Locus 7682

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	20,584,009 – 20,584,205
Length	196
Max. P	0.958626

overview

Window 4

Location	20,584,009 – 20,584,125
Length	116
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	83.59
Mean single sequence MFE	-27.09
Consensus MFE	-20.77
Energy contribution	-21.97
Covariance contribution	1.20
Combinations/Pair	1.27
Mean z-score	-2.34
Structure conservation index	0.77
SVM decision value	1.49
SVM RNA-class probability	0.958626
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 20584009 116 - 23771897
UUGUCAUAAAGUUGAUGACUUGUUAUCGAUUUUUAAACAGACCGCAAUAAUCAUAUAUAUCUGAUGAUUGUGGUUUCAGAGGCGAUUUAAUUUGAA----AGGCUUCUCUAAUGAAUAUU
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>DroSec_CAF1 28721 116 - 1
UUGUCAUAAAGUUGAUGACUUGUUAUCGAUUUUUAAACAGACCGCAAUAAUCAUAUAUAUCUGAUGAUUGUGGUUUCAGAGGCGAUUAAAAUUGAA----AAGCUUCUCUAAUGAAUAUU
.(((...(((((((((((....)))))))))))...)))(((((((((.((((........)))).)))))))))..((((((.............----..))))))............ ( -29.36)
>DroAna_CAF1 50092 112 - 1
UUGUCAUAAAGUUGAUGACUUGUUAUCGAUUUUUAAACAGACCUCAAUAAUCAUAUAUAUUC-ACAAUU-UGGACUG------AAUUUCACUUGACAUUCAAGCUUUUCUAAUGAUUAUG
((((...(((((((((((....)))))))))))...))))......((((((((.....(((-(.....-)))).((------(((.((....)).)))))..........)))))))). ( -20.70)
>DroSim_CAF1 22254 116 - 1
UUGUCAUAAAGUUGAUGACUUGUUAUCGAUUUUUAAACAGACCGCAAUAAUCAUAUAUAUCUGAUGAUUGUGGUUUCAGAGGCGAUUAAAAUUGAA----AAGCUUCUCUAAUGAAUAUU
.(((...(((((((((((....)))))))))))...)))(((((((((.((((........)))).)))))))))..((((((.............----..))))))............ ( -29.36)
>DroEre_CAF1 21845 116 - 1
UUGUCAUAAAGUUGAUGACUUGUUAUCGGUUUUUAAACAGACCGCAAUAGUCGUAUACAUCCGACGAUUGUGGGUUUGGGGGUAAUUAAUAAUGGA----ACGCCUUUCUAAUAAUAACU
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>consensus
UUGUCAUAAAGUUGAUGACUUGUUAUCGAUUUUUAAACAGACCGCAAUAAUCAUAUAUAUCUGAUGAUUGUGGUUUCAGAGGCGAUUAAAAUUGAA____AAGCUUCUCUAAUGAAUAUU
.(((...(((((((((((....)))))))))))...)))(((((((((.((((........)))).)))))))))..((((((...................))))))............ (-20.77 = -21.97 +   1.20)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	20,584,045 – 20,584,165
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	89.67
Mean single sequence MFE	-33.94
Consensus MFE	-28.12
Energy contribution	-28.32
Covariance contribution	0.20
Combinations/Pair	1.20
Mean z-score	-1.73
Structure conservation index	0.83
SVM decision value	0.96
SVM RNA-class probability	0.889360
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 20584045 120 - 23771897
GGCCAGAUAGGCAUCGGGCUGGUGUCGAUUGAAGCGCAGAUUGUCAUAAAGUUGAUGACUUGUUAUCGAUUUUUAAACAGACCGCAAUAAUCAUAUAUAUCUGAUGAUUGUGGUUUCAGA
((((.(((....))).)))).(((.(((((........))))).)))(((((((((((....))))))))))).....((((((((((.((((........)))).)))))))))).... ( -33.80)
>DroSec_CAF1 28757 120 - 1
GGCCAGAUAGGCAUCGGGCUGGUGUCGAUUGGAGCGCAGAUUGUCAUAAAGUUGAUGACUUGUUAUCGAUUUUUAAACAGACCGCAAUAAUCAUAUAUAUCUGAUGAUUGUGGUUUCAGA
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>DroAna_CAF1 50129 115 - 1
GGGCUGAUAGGCAUCGGCUCGGUGUCGAUUGGACCGCAGAUUGUCAUAAAGUUGAUGACUUGUUAUCGAUUUUUAAACAGACCUCAAUAAUCAUAUAUAUUC-ACAAUU-UGGACUG---
