Locus 754

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 2,248,147 – 2,248,302
Length 155
Max. P 0.876297
window1161 window1162 window1163

overview

Window 1

Location 2,248,147 – 2,248,262
Length 115
Sequences 6
Columns 118
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 79.47
Mean single sequence MFE -48.75
Consensus MFE -28.71
Energy contribution -30.27
Covariance contribution 1.56
Combinations/Pair 1.26
Mean z-score -2.21
Structure conservation index 0.59
SVM decision value 0.89
SVM RNA-class probability 0.876297
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 2248147 115 - 23771897
GGCUUGAAGCUGGCCAGUGGACUGGAGAUCCUGGCCACUCAAGCCAAGCGGGUUGAGGGCCAACAGCUGGAGGAC---CUUCCUGCCUGGCGAUCGUAUCUGCGGAGCUUGCUGAGCA
(((((((.(.(((((((.((.(....).)))))))))))))))))..(((((((((..((((...((.((((...---.)))).)).))))..))).))))))...((((...)))). ( -50.10)
>DroVir_CAF1 1740 115 - 1
GGUGUGAAGCUAGUCAGCGGCUUAGAAAUACUGGCCAGCCAGGCAAAGCGUGCUGGCGAGC---AGCUGGACGAACAAUCGCCCGCAUGGCGAUCGUAUUUGCGCAGCUUGCAAGGCA
........(((.(((((((((((.(.....((((....)))).).)))).)))))))..((---((((((.(((((.((((((.....)))))).))..)))).)))).)))..))). ( -44.50)
>DroSec_CAF1 1644 115 - 1
GGCUUGAAGCUGGCCAGUGGACUGGAGAUCCUGGCCACUCAAGCCAAGCGGGUAGAGGGGCAACAGCUCGAGGAC---CUUCCUGCCUGGCGGUCGUAUCUGCGCAGCUUGCAGAGCA
(((((((.(.(((((((.((.(....).)))))))))))))))))..((((((.(((.(....)..)))....))---))..(((((((((((......)))).)))...)))).)). ( -48.70)
>DroEre_CAF1 1667 115 - 1
GGCUUGAAACUGGCCAGUGGACUGGAGAUCCUGGCCACUCAAGCCAAGCGGGUAGAGGGCCAAAAGCUGGAAGAU---CUUCCUGCCUGGCGAUCGUAUCUGCGGAGCUUGCAGAGCA
(((((((...(((((((.((.(....).))))))))).)))))))..(((((((((..((((...((.((((...---.)))).)).))))..)).)))))))...((((...)))). ( -50.40)
>DroYak_CAF1 1636 115 - 1
GGCUUGAAGCUGGCCAGUGGAUUGGAGAUCCUGGCCACUCAAGCCAAGCGGAUAGAGGGCCAAAAGCUGGAAGAU---CUUCCUGCAUGGCGAUCGUAUCUGCGGAGCUUGCAGAGCA
(((((((.(.((((((..(((((...)))))))))))))))))))..(((((((((..((((...((.((((...---.)))).)).))))..)).)))))))...((((...)))). ( -52.30)
>DroMoj_CAF1 1707 115 - 1
GGCGUAAAGCUGGCCAGCGGCUUGGAAAUACUUGCCAGCCAGGCGAAACGGGCUGGCGACC---AGCUGGACGACAAAUCACCUGCCUGGCGUGCAUAUCUGCGCAGUUUGCAAGGCA
.((...((((((.....)))))).......(((((..((((((((...(.((((((...))---)))).)..((....))...))))))))(((((....))))).....))))))). ( -46.50)
>consensus
GGCUUGAAGCUGGCCAGUGGACUGGAGAUCCUGGCCACUCAAGCCAAGCGGGUAGAGGGCCAA_AGCUGGAAGAC___CUUCCUGCCUGGCGAUCGUAUCUGCGCAGCUUGCAGAGCA
.((((.....(((((((.............)))))))..(((((...(((((..((..((((...((.(((((.....))))).)).))))..))...)))))...)))))..)))). (-28.71 = -30.27 +   1.56) 

