Locus 760

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 2,260,431 – 2,260,551
Length 120
Max. P 0.608184
window1174

overview

Window 4

Location 2,260,431 – 2,260,551
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 86.06
Mean single sequence MFE -51.10
Consensus MFE -38.19
Energy contribution -39.33
Covariance contribution 1.14
Combinations/Pair 1.22
Mean z-score -2.50
Structure conservation index 0.75
SVM decision value 0.15
SVM RNA-class probability 0.608184
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 2260431 120 + 23771897
GCCGGGCACCUGCUCCACCACCUUUAAGCCCUAUCCCUGCUGGGACCUCCAGGAGGAGGGCAACUGCAAGGCUCUGCAAUCGGUGGUGGAUCUGGUGGUAGACCAAAACGAGGUGCUCUG
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>DroVir_CAF1 10834 120 + 1
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>DroGri_CAF1 10723 120 + 1
GCCGGGCACCUGUUCGACAACCUUCAAGCCGUACCCCUGCUGGGAUCUGCAGGAGGAGGGCAACUGCAAGGCAUUGCAAUCUGUUGUCGAUCUUGUGGUAGAUCAGAAUGAGGUGCUCUG
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>DroEre_CAF1 11261 120 + 1
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>DroWil_CAF1 21274 120 + 1
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>DroMoj_CAF1 10607 120 + 1
GCCGGGCACCUGCUCGACCACGUUCAAGCCGUAUCCCUGCUGGGACCUGCAGGAGGAGGGCAACUGCAAGGCUCUCCAGUCUGUGGUCGAUCUGGUUGUCGAUCAGAACGAGGUGCUCUG
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>consensus
GCCGGGCACCUGCUCCACAACCUUCAAGCCCUAUCCCUGCUGGGAUCUGCAGGAGGAGGGCAACUGCAAGGCACUGCAAUCGGUGGUCGAUCUGGUGGUAGAUCAAAACGAGGUGCUCUG
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alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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