| Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 20,324,519 – 20,324,626 |
| Length | 107 |
| Max. P | 0.763089 |
| Location | 20,324,519 – 20,324,626 |
|---|---|
| Length | 107 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 114 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 76.93 |
| Mean single sequence MFE | -34.43 |
| Consensus MFE | -20.82 |
| Energy contribution | -21.27 |
| Covariance contribution | 0.45 |
| Combinations/Pair | 1.35 |
| Mean z-score | -1.62 |
| Structure conservation index | 0.60 |
| SVM decision value | 0.51 |
| SVM RNA-class probability | 0.763089 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 20324519 107 - 23771897 GAGCCGAUAUUAUUCGUUAUGGUGACCAGAGUGGCGUUGGCCAGAUCUUCGCGUGAUACGGAAACCCGUUUGUCGUUGAGAUGCAUCUGGCCAAAGCUAGAAAUGGA------- ..(((.(((........))))))..(((...((((.(((((((((((((.(((....((((....))))....))).))))....))))))))).))))....))).------- ( -38.10) >DroVir_CAF1 23876 111 - 1 GAGCCUAUGUUGUUGGUAAUGGUGACGAGCGUGGCAUUCGCCAGAUCCUCUCUAGAUACCGAGCAGCGUUUGUCGUUUAGAUGCAUCUGGCCAAAGCUACAAGCAAGGCC---G (.((((.(((((((.((.......)).)))(((((.((.(((((((.(..(((((((..(((((...)))))..))))))).).))))))).)).))))).)))))))))---. ( -39.40) >DroPse_CAF1 21810 107 - 1 GAGCCAAUAUUGUUGGUUAUAGUGACUAGUGUGGCAUUGGCCAGGUCUUCACGGGACACUGAAACCCGCUUGUCAUCGAUGUGCAUUUGGCCAAAGCUGAAAACAAA------- .(((((((...)))))))..........((.((((.((((((((((...(((((((((.((.....))..)))).))).))...)))))))))).))))...))...------- ( -30.10) >DroGri_CAF1 26426 114 - 1 GAGCCAAUAUUGUUGGUGAUUGUGACAAGCGUGGCAUUGGCCAGAUCCUCUCUGGACACCGAAUGGCGUUUGUCGUUUAUAUGCAUCUGACCGAAGCUUAAAACAAAAUGCAAA ..((((((...))))))..(((((((((((((.(..(((((((((.....)))))...)))).).)))))))))((((.((.((.((.....)).)).)))))).....)))). ( -31.70) >DroWil_CAF1 23600 107 - 1 GAGCCAAUGUUAUUGGUUAUAGUCACUAACGUGGCAUUGGCCAAAUCUUCGCGGGAUACCGACACACGUUUGUCGUUGAUGUGCAUUUGGCCAAAACUGGAAAUUCA------- .(((((((...)))))))...(((((....))))).((((((((((....((((....))).).((((((.......)))))).)))))))))).............------- ( -35.10) >DroPer_CAF1 21967 107 - 1 GAGCCAAUAUUGUUGGUUAUAGUGACUAGUGUGGCAUUGGCCAGGUCUUCGCGGGACACUGAAACCCGCUUGUCAUCGAUGUGCAUUUGGCCAAAGCUGAAAACAAA------- .(((((((...)))))))..........((.((((.((((((((((....(((((.........)))))..(.(((....)))))))))))))).))))...))...------- ( -32.20) >consensus GAGCCAAUAUUGUUGGUUAUAGUGACUAGCGUGGCAUUGGCCAGAUCUUCGCGGGACACCGAAACCCGUUUGUCGUUGAUAUGCAUCUGGCCAAAGCUGAAAACAAA_______ .(((((((...))))))).............((((.(((((((((((....(((((((.((.....))..)))).)))....).)))))))))).))))............... (-20.82 = -21.27 + 0.45)
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