Locus 7599

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	20,440,184 – 20,440,384
Length	200
Max. P	0.764383

overview

Window 6

Location	20,440,184 – 20,440,304
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	92.50
Mean single sequence MFE	-38.19
Consensus MFE	-34.18
Energy contribution	-34.50
Covariance contribution	0.32
Combinations/Pair	1.19
Mean z-score	-1.27
Structure conservation index	0.90
SVM decision value	0.46
SVM RNA-class probability	0.744204
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 20440184 120 + 23771897
AUGAUGACCAUGGAUAACUGGUGGUUCUUUGUGAUAAGUUCGAUCAGUGGAGUAUUGGGUGUUAGCUUCUCAGUGGCUUUCGCCUAUGUGGCGGAUGUUACCACAAAGGAAGAGCGCUCU
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>DroSec_CAF1 49885 120 + 1
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>DroSim_CAF1 51640 120 + 1
AUGAUGACCAUGGAUAACUGGUGGUUCUUUGUGAUUAGUUCGCUCAGUGGAGUUUUGGGCGUUAGCUUCUCAGUGGUUUUCGCCUAUGUGGCGGAUGUUACCACAAAGGAAGAGCGCUCU
......((((.(.....))))).(((((((.(((..(((((((((((.......)))))))..))))..)))(((((.((((((.....))))))....)))))....)))))))..... ( -40.10)
>DroEre_CAF1 44895 120 + 1
AUGAUGACCAUCGGAAACUGGUGGUUCUUUGUGAUCAGUUCGAUCAGUGGAGUUUUGGGCGUUAGCUUCUCCGUUGUUUUUGCCUAUGUGGCGGAUGUUACCACAAAGGAAGAACGCUCU
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>DroYak_CAF1 69812 120 + 1
AUGAUGACCAUCGAUAACUGGUGGUUCUUUGUGAUCAGUUCGACUAGUGGAGUUUUGGGCGUUAGCUUCUCGGUGGUUUUUGCCUAUGUAGCGGAUGUCACCACAAAGGACGAGCGCUCU
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>consensus
AUGAUGACCAUGGAUAACUGGUGGUUCUUUGUGAUCAGUUCGAUCAGUGGAGUUUUGGGCGUUAGCUUCUCAGUGGUUUUCGCCUAUGUGGCGGAUGUUACCACAAAGGAAGAGCGCUCU
.......((((.((.(((((((.(.......).)))))))...)).))))......((((((...(((((..(((((.((((((.....))))))....)))))...))))).)))))). (-34.18 = -34.50 +   0.32)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	20,440,224 – 20,440,344
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	91.42
Mean single sequence MFE	-41.18
Consensus MFE	-37.60
Energy contribution	-37.64
Covariance contribution	0.04
Combinations/Pair	1.24
Mean z-score	-1.28
Structure conservation index	0.91
SVM decision value	0.51
SVM RNA-class probability	0.764383
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 20440224 120 + 23771897
CGAUCAGUGGAGUAUUGGGUGUUAGCUUCUCAGUGGCUUUCGCCUAUGUGGCGGAUGUUACCACAAAGGAAGAGCGCUCUAGAUCCUAUGAACUUGUAUCGGCCACCUUUGCUGCCAGCU
....(((..(((...((((((..((((.......))))..)))))).(((((.((((......((.(((((((....)))...)))).))......)))).))))))))..)))...... ( -39.50)
>DroSec_CAF1 49925 120 + 1
CGCUCAGUGGAGUCUUGGGCGUUAGCUUCUCAGUGGUUUCCGCCUAUGUGGCGGAUGUUACCACAAAGGAAGAUCGCUCUAGAUCCUAUGGACUGGUAUCGGCCACCUUUGCUGCCAGUU
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>DroSim_CAF1 51680 120 + 1
CGCUCAGUGGAGUUUUGGGCGUUAGCUUCUCAGUGGUUUUCGCCUAUGUGGCGGAUGUUACCACAAAGGAAGAGCGCUCUAGAUCCUAUGGACUGGUAUCGGCCACCUUUGCUGCCAGUU
......((((..(((.((((((...(((((..(((((.((((((.....))))))....)))))...))))).)))))).)))..)))).((((((((.(((......))).)))))))) ( -45.30)
>DroEre_CAF1 44935 120 + 1
CGAUCAGUGGAGUUUUGGGCGUUAGCUUCUCCGUUGUUUUUGCCUAUGUGGCGGAUGUUACCACAAAGGAAGAACGCUCUAGAUCCUAUGGAUUGGUAUCGGCCACUUUCGCAGCCAGUA
(((((.((((..(((.((((((...(((((..((.((.((((((.....))))))....)).))...))))).)))))).)))..)))).))))).....(((..(....)..))).... ( -35.90)
>DroYak_CAF1 69852 120 + 1
CGACUAGUGGAGUUUUGGGCGUUAGCUUCUCGGUGGUUUUUGCCUAUGUAGCGGAUGUCACCACAAAGGACGAGCGCUCUAGAUCCUAUGGAUUGGUAUCGGCCACCUUUGCUGCCAGUU
......((((..(((.(((((((...((((..(((((.(((((.......)))))....)))))..))))..))))))).)))..)))).((((((((.(((......))).)))))))) ( -35.80)
>consensus
CGAUCAGUGGAGUUUUGGGCGUUAGCUUCUCAGUGGUUUUCGCCUAUGUGGCGGAUGUUACCACAAAGGAAGAGCGCUCUAGAUCCUAUGGACUGGUAUCGGCCACCUUUGCUGCCAGUU
...(((..(((.....((((((...(((((..(((((.((((((.....))))))....)))))...))))).))))))....)))..)))(((((((.(((......))).))))))). (-37.60 = -37.64 +   0.04)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	20,440,264 – 20,440,384
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	77.61
Mean single sequence MFE	-36.55
Consensus MFE	-23.33
Energy contribution	-24.45
Covariance contribution	1.12
Combinations/Pair	1.15
Mean z-score	-1.21
Structure conservation index	0.64
SVM decision value	-0.07
SVM RNA-class probability	0.500000
Prediction	OTHER

