Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 20,572,670 – 20,572,790 |
Length | 120 |
Max. P | 0.644539 |
Location | 20,572,670 – 20,572,790 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 87.17 |
Mean single sequence MFE | -45.06 |
Consensus MFE | -32.66 |
Energy contribution | -32.62 |
Covariance contribution | -0.04 |
Combinations/Pair | 1.27 |
Mean z-score | -1.78 |
Structure conservation index | 0.72 |
SVM decision value | 0.23 |
SVM RNA-class probability | 0.644539 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 20572670 120 - 23771897 UGAGCAUCUAGAGGGGCAUUCUGCCCUCUUAAGUAGGUUGAGGAUGACUGCAUUGAUUGUACAUCGUCCUCACUGUCCUUUAGAUCGUGCAUUCCGCGACUUAGCCAUCCUGGCGGCUGC ..(((.(((((((((((.....)))).........(((.((((((((.((((.....))))..)))))))))))...)))))))(((((.....)))))....(((.....))).))).. ( -42.20) >DroSec_CAF1 17583 120 - 1 UGAGCAUCUAGAGGGGCAUUCUGUCCUCUUAAGUAGGUUGAGGAUGACUGCAUUGAUUGCACAUCGUCCUCACUGUCCUUUAGAUCGUGCAUUCCGCGACUUAGCCAUCCUGGCGGCUGC ..(((.(((((((((((.....)))).........(((.((((((((.((((.....))))..)))))))))))...)))))))(((((.....)))))....(((.....))).))).. ( -41.50) >DroAna_CAF1 39239 120 - 1 UGAGCGUCCAGGGGGGCGUUCUGUCCCCUCAGAUAUGUGGAGCUGGAUUGCAGGGACUGGACAUCGUCCUCACUGUCCUUGAGGUCGUGCAUCCCACGGCUGAGCCACCCAGGUGGAGGC .((((((((....))))))))....(((((((...(((((.((..(((..(((((((.((((...)))).....)))))))..)))..))...))))).)))))((((....)))).)). ( -51.90) >DroSim_CAF1 11080 120 - 1 UGUGCAUCUAGAGGGGCAUUCUGCCCUCUCAAGUAGGUUGAGGAUGACUGCAUUGAUUGUACAUCGUCCUCACUGUCCUUCAGAUCGUGCAUUCCGCGACUUAGCCAUCCUGGCGGCUGC ((..(((((.((((((((.(((((........))))).(((((((((.((((.....))))..))))))))).)))))))))))).)..))..........(((((........))))). ( -43.20) >DroEre_CAF1 10811 120 - 1 UGGGCAUCUAGAGGGGCAUUCUGUCCCCUUAAGUAGGUCGAGGAUGACUGCAUUGAUUGUACAUCGUCCUCGCUGUCCUUAAGAUCGUGCAUGCCGCGACUCAGCCAUCCUGGCGGCUGC ..(((((...(((((((.....)))))((((((..((.(((((((((.((((.....))))..)))))))))))...)))))).))....)))))......(((((........))))). ( -46.50) >consensus UGAGCAUCUAGAGGGGCAUUCUGUCCUCUUAAGUAGGUUGAGGAUGACUGCAUUGAUUGUACAUCGUCCUCACUGUCCUUUAGAUCGUGCAUUCCGCGACUUAGCCAUCCUGGCGGCUGC ...(((.((.(((((((.....))))(((.(((..(((.((((((((.((((.....))))..)))))))))))...))).)))(((((.....)))))))).(((.....))))).))) (-32.66 = -32.62 + -0.04)
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