.998921 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 20602158 102 + 23771897 AUUGAUUUAUUUGCGCAAAUGCAGGUUCGACUCAUAAAUGUUGACAUGGCCCAAUGCCA------------GCGUCACGAUCAGUCAGCAG------CCAGUUGGCUAAUUGUGUAUGCU ........(((((((....)))))))(((((........)))))..((((.....))))------------((((((((((.(((((((..------...))))))).)))))).)))). ( -32.00) >DroSec_CAF1 47041 102 + 1 AUUGAUUUAUUUGCGCAAAUGCAGGUUCGACUCAUAAAUGUUGACAUGGCCCAAUGCCA------------GCGUCACGAUCAGUCAGCAG------CCAGUUGGCUAAUUGUGUAUGCU ........(((((((....)))))))(((((........)))))..((((.....))))------------((((((((((.(((((((..------...))))))).)))))).)))). ( -32.00) >DroAna_CAF1 69052 120 + 1 AUUGAUUUAUUUGCGCAAAUUCAGGUUCGACUCAUAAAUGUUGACAUGGCCCAAUGCCAGAUCGCCAGAUAGCAUCACGAUCAGUCAGCAGGCAUCGCCAGUUGGCUAAUUGUGUAUGCU .......((((((.((..........(((((........)))))..((((.....))))....))))))))((((((((((.(((((((.(((...))).))))))).)))))).)))). ( -39.90) >DroSim_CAF1 41835 102 + 1 AUUGAUUUAUUUGCGCAAAUGCAGGUUCGACUCAUAAAUGUUGACAUGGCCCAAUGCCA------------GCGUCACGAUCAGUCAGCAG------CCAGUUGGCUAAUUGUGUAUGCU ........(((((((....)))))))(((((........)))))..((((.....))))------------((((((((((.(((((((..------...))))))).)))))).)))). ( -32.00) >DroEre_CAF1 39453 101 + 1 AUUGAUUUAUUUGCGCAAAUGCAGGUUCGACUCAUAAAUGUUGACAUGGC-CAAUGCCA------------GCGUCACGAUCAGUCAGCAG------CCAGUUGGCUAAUUGUGUAUGCU ........(((((((....)))))))(((((........)))))..((((-....))))------------((((((((((.(((((((..------...))))))).)))))).)))). ( -32.00) >consensus AUUGAUUUAUUUGCGCAAAUGCAGGUUCGACUCAUAAAUGUUGACAUGGCCCAAUGCCA____________GCGUCACGAUCAGUCAGCAG______CCAGUUGGCUAAUUGUGUAUGCU ........(((((((....)))))))(((((........)))))..((((.....))))............((((((((((.(((((((...........))))))).)))))).)))). (-29.12 = -29.16 + 0.04)
Location | 20,602,198 – 20,602,300 |
---|---|
Length | 102 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 91.94 |
Mean single sequence MFE | -35.04 |
Consensus MFE | -29.88 |
Energy contribution | -29.92 |
Covariance contribution | 0.04 |
Combinations/Pair | 1.03 |
Mean z-score | -2.35 |
Structure conservation index | 0.85 |
SVM decision value | 2.76 |
SVM RNA-class probability | 0.996856 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 20602198 102 + 23771897 UUGACAUGGCCCAAUGCCA------------GCGUCACGAUCAGUCAGCAG------CCAGUUGGCUAAUUGUGUAUGCUAAUGGAAUGCAAUUGUGUCAAAGUCCUGCAGUACCUGGAA ((((((((((.....)))(------------((((((((((.(((((((..------...))))))).)))))).)))))..............)))))))..(((..........))). ( -33.50) >DroSec_CAF1 47081 102 + 1 UUGACAUGGCCCAAUGCCA------------GCGUCACGAUCAGUCAGCAG------CCAGUUGGCUAAUUGUGUAUGCUAAUGGAAUGCAAUUGUGUCAAAGUCCUGCAGUACCUGGAA ((((((((((.....)))(------------((((((((((.(((((((..------...))))))).)))))).)))))..............)))))))..(((..........))). ( -33.50) >DroAna_CAF1 69092 120 + 1 UUGACAUGGCCCAAUGCCAGAUCGCCAGAUAGCAUCACGAUCAGUCAGCAGGCAUCGCCAGUUGGCUAAUUGUGUAUGCUAAUGGAAUGUAAUUGUGUCAAAGUCCUGCAGUACCUGGAA ((((((((((.....)))......(((..((((((((((((.(((((((.(((...))).))))))).)))))).)))))).))).........)))))))..(((..........))). ( -42.90) >DroSim_CAF1 41875 102 + 1 UUGACAUGGCCCAAUGCCA------------GCGUCACGAUCAGUCAGCAG------CCAGUUGGCUAAUUGUGUAUGCUAAUGGAAUGCAAUUGUGUCAAAGUCCUGCAGUACCUGGAA ((((((((((.....)))(------------((((((((((.(((((((..------...))))))).)))))).)))))..............)))))))..(((..........))). ( -33.50) >DroEre_CAF1 39493 101 + 1 UUGACAUGGC-CAAUGCCA------------GCGUCACGAUCAGUCAGCAG------CCAGUUGGCUAAUUGUGUAUGCUAAUGGAAUGCAAUUGUGUCAAAGUCCUGCAGUACCUGAAA ((((((((((-....)))(------------((((((((((.(((((((..------...))))))).)))))).)))))..............)))))))................... ( -31.80) >consensus UUGACAUGGCCCAAUGCCA____________GCGUCACGAUCAGUCAGCAG______CCAGUUGGCUAAUUGUGUAUGCUAAUGGAAUGCAAUUGUGUCAAAGUCCUGCAGUACCUGGAA ((((((((((.....))).............((((((((((.(((((((...........))))))).)))))).))))...............)))))))..(((..........))). (-29.88 = -29.92 + 0.04)
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