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 2

Location 2,248,187 – 2,248,302
Length 115
Sequences 6
Columns 118
Reading direction forward
Mean pairwise identity 75.70
Mean single sequence MFE -38.43
Consensus MFE -21.17
Energy contribution -23.23
Covariance contribution 2.06
Combinations/Pair 1.21
Mean z-score -1.57
Structure conservation index 0.55
SVM decision value 0.08
SVM RNA-class probability 0.574429
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 2248187 115 + 23771897
---GUCCUCCAGCUGUUGGCCCUCAACCCGCUUGGCUUGAGUGGCCAGGAUCUCCAGUCCACUGGCCAGCUUCAAGCCCAAUAGUUGUUCCUUAUAUCGUUCCGGCUCGGAUACAGGA
---.((((.(((((((((((.........))..((((((((((((((((((.....))))..))))))..)))))))))))))))))...........((((((...)))).)))))) ( -40.60)
>DroGri_CAF1 1796 115 + 1
CUUUUCAUCCGCCU---CGUCGCCCGCACGCUUCGCCUGACUGGCCAGUAUCUCUAGACCGCUGGCAAGCUUAACGCCCAGCAGCUGUUCCUUGUGGGCCUCCGGUUGGGCCACAGCG
..............---...........((((..(((..((((((((((.((....))..)))))).........(((((.(((.......))))))))...))))..)))...)))) ( -37.30)
>DroSec_CAF1 1684 115 + 1
---GUCCUCGAGCUGUUGCCCCUCUACCCGCUUGGCUUGAGUGGCCAGGAUCUCCAGUCCACUGGCCAGCUUCAAGCCCAAUAGCUGCUCCUUAUACCGUUCCGGCUCUGAUACAGGA
---.(((((((((((..((..........(((.((((((((((((((((((.....))))..))))))..))))))))....))).............))..)))))).))....))) ( -37.10)
>DroEre_CAF1 1707 115 + 1
---AUCUUCCAGCUUUUGGCCCUCUACCCGCUUGGCUUGAGUGGCCAGGAUCUCCAGUCCACUGGCCAGUUUCAAGCCCAAGAGUUGCUCCUUAUACCGUUCCGGCUCGGAUACAGGA
---......(((((((((((.........))..((((((((((((((((((.....))))..))))))..))))))))))))))))).(((((((.(((........)))))).)))) ( -40.50)
>DroYak_CAF1 1676 115 + 1
---AUCUUCCAGCUUUUGGCCCUCUAUCCGCUUGGCUUGAGUGGCCAGGAUCUCCAAUCCACUGGCCAGCUUCAAGCCCAAGAGUUGCUCCUUAUACCGUUCCGGUUCGUUUACAGGA
---......(((((((((((.........))..((((((((((((((((((.....))))..))))))..))))))))))))))))).((((((.((((...)))).....)).)))) ( -37.10)
>DroMoj_CAF1 1747 115 + 1
UUUGUCGUCCAGCU---GGUCGCCAGCCCGUUUCGCCUGGCUGGCAAGUAUUUCCAAGCCGCUGGCCAGCUUUACGCCCAACAGCUGUUCCUUGUAGCACUCUGGAUUCGCAACGGCG
...(((((..((((---(((((((((((.(......).))))))).(((...........)))))))))))....(((((...((((.......))))....)))....)).))))). ( -38.00)
>consensus
___GUCCUCCAGCU_UUGGCCCUCUACCCGCUUGGCUUGAGUGGCCAGGAUCUCCAGUCCACUGGCCAGCUUCAAGCCCAACAGCUGCUCCUUAUACCGUUCCGGCUCGGAUACAGGA
.........((((((((((...............((((((((((((((.............)))))))..)))))))))))))))))............................... (-21.17 = -23.23 +   2.06) 

