Locus 7655

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 20,568,756 – 20,568,915
Length 159
Max. P 0.997358
window12441 window12442

overview

Window 1

Location 20,568,756 – 20,568,876
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 97.83
Mean single sequence MFE -27.10
Consensus MFE -27.06
Energy contribution -27.06
Covariance contribution 0.00
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -1.37
Structure conservation index 1.00
SVM decision value 1.12
SVM RNA-class probability 0.918718
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 20568756 120 + 23771897
CAAAAAUAUGGAAAAUUACAAUUAUUAGGCAUUUGGCUUGUUUGUUUAUUGAUAGGUGUAUUGGGGUUAUACGCUAAAUGAUACAUCGAUCGUUUGAAUAGAGCGAUCGAGCAAAACGAC
.........................(((((.....)))))(((((((.......(((((((((.(((.....)))...)))))))))((((((((.....)))))))))))))))..... ( -27.50)
>DroSec_CAF1 13526 120 + 1
CAAAAAUAUGGAAAAUUACAAUUAUUAGGCAUUUGGCUUGUUUGUUUAUUGGUAGGUGUAUUGGGGUUAUACGCUAAAUGAUACAUCGAUCGUUUGAAUAGAGCGAUCGAGCAAAACGAC
.........................(((((.....)))))(((((((.......(((((((((.(((.....)))...)))))))))((((((((.....)))))))))))))))..... ( -27.50)
>DroAna_CAF1 34562 117 + 1
CAAAAAUAUGGAAAAUUACAAUUAUUAGGCAUUUGGCUUGUUUGUUUAUUGGUAGGUGUAUUGAGGUUAUACGCUAAAUGAUACAUCGAUCGUUUGAAUAGAGCGAUCGAGCAAAAC---
.........................(((((.....)))))(((((.(((((...(((((((.......)))))))...)))))..((((((((((.....)))))))))))))))..--- ( -25.50)
>DroSim_CAF1 7183 120 + 1
CAAAAAUAUGGAAAAUUACAAUUAUUAGGCAUUUGGCUUGUUUGUUUAUUGGUAGGUGUAUUGGGGUUAUACGCUAAAUGAUACAUCGAUCGUUUGAAUAGAGCGAUCGAGCAAAACGAC
.........................(((((.....)))))(((((((.......(((((((((.(((.....)))...)))))))))((((((((.....)))))))))))))))..... ( -27.50)
>DroEre_CAF1 7054 117 + 1
CAAAAAUAUGGAAAAUUACAAUUAUUAGGCAUUUGGCUUGUUUGUUUAUUGGUAGGUGUAUUGGGGUUAUACGCUAAAUGAUACAUCGAUCGUUUGAAUAGAGCGAUCGAGCAAAAC---
.........................(((((.....)))))(((((((.......(((((((((.(((.....)))...)))))))))((((((((.....)))))))))))))))..--- ( -27.50)
>consensus
CAAAAAUAUGGAAAAUUACAAUUAUUAGGCAUUUGGCUUGUUUGUUUAUUGGUAGGUGUAUUGGGGUUAUACGCUAAAUGAUACAUCGAUCGUUUGAAUAGAGCGAUCGAGCAAAACGAC
.........................(((((.....)))))(((((((.......(((((((((.(((.....)))...)))))))))((((((((.....)))))))))))))))..... (-27.06 = -27.06 +   0.00)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 2

Location 20,568,796 – 20,568,915
Length 119
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 95.46
Mean single sequence MFE -38.40
Consensus MFE -33.14
Energy contribution -34.14
Covariance contribution 1.00
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -2.44
Structure conservation index 0.86
SVM decision value 2.84
SVM RNA-class probability 0.997358
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 20568796 119 + 23771897
UUUGUUUAUUGAUAGGUGUAUUGGGGUUAUACGCUAAAUGAUACAUCGAUCGUUUGAAUAGAGCGAUCGAGCAAAACGACGCGAUCCGGCGCGAUCAGCGC-GAUCGUUCAAUUGAUUGC
(((((((.......(((((((((.(((.....)))...)))))))))((((((((.....)))))))))))))))..((.((((((..((((.....))))-)))))))).......... ( -39.10)
>DroSec_CAF1 13566 119 + 1
UUUGUUUAUUGGUAGGUGUAUUGGGGUUAUACGCUAAAUGAUACAUCGAUCGUUUGAAUAGAGCGAUCGAGCAAAACGACGCGAUCCGCCGCGAUCAGCGC-GAUCGUUCAAUUGAUUGC
(((((((.......(((((((((.(((.....)))...)))))))))((((((((.....)))))))))))))))..((((((......)))).))...((-(((((......))))))) ( -38.20)
>DroAna_CAF1 34602 115 + 1
UUUGUUUAUUGGUAGGUGUAUUGAGGUUAUACGCUAAAUGAUACAUCGAUCGUUUGAAUAGAGCGAUCGAGCAAAAC-----GAUCCGGCGCGAUCGGGGCUGAUCGUUCAAUUGAUUGC
((((((((.((((.(((((((((.(((.....)))...))))))))).))))..))))))))((((((((....(((-----((((.(((.(.....).))))))))))...)))))))) ( -35.60)
>DroSim_CAF1 7223 119 + 1
UUUGUUUAUUGGUAGGUGUAUUGGGGUUAUACGCUAAAUGAUACAUCGAUCGUUUGAAUAGAGCGAUCGAGCAAAACGACGCGAUCCGGCGCGAUCAGCGC-GAUCGUUCAAUUGAUUGC
(((((((.......(((((((((.(((.....)))...)))))))))((((((((.....)))))))))))))))..((.((((((..((((.....))))-)))))))).......... ( -39.10)
>DroEre_CAF1 7094 114 + 1
UUUGUUUAUUGGUAGGUGUAUUGGGGUUAUACGCUAAAUGAUACAUCGAUCGUUUGAAUAGAGCGAUCGAGCAAAAC-----GAUCCGGCGCGAUCAGCGC-GAUCGUUCAAUUGAUUGC
((((((((.((((.(((((((((.(((.....)))...))))))))).))))..))))))))((((((((....(((-----((((..((((.....))))-)))))))...)))))))) ( -40.00)
>consensus
UUUGUUUAUUGGUAGGUGUAUUGGGGUUAUACGCUAAAUGAUACAUCGAUCGUUUGAAUAGAGCGAUCGAGCAAAACGACGCGAUCCGGCGCGAUCAGCGC_GAUCGUUCAAUUGAUUGC
(((((((.......(((((((((.(((.....)))...)))))))))((((((((.....))))))))))))))).....((((((..(.((((((......)))))).)....)))))) (-33.14 = -34.14 +   1.00)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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