Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 2,248,147 – 2,248,302 |
Length | 155 |
Max. P | 0.876297 |
Location | 2,248,147 – 2,248,262 |
---|---|
Length | 115 |
Sequences | 6 |
Columns | 118 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 79.47 |
Mean single sequence MFE | -48.75 |
Consensus MFE | -28.71 |
Energy contribution | -30.27 |
Covariance contribution | 1.56 |
Combinations/Pair | 1.26 |
Mean z-score | -2.21 |
Structure conservation index | 0.59 |
SVM decision value | 0.89 |
SVM RNA-class probability | 0.876297 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 2248147 115 - 23771897 GGCUUGAAGCUGGCCAGUGGACUGGAGAUCCUGGCCACUCAAGCCAAGCGGGUUGAGGGCCAACAGCUGGAGGAC---CUUCCUGCCUGGCGAUCGUAUCUGCGGAGCUUGCUGAGCA (((((((.(.(((((((.((.(....).)))))))))))))))))..(((((((((..((((...((.((((...---.)))).)).))))..))).))))))...((((...)))). ( -50.10) >DroVir_CAF1 1740 115 - 1 GGUGUGAAGCUAGUCAGCGGCUUAGAAAUACUGGCCAGCCAGGCAAAGCGUGCUGGCGAGC---AGCUGGACGAACAAUCGCCCGCAUGGCGAUCGUAUUUGCGCAGCUUGCAAGGCA ........(((.(((((((((((.(.....((((....)))).).)))).)))))))..((---((((((.(((((.((((((.....)))))).))..)))).)))).)))..))). ( -44.50) >DroSec_CAF1 1644 115 - 1 GGCUUGAAGCUGGCCAGUGGACUGGAGAUCCUGGCCACUCAAGCCAAGCGGGUAGAGGGGCAACAGCUCGAGGAC---CUUCCUGCCUGGCGGUCGUAUCUGCGCAGCUUGCAGAGCA (((((((.(.(((((((.((.(....).)))))))))))))))))..((((((.(((.(....)..)))....))---))..(((((((((((......)))).)))...)))).)). ( -48.70) >DroEre_CAF1 1667 115 - 1 GGCUUGAAACUGGCCAGUGGACUGGAGAUCCUGGCCACUCAAGCCAAGCGGGUAGAGGGCCAAAAGCUGGAAGAU---CUUCCUGCCUGGCGAUCGUAUCUGCGGAGCUUGCAGAGCA (((((((...(((((((.((.(....).))))))))).)))))))..(((((((((..((((...((.((((...---.)))).)).))))..)).)))))))...((((...)))). ( -50.40) >DroYak_CAF1 1636 115 - 1 GGCUUGAAGCUGGCCAGUGGAUUGGAGAUCCUGGCCACUCAAGCCAAGCGGAUAGAGGGCCAAAAGCUGGAAGAU---CUUCCUGCAUGGCGAUCGUAUCUGCGGAGCUUGCAGAGCA (((((((.(.((((((..(((((...)))))))))))))))))))..(((((((((..((((...((.((((...---.)))).)).))))..)).)))))))...((((...)))). ( -52.30) >DroMoj_CAF1 1707 115 - 1 GGCGUAAAGCUGGCCAGCGGCUUGGAAAUACUUGCCAGCCAGGCGAAACGGGCUGGCGACC---AGCUGGACGACAAAUCACCUGCCUGGCGUGCAUAUCUGCGCAGUUUGCAAGGCA .((...((((((.....)))))).......(((((..((((((((...(.((((((...))---)))).)..((....))...))))))))(((((....))))).....))))))). ( -46.50) >consensus GGCUUGAAGCUGGCCAGUGGACUGGAGAUCCUGGCCACUCAAGCCAAGCGGGUAGAGGGCCAA_AGCUGGAAGAC___CUUCCUGCCUGGCGAUCGUAUCUGCGCAGCUUGCAGAGCA .((((.....(((((((.............)))))))..(((((...(((((..((..((((...((.(((((.....))))).)).))))..))...)))))...)))))..)))). (-28.71 = -30.27 + 1.56)