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 3

Location 2,248,187 – 2,248,302
Length 115
Sequences 6
Columns 118
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 75.70
Mean single sequence MFE -42.75
Consensus MFE -22.68
Energy contribution -23.60
Covariance contribution 0.92
Combinations/Pair 1.34
Mean z-score -1.59
Structure conservation index 0.53
SVM decision value -0.07
SVM RNA-class probability 0.500000
Prediction OTHER

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 2248187 115 - 23771897
UCCUGUAUCCGAGCCGGAACGAUAUAAGGAACAACUAUUGGGCUUGAAGCUGGCCAGUGGACUGGAGAUCCUGGCCACUCAAGCCAAGCGGGUUGAGGGCCAACAGCUGGAGGAC---
((((.(...((((((.((...................)).)))))).(((((.((((....))))......(((((.(((((.((....)).)))))))))).)))))).)))).--- ( -44.51)
>DroGri_CAF1 1796 115 - 1
CGCUGUGGCCCAACCGGAGGCCCACAAGGAACAGCUGCUGGGCGUUAAGCUUGCCAGCGGUCUAGAGAUACUGGCCAGUCAGGCGAAGCGUGCGGGCGACG---AGGCGGAUGAAAAG
((((((.((((.......(..((....))..).((((((...((((..(((.(((((..(((....))).))))).)))..)))).)))).)))))).)).---.))))......... ( -42.70)
>DroSec_CAF1 1684 115 - 1
UCCUGUAUCAGAGCCGGAACGGUAUAAGGAGCAGCUAUUGGGCUUGAAGCUGGCCAGUGGACUGGAGAUCCUGGCCACUCAAGCCAAGCGGGUAGAGGGGCAACAGCUCGAGGAC---
((((........((((...)))).....((((.(((....(((((((.(.(((((((.((.(....).))))))))))))))))).))).........(....).)))).)))).--- ( -42.40)
>DroEre_CAF1 1707 115 - 1
UCCUGUAUCCGAGCCGGAACGGUAUAAGGAGCAACUCUUGGGCUUGAAACUGGCCAGUGGACUGGAGAUCCUGGCCACUCAAGCCAAGCGGGUAGAGGGCCAAAAGCUGGAAGAU---
((((.((((((.((((...))))...(((((...))))).(((((((...(((((((.((.(....).))))))))).)))))))...)))))).))))(((.....))).....--- ( -44.20)
>DroYak_CAF1 1676 115 - 1
UCCUGUAAACGAACCGGAACGGUAUAAGGAGCAACUCUUGGGCUUGAAGCUGGCCAGUGGAUUGGAGAUCCUGGCCACUCAAGCCAAGCGGAUAGAGGGCCAAAAGCUGGAAGAU---
((((.((..((.((((...))))...(((((...))))).(((((((.(.((((((..(((((...)))))))))))))))))))...))..)).))))(((.....))).....--- ( -38.90)
>DroMoj_CAF1 1747 115 - 1
CGCCGUUGCGAAUCCAGAGUGCUACAAGGAACAGCUGUUGGGCGUAAAGCUGGCCAGCGGCUUGGAAAUACUUGCCAGCCAGGCGAAACGGGCUGGCGACC---AGCUGGACGACAAA
((((((((.(..((((..((.((....)).))(((((((((.((......)).))))))))))))).....(((((((((.(......).)))))))))))---))).)).))..... ( -43.80)
>consensus
UCCUGUAUCCGAGCCGGAACGGUAUAAGGAACAACUAUUGGGCUUGAAGCUGGCCAGUGGACUGGAGAUCCUGGCCACUCAAGCCAAGCGGGUAGAGGGCCAA_AGCUGGAAGAC___
.............((((.........((((.((((((((((.(........).))))))).)))....))))((((.(((.(.((....)).).))))))).....))))........ (-22.68 = -23.60 +   0.92) 

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript


Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 09:50:25 2006