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 20440264 120 - 23771897
CGAUCCAUUAUGAGAUUACCCAUUGCUGGGGCGAUCACCAAGCUGGCAGCAAAGGUGGCCGAUACAAGUUCAUAGGAUCUAGAGCGCUCUUCCUUUGUGGUAACAUCCGCCACAUAGGCG
.(((((..((((((....((((....)))).((..((((..((.....))...))))..)).......)))))))))))............(((.((((((.......)))))).))).. ( -37.10)
>DroPse_CAF1 40018 94 - 1
AUAUUCAUCAGUAUGUUACCCAAGGCCGGAGAUACGACCAGGCUGGCGGCAAAGGUGGCGGACAACAUCCCGUGCGACCGCGAACGCUCCUCUG--------------------------
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>DroSec_CAF1 49965 120 - 1
AGAUCCAUUAUGAGAUUACCCAUUGCCGGGGCGAUCACCAAACUGGCAGCAAAGGUGGCCGAUACCAGUCCAUAGGAUCUAGAGCGAUCUUCCUUUGUGGUAACAUCCGCCACAUAGGCG
((((((..((((.((((.....(((((((((......))...)))))))....((((.....))))))))))))))))))...........(((.((((((.......)))))).))).. ( -36.20)
>DroSim_CAF1 51720 120 - 1
AGAUCCAUUAUGAGAUUACCCAUUGCCGGAGCGAUCACCAAACUGGCAGCAAAGGUGGCCGAUACCAGUCCAUAGGAUCUAGAGCGCUCUUCCUUUGUGGUAACAUCCGCCACAUAGGCG
((((((..((((.((((.....(((((((.............)))))))....((((.....))))))))))))))))))...........(((.((((((.......)))))).))).. ( -34.72)
>DroEre_CAF1 44975 120 - 1
AGAUCCAUUAUGAGAUUGCCCAAAGCUGGGGCGAUCACCAUACUGGCUGCGAAAGUGGCCGAUACCAAUCCAUAGGAUCUAGAGCGUUCUUCCUUUGUGGUAACAUCCGCCACAUAGGCA
((((((..((((.((((((((.......)))))))).......((((..(....)..)))).........))))))))))...........(((.((((((.......)))))).))).. ( -46.60)
>DroYak_CAF1 69892 120 - 1
AGAUCCAUGAUGAGAUUGCCCAAAAAUGGGGCGAUCACCAAACUGGCAGCAAAGGUGGCCGAUACCAAUCCAUAGGAUCUAGAGCGCUCGUCCUUUGUGGUGACAUCCGCUACAUAGGCA
(((((((((....((((((((.......)))))))).......((((.((....)).)))).........))).)))))).........(.(((.(((((((.....))))))).)))). ( -41.80)
>consensus
AGAUCCAUUAUGAGAUUACCCAAUGCCGGGGCGAUCACCAAACUGGCAGCAAAGGUGGCCGAUACCAGUCCAUAGGAUCUAGAGCGCUCUUCCUUUGUGGUAACAUCCGCCACAUAGGCG
.(((((.......((((.(((.......))).)))).......((((.((....)).)))).............)))))............(((.((((((.......)))))).))).. (-23.33 = -24.45 +   1.12)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:51:17 2006