Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 20,501,936 – 20,502,056 |
Length | 120 |
Max. P | 0.982736 |
Location | 20,501,936 – 20,502,028 |
---|---|
Length | 92 |
Sequences | 5 |
Columns | 95 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 78.07 |
Mean single sequence MFE | -39.06 |
Consensus MFE | -19.12 |
Energy contribution | -22.24 |
Covariance contribution | 3.12 |
Combinations/Pair | 1.14 |
Mean z-score | -2.57 |
Structure conservation index | 0.49 |
SVM decision value | 1.92 |
SVM RNA-class probability | 0.982736 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 20501936 92 + 23771897 CUAUGAUUGAUCUGGGCCCGCCGUCGCGGCCGAUUAUACAGUCAAUGUUGGUCAGGUCGUCGAUC---GGUGGGUCGAUCGGUGGGUCGAUCGGU .....(((((((..((((((((((((((((((((((.(((.....)))))))).))))).))).)---))))))))((((....))))))))))) ( -44.50) >DroSec_CAF1 44614 95 + 1 CUAUGAUUGAUCUGGGCCCGCCGUCGCGGCCGAUUAUACACUCAAUGUUGGUCAGGUCGGCAAUGGACGACGGGUCGAUCGGUGGGUCGAUCGGU .....(((((((..(((((((((...((((((((((.(((.....))))))))..((((........)))).)))))..)))))))))))))))) ( -41.50) >DroSim_CAF1 44483 83 + 1 CUAUGAUUGAUCUGGGCCCGCCGUCGCGGCCGAUUAUACAGUCAAUGUUGGUCAGGUCGGCGAUGGACGACGGGUCGAU------------CGGU ...(((((((((((....((((((((((((((((((.(((.....)))))))).)))).))))))).)).)))))))))------------)).. ( -37.80) >DroEre_CAF1 46816 80 + 1 CUAUGAUUGAUCUGGGCCCGCCGUCGCGGCCGAUUAUACAGUGAAUGCUGGCCAGGUCGGCGAUGGC---CGGG------------UCGAUCGGU .....(((((((..(((((((((((((((((.......((((....))))....)))).))))))).---))))------------))))))))) ( -39.00) >DroAna_CAF1 43161 86 + 1 CUAUGAUUGAUCUGGGCCCGCCGUCCCGGCCGAUUAUACAGUCCAUGUUGGUCAGGUUGGCG------GAUGCAUCGGCCAGUGGAC---UGGGC .((((((((..(.((((.....)))).)..))))))))((((((((..(((((.(((..((.------...))))))))))))))))---))... ( -32.50) >consensus CUAUGAUUGAUCUGGGCCCGCCGUCGCGGCCGAUUAUACAGUCAAUGUUGGUCAGGUCGGCGAUGG__GACGGGUCGAUC_GUGG_UCGAUCGGU ....((((((((((......((((((((((((((((.(((.....)))))))).))))).))))))....))))))))))............... (-19.12 = -22.24 + 3.12)
Location | 20,501,956 – 20,502,056 |
---|---|
Length | 100 |
Sequences | 5 |
Columns | 107 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 75.85 |
Mean single sequence MFE | -41.26 |
Consensus MFE | -19.52 |
Energy contribution | -19.54 |
Covariance contribution | 0.02 |
Combinations/Pair | 1.15 |
Mean z-score | -1.99 |
Structure conservation index | 0.47 |
SVM decision value | 0.72 |
SVM RNA-class probability | 0.833054 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 20501956 100 + 23771897 CCGUCGCGGCCGAUUAUACAGUCAAUGUUGGUCAGGUCGUCGAUC---GGUGGGUCGAUCGGUGGGUCGAUCGGUGGGUUGUUCAGUUGGCCAGGUCGAUAGG---- ((((((((((((((((.(((.....)))))))).))))).))).)---))...(((((((....(((((((.((........)).))))))).)))))))...---- ( -37.90) >DroSec_CAF1 44634 103 + 1 CCGUCGCGGCCGAUUAUACACUCAAUGUUGGUCAGGUCGGCAAUGGACGACGGGUCGAUCGGUGGGUCGAUCGGUGGGUUGUCCAGUUGGCCAGGUCGAUAGG---- ((....((((((((((.(((.....)))))))).(((((((..((((((((..(((((((((....)))))))))..))))))))))))))).)))))...))---- ( -44.30) >DroSim_CAF1 44503 91 + 1 CCGUCGCGGCCGAUUAUACAGUCAAUGUUGGUCAGGUCGGCGAUGGACGACGGGUCGAU------------CGGUGGGUUGUUCAGUUGGCCAGGUCGAUAGG---- ((((((((((((((((.(((.....)))))))).)))).))))))).((((.(((((((------------.((........)).)))))))..)))).....---- ( -37.20) >DroEre_CAF1 46836 88 + 1 CCGUCGCGGCCGAUUAUACAGUGAAUGCUGGCCAGGUCGGCGAUGGC---CGGG------------UCGAUCGGUGGGUUGUCCAGUUGGCCAGGUCGAUGGG---- (((((...(((((((...((((....))))....)))))))...(((---(.((------------(((((.((........)).))))))).))))))))).---- ( -39.90) >DroAna_CAF1 43181 98 + 1 CCGUCCCGGCCGAUUAUACAGUCCAUGUUGGUCAGGUUGGCG------GAUGCAUCGGCCAGUGGAC---UGGGCCGACUUUUCAGUUGGCCAGGUCGAUGGGUCGA .((.((((..(((((...((((((((..(((((.(((..((.------...))))))))))))))))---))((((((((....)))))))).))))).)))).)). ( -47.00) >consensus CCGUCGCGGCCGAUUAUACAGUCAAUGUUGGUCAGGUCGGCGAUGG__GACGGGUCGAUC_GUGG_UCGAUCGGUGGGUUGUUCAGUUGGCCAGGUCGAUAGG____ ((....((((((((((.(((.....)))))))).(((((((.......((....))....................((....)).))))))).)))))...)).... (-19.52 = -19.54 + 0.02)
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