Location | 2,248,187 – 2,248,302 |
---|---|
Length | 115 |
Sequences | 6 |
Columns | 118 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 75.70 |
Mean single sequence MFE | -38.43 |
Consensus MFE | -21.17 |
Energy contribution | -23.23 |
Covariance contribution | 2.06 |
Combinations/Pair | 1.21 |
Mean z-score | -1.57 |
Structure conservation index | 0.55 |
SVM decision value | 0.08 |
SVM RNA-class probability | 0.574429 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 2248187 115 + 23771897 ---GUCCUCCAGCUGUUGGCCCUCAACCCGCUUGGCUUGAGUGGCCAGGAUCUCCAGUCCACUGGCCAGCUUCAAGCCCAAUAGUUGUUCCUUAUAUCGUUCCGGCUCGGAUACAGGA ---.((((.(((((((((((.........))..((((((((((((((((((.....))))..))))))..)))))))))))))))))...........((((((...)))).)))))) ( -40.60) >DroGri_CAF1 1796 115 + 1 CUUUUCAUCCGCCU---CGUCGCCCGCACGCUUCGCCUGACUGGCCAGUAUCUCUAGACCGCUGGCAAGCUUAACGCCCAGCAGCUGUUCCUUGUGGGCCUCCGGUUGGGCCACAGCG ..............---...........((((..(((..((((((((((.((....))..)))))).........(((((.(((.......))))))))...))))..)))...)))) ( -37.30) >DroSec_CAF1 1684 115 + 1 ---GUCCUCGAGCUGUUGCCCCUCUACCCGCUUGGCUUGAGUGGCCAGGAUCUCCAGUCCACUGGCCAGCUUCAAGCCCAAUAGCUGCUCCUUAUACCGUUCCGGCUCUGAUACAGGA ---.(((((((((((..((..........(((.((((((((((((((((((.....))))..))))))..))))))))....))).............))..)))))).))....))) ( -37.10) >DroEre_CAF1 1707 115 + 1 ---AUCUUCCAGCUUUUGGCCCUCUACCCGCUUGGCUUGAGUGGCCAGGAUCUCCAGUCCACUGGCCAGUUUCAAGCCCAAGAGUUGCUCCUUAUACCGUUCCGGCUCGGAUACAGGA ---......(((((((((((.........))..((((((((((((((((((.....))))..))))))..))))))))))))))))).(((((((.(((........)))))).)))) ( -40.50) >DroYak_CAF1 1676 115 + 1 ---AUCUUCCAGCUUUUGGCCCUCUAUCCGCUUGGCUUGAGUGGCCAGGAUCUCCAAUCCACUGGCCAGCUUCAAGCCCAAGAGUUGCUCCUUAUACCGUUCCGGUUCGUUUACAGGA ---......(((((((((((.........))..((((((((((((((((((.....))))..))))))..))))))))))))))))).((((((.((((...)))).....)).)))) ( -37.10) >DroMoj_CAF1 1747 115 + 1 UUUGUCGUCCAGCU---GGUCGCCAGCCCGUUUCGCCUGGCUGGCAAGUAUUUCCAAGCCGCUGGCCAGCUUUACGCCCAACAGCUGUUCCUUGUAGCACUCUGGAUUCGCAACGGCG ...(((((..((((---(((((((((((.(......).))))))).(((...........)))))))))))....(((((...((((.......))))....)))....)).))))). ( -38.00) >consensus ___GUCCUCCAGCU_UUGGCCCUCUACCCGCUUGGCUUGAGUGGCCAGGAUCUCCAGUCCACUGGCCAGCUUCAAGCCCAACAGCUGCUCCUUAUACCGUUCCGGCUCGGAUACAGGA .........((((((((((...............((((((((((((((.............)))))))..)))))))))))))))))............................... (-21.17 = -23.23 + 2.06)
