Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 20,571,770 – 20,572,007 |
Length | 237 |
Max. P | 0.781474 |
Location | 20,571,770 – 20,571,887 |
---|---|
Length | 117 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 81.73 |
Mean single sequence MFE | -48.20 |
Consensus MFE | -31.38 |
Energy contribution | -34.04 |
Covariance contribution | 2.66 |
Combinations/Pair | 1.11 |
Mean z-score | -1.89 |
Structure conservation index | 0.65 |
SVM decision value | 0.41 |
SVM RNA-class probability | 0.723449 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 20571770 117 - 23771897 CUCCUGGCAACCAGGAGGCCCCGGGGCUCCACCACCUCCACCAGGCGGGUUACCAGCGCCUCCCGGGGGAUU---GUUUAAUCGAUGUGGCCCGUUGCCGGGAUCAAUGUCAGUUGGUUU .((((((((((..((((.((....)))))).((((((((...(((((.........)))))...)))))(((---(......)))).)))...))))))))))(((((....)))))... ( -46.90) >DroSec_CAF1 16713 117 - 1 CUCCUGGCAACCAGGAGGCCCCGGGACUCCGCCACCUCCACCACCCGGGUUGCCAGCGCCUCCCGGGGGAUU---GUUUAAUCGAUGUGGCCCGUUGCCGGGAUCAAUGUCAGUUGGUUU .((((((((((..((((.((...)).))))(((((.....((.((((((..((....))..))))))))(((---(......)))))))))..))))))))))(((((....)))))... ( -53.50) >DroAna_CAF1 38291 99 - 1 CUCCUGGCAACCGGGGG---------------CAACU------CCUUGGUUUCCCUGGGCUCCCGGGGGAUUGUUGUUUAAUCGAUGUGUGCCGUUGCUGGGAUCAAAGUCUUUUGGCUU .(((..(((((.((((.---------------...))------))..(((..((((((....))))))(((((.....))))).......))))))))..)))...(((((....))))) ( -43.50) >DroSim_CAF1 10209 117 - 1 CUCCUGGCAACCAGGAGGCCCCGGGACUCCGCCACCUCCACCAGCCGGGUUGCCAGCGCCUCCCGGGGGAUU---GUUUAAUCGAUGUGGCCCGUUGCCGGGAUCAAUGUCAGUUGGUUU .((((((((((..((((.((...)).))))(((((.((..((..(((((..((....))..)))))))((((---....)))))).)))))..))))))))))(((((....)))))... ( -49.90) >DroEre_CAF1 9978 117 - 1 CUCCUGGCAACCAGGAGGCCCCUGGACUCCGCCACCUGCGCCACCCUGGUUGCCAGCACCAGCUUGGGGAUU---GUUUAAUCGAUGUGGCCCGUUGCCGGGAUCAAUGUCAGUUGGCUU ...((((((((((((.((((..(((......)))...).)))..))))))))))))..((((((....((((---....))))(((((((((((....)))).)).)))))))))))... ( -47.20) >consensus CUCCUGGCAACCAGGAGGCCCCGGGACUCCGCCACCUCCACCACCCGGGUUGCCAGCGCCUCCCGGGGGAUU___GUUUAAUCGAUGUGGCCCGUUGCCGGGAUCAAUGUCAGUUGGUUU .((((((((((..((((.((...)).))))(((((........((((((..((....))..)))))).((((.......))))...)))))..))))))))))(((((....)))))... (-31.38 = -34.04 + 2.66)
Location | 20,571,887 – 20,572,007 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 94.58 |
Mean single sequence MFE | -44.76 |
Consensus MFE | -37.24 |
Energy contribution | -38.12 |
Covariance contribution | 0.88 |
Combinations/Pair | 1.05 |
Mean z-score | -1.55 |
Structure conservation index | 0.83 |
SVM decision value | 0.56 |
SVM RNA-class probability | 0.781474 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 20571887 120 - 23771897 CAGGACACUGGCACUUCCCAUGCCACUAAUGCUCUCGAUUUGACUCGCACCGUCGUUGAACCAAAUGUCCGGGGUAUGGGGAUUCUUGGGCGUAUCGCUCAGAUAGCCGGAUGUGUCCUC .(((((((((((..((((((((((.....(((..((.....))...)))(((.((((......))))..)))))))))))))...(((((((...)))))))...))))...))))))). ( -45.60) >DroSec_CAF1 16830 120 - 1 CAGGACACUGGCACUUCCCAUGCCACUAAUGCUCUCGAUUUGACUCGCACCGUCGUUGAACCAAAUGUCCGGAGUGUGGGGAUUCUUGGGCGUAUCGCUCAGAUAGCCGGAUGUGUCCUC .(((((((((((..(((((((((......(((..((.....))...)))(((.((((......))))..))).)))))))))...(((((((...)))))))...))))...))))))). ( -40.40) >DroAna_CAF1 38390 120 - 1 CAGGACACUGGCGCUUCCCAAGCCACUGACGCUCUCGAUUUGGCUCGCACCGUCGUUGAACCAAAUGUCGGGCGUGUGCGGAUUCUUGGGCGUGUCGCUAAGAUAGCCGGAAGUGUCCUC .(((((((((((((..((((((...(((((((.((((((((((.(((.((....))))).))))..)))))).)))).)))...)))))).)))))((((...))))....)))))))). ( -49.20) >DroSim_CAF1 10326 120 - 1 CAGGACACUGGCACUUCCCAUGCCACUAAUGCUCUCGAUUUGACUCGCACCGUCGUUGAACCAAAUGUCCGGGGUGUGGGGAUUCUUGGGCGUAUCGCUCAGAUAGCCGGAUGUGUCCUC .(((((((((((..((((((((((.....(((..((.....))...)))(((.((((......))))..)))))))))))))...(((((((...)))))))...))))...))))))). ( -44.60) >DroEre_CAF1 10095 120 - 1 CAGGACACUGGCACUACCCAUGCCACUAAUGCUCUCGAUUUGACUGGCCCCGUCGUUGAACCAAAUGUCCGGGGUAUGGGGAUUCUUGGGCGUAUCGCUCAGAUAGCCGGAUGUGUCCUC .(((((((((((....((((((((......(((.((.....))..))).(((.((((......))))..))))))))))).....(((((((...)))))))...))))...))))))). ( -44.00) >consensus CAGGACACUGGCACUUCCCAUGCCACUAAUGCUCUCGAUUUGACUCGCACCGUCGUUGAACCAAAUGUCCGGGGUGUGGGGAUUCUUGGGCGUAUCGCUCAGAUAGCCGGAUGUGUCCUC .(((((((((((..((((((((((..........(((((..(((.......)))))))).((........))))))))))))...(((((((...)))))))...))))...))))))). (-37.24 = -38.12 + 0.88)
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