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>DroSim_CAF1 22290 120 - 1
GGCCAGAUAGGCAUCGGGCUGGUGUCGAUUGGAGCGCAGAUUGUCAUAAAGUUGAUGACUUGUUAUCGAUUUUUAAACAGACCGCAAUAAUCAUAUAUAUCUGAUGAUUGUGGUUUCAGA
(((((.(....(((((((...((((.(((((..(((....((((...(((((((((((....)))))))))))...))))..)))..)))))))))...)))))))..).)))))..... ( -34.00)
>DroEre_CAF1 21881 119 - 1
GGGCAGAUAGGCAUCG-GUUGGUGUCGAUUGGAGCGCAGGUUGUCAUAAAGUUGAUGACUUGUUAUCGGUUUUUAAACAGACCGCAAUAGUCGUAUACAUCCGACGAUUGUGGGUUUGGG
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>consensus
GGCCAGAUAGGCAUCGGGCUGGUGUCGAUUGGAGCGCAGAUUGUCAUAAAGUUGAUGACUUGUUAUCGAUUUUUAAACAGACCGCAAUAAUCAUAUAUAUCUGAUGAUUGUGGUUUCAGA
((((.(((....))).)))).(((.(((((........))))).)))(((((((((((....))))))))))).....((((((((((.((((........)))).)))))))))).... (-28.12 = -28.32 +   0.20)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	20,584,085 – 20,584,205
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	93.50
Mean single sequence MFE	-33.52
Consensus MFE	-27.46
Energy contribution	-27.22
Covariance contribution	-0.24
Combinations/Pair	1.11
Mean z-score	-1.93
Structure conservation index	0.82
SVM decision value	1.33
SVM RNA-class probability	0.942423
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 20584085 120 - 23771897
GGCAGAAUUAUGAUUUACUAUAAUGAAGCGCUAUAUAGUCGGCCAGAUAGGCAUCGGGCUGGUGUCGAUUGAAGCGCAGAUUGUCAUAAAGUUGAUGACUUGUUAUCGAUUUUUAAACAG
(((((.((((((......))))))...(((((...(((((((((((...(....)...)))))..)))))).)))))...)))))..(((((((((((....)))))))))))....... ( -32.80)
>DroSec_CAF1 28797 120 - 1
GGCAAAAUUAUGAUUUACUAUAAUGAAGCGCUAUAUUGUCGGCCAGAUAGGCAUCGGGCUGGUGUCGAUUGGAGCGCAGAUUGUCAUAAAGUUGAUGACUUGUUAUCGAUUUUUAAACAG
(((((.((((((......))))))...(((((..((((((((((.(((....))).))))))...))))...)))))...)))))..(((((((((((....)))))))))))....... ( -34.60)
>DroAna_CAF1 50164 120 - 1
GACAGAAUUAUGAUUUACUAUAAUGAAGCGUUAUAUAGUCGGGCUGAUAGGCAUCGGCUCGGUGUCGAUUGGACCGCAGAUUGUCAUAAAGUUGAUGACUUGUUAUCGAUUUUUAAACAG
(((((.((((((......))))))...(((........((((((((((....)))))))))).(((.....))))))...)))))..(((((((((((....)))))))))))....... ( -32.30)
>DroSim_CAF1 22330 120 - 1
GGCAGAAUUAUGAUUUACUAUAAUGAAGCGCUAUAUUGUCGGCCAGAUAGGCAUCGGGCUGGUGUCGAUUGGAGCGCAGAUUGUCAUAAAGUUGAUGACUUGUUAUCGAUUUUUAAACAG
(((((.((((((......))))))...(((((..((((((((((.(((....))).))))))...))))...)))))...)))))..(((((((((((....)))))))))))....... ( -34.30)
>DroEre_CAF1 21921 119 - 1
GGAGGAAUUAUGAUUGACUAUAAUGGAGCGCUAUAUAGUCGGGCAGAUAGGCAUCG-GUUGGUGUCGAUUGGAGCGCAGGUUGUCAUAAAGUUGAUGACUUGUUAUCGGUUUUUAAACAG
..(((((((.((.(((((((((.(((....)))))))))))).))((((.((..((-((((....))))))..))((((((..(((......)))..)))))))))))))))))...... ( -33.60)
>consensus
GGCAGAAUUAUGAUUUACUAUAAUGAAGCGCUAUAUAGUCGGCCAGAUAGGCAUCGGGCUGGUGUCGAUUGGAGCGCAGAUUGUCAUAAAGUUGAUGACUUGUUAUCGAUUUUUAAACAG
(((((.((((((......))))))...(((((.....(((.....))).((((((.....))))))......)))))...)))))..(((((((((((....)))))))))))....... (-27.46 = -27.22 +  -0.24)

alignment

secondary structure

dotplot

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