Locus 7557

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 20,294,411 – 20,294,531
Length 120
Max. P 0.513055
window12279

overview

Window 9

Location 20,294,411 – 20,294,531
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 79.39
Mean single sequence MFE -43.70
Consensus MFE -21.10
Energy contribution -21.86
Covariance contribution 0.75
Combinations/Pair 1.39
Mean z-score -2.08
Structure conservation index 0.48
SVM decision value -0.04
SVM RNA-class probability 0.513055
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 20294411 120 + 23771897
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>DroVir_CAF1 7252 120 + 1
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>DroGri_CAF1 4048 120 + 1
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>DroWil_CAF1 3695 120 + 1
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>DroMoj_CAF1 5727 120 + 1
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>DroAna_CAF1 3892 120 + 1
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>consensus
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alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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