| Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 20,569,966 – 20,570,082 |
| Length | 116 |
| Max. P | 0.918253 |
| Location | 20,569,966 – 20,570,082 |
|---|---|
| Length | 116 |
| Sequences | 5 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 89.61 |
| Mean single sequence MFE | -29.44 |
| Consensus MFE | -22.44 |
| Energy contribution | -23.48 |
| Covariance contribution | 1.04 |
| Combinations/Pair | 1.03 |
| Mean z-score | -2.22 |
| Structure conservation index | 0.76 |
| SVM decision value | 1.12 |
| SVM RNA-class probability | 0.918253 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 20569966 116 + 23771897 GCAACCGCACCACACCACACCACAGUGAUCUGGCUCUGUGGUC--UGUAUGUUUAUGGAAAAUGGGUUAUGAGAUAUUUCUG--UGGCCUUUAUCUUUUGGCCAUUUCUAUUUUGACCAU ((((((((((((...(((......)))...)))...)))))).--)))......((((((((((((.....(((....)))(--(((((..........)))))).))))))))..)))) ( -29.20) >DroSec_CAF1 14905 106 + 1 GCAAC----------CAAACCACAGCGAUCAGGCUCUGUGGUC--UGUAUGUUUAUGGAAAAUGGGUUAUGAGAUAUUUCUC--UGGCCUUUAUCUUUUGGCCAUUUCUAUUUUGACCAU (((..----------((.(((((((.(......).))))))).--))..)))..((((((((((((....((((....))))--(((((..........)))))..))))))))..)))) ( -31.40) >DroAna_CAF1 35748 105 + 1 GCAAC----------CACAC-----CGCUUUGCCUCUGUGGUCUCUGUAUGUUUAUGGAAAAUGGGUUAUGAGAUAUUUCUCUGUGGCUUUUAUCUUUUGGCCAUUUCUAUUUUGACCAU ...((----------((((.-----.((...))...)))))).((((((....)))))).....(((((.((((....)))).((((((..........))))))........))))).. ( -24.50) >DroSim_CAF1 8376 106 + 1 GCAAC----------CACACCACAGCGAUCUGGCUCUGUGGUC--UGUAUGUUUAUGGAAAAUGGGUUAUGAGAUAUUUCUC--UGGCCUUUAUCUUUUGGCCAUUUCUAUUUUGACCAU (((..----------((.(((((((.(......).))))))).--))..)))..((((((((((((....((((....))))--(((((..........)))))..))))))))..)))) ( -31.40) >DroEre_CAF1 8196 106 + 1 GCAAC----------CGCACCACAGCGAUCUGGCUCUGUGGUC--UGUAUGUUUAUGGAAAAUGGGUUAUGAGAUAUUUCUC--UGGCCUUUAUCUCUUGGCCAUUUCUAUUUUGACCAU (((..----------((.(((((((.(......).))))))).--))..)))..((((((((((((....((((....))))--(((((..........)))))..))))))))..)))) ( -30.70) >consensus GCAAC__________CACACCACAGCGAUCUGGCUCUGUGGUC__UGUAUGUUUAUGGAAAAUGGGUUAUGAGAUAUUUCUC__UGGCCUUUAUCUUUUGGCCAUUUCUAUUUUGACCAU ..................(((((((.(......).)))))))............((((((((((((....((((....))))..(((((..........)))))..))))))))..)))) (-22.44 = -23.48 + 1.04)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:53:02 2006