Location | 2,248,187 – 2,248,302 |
---|---|
Length | 115 |
Sequences | 6 |
Columns | 118 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 75.70 |
Mean single sequence MFE | -42.75 |
Consensus MFE | -22.68 |
Energy contribution | -23.60 |
Covariance contribution | 0.92 |
Combinations/Pair | 1.34 |
Mean z-score | -1.59 |
Structure conservation index | 0.53 |
SVM decision value | -0.07 |
SVM RNA-class probability | 0.500000 |
Prediction | OTHER |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 2248187 115 - 23771897 UCCUGUAUCCGAGCCGGAACGAUAUAAGGAACAACUAUUGGGCUUGAAGCUGGCCAGUGGACUGGAGAUCCUGGCCACUCAAGCCAAGCGGGUUGAGGGCCAACAGCUGGAGGAC--- ((((.(...((((((.((...................)).)))))).(((((.((((....))))......(((((.(((((.((....)).)))))))))).)))))).)))).--- ( -44.51) >DroGri_CAF1 1796 115 - 1 CGCUGUGGCCCAACCGGAGGCCCACAAGGAACAGCUGCUGGGCGUUAAGCUUGCCAGCGGUCUAGAGAUACUGGCCAGUCAGGCGAAGCGUGCGGGCGACG---AGGCGGAUGAAAAG ((((((.((((.......(..((....))..).((((((...((((..(((.(((((..(((....))).))))).)))..)))).)))).)))))).)).---.))))......... ( -42.70) >DroSec_CAF1 1684 115 - 1 UCCUGUAUCAGAGCCGGAACGGUAUAAGGAGCAGCUAUUGGGCUUGAAGCUGGCCAGUGGACUGGAGAUCCUGGCCACUCAAGCCAAGCGGGUAGAGGGGCAACAGCUCGAGGAC--- ((((........((((...)))).....((((.(((....(((((((.(.(((((((.((.(....).))))))))))))))))).))).........(....).)))).)))).--- ( -42.40) >DroEre_CAF1 1707 115 - 1 UCCUGUAUCCGAGCCGGAACGGUAUAAGGAGCAACUCUUGGGCUUGAAACUGGCCAGUGGACUGGAGAUCCUGGCCACUCAAGCCAAGCGGGUAGAGGGCCAAAAGCUGGAAGAU--- ((((.((((((.((((...))))...(((((...))))).(((((((...(((((((.((.(....).))))))))).)))))))...)))))).))))(((.....))).....--- ( -44.20) >DroYak_CAF1 1676 115 - 1 UCCUGUAAACGAACCGGAACGGUAUAAGGAGCAACUCUUGGGCUUGAAGCUGGCCAGUGGAUUGGAGAUCCUGGCCACUCAAGCCAAGCGGAUAGAGGGCCAAAAGCUGGAAGAU--- ((((.((..((.((((...))))...(((((...))))).(((((((.(.((((((..(((((...)))))))))))))))))))...))..)).))))(((.....))).....--- ( -38.90) >DroMoj_CAF1 1747 115 - 1 CGCCGUUGCGAAUCCAGAGUGCUACAAGGAACAGCUGUUGGGCGUAAAGCUGGCCAGCGGCUUGGAAAUACUUGCCAGCCAGGCGAAACGGGCUGGCGACC---AGCUGGACGACAAA ((((((((.(..((((..((.((....)).))(((((((((.((......)).))))))))))))).....(((((((((.(......).)))))))))))---))).)).))..... ( -43.80) >consensus UCCUGUAUCCGAGCCGGAACGGUAUAAGGAACAACUAUUGGGCUUGAAGCUGGCCAGUGGACUGGAGAUCCUGGCCACUCAAGCCAAGCGGGUAGAGGGCCAA_AGCUGGAAGAC___ .............((((.........((((.((((((((((.(........).))))))).)))....))))((((.(((.(.((....)).).))))))).....))))........ (-22.68 = -23.60 + 0.92)
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