Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 20,225,552 – 20,225,654 |
Length | 102 |
Max. P | 0.972722 |
Location | 20,225,552 – 20,225,654 |
---|---|
Length | 102 |
Sequences | 5 |
Columns | 103 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 91.20 |
Mean single sequence MFE | -28.02 |
Consensus MFE | -22.50 |
Energy contribution | -22.14 |
Covariance contribution | -0.36 |
Combinations/Pair | 1.19 |
Mean z-score | -2.23 |
Structure conservation index | 0.80 |
SVM decision value | 1.70 |
SVM RNA-class probability | 0.972722 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 20225552 102 + 23771897 GGGAGCAUCUGUGUGAUAUGAUUAGGUUGCAGUUGCACAACACCGAG-AUGCAAACUACAUGAAUUACAAGUUUGUGAUUUAAUCAAGAUUGCAUAUCGUUUA ....(((.(((((...((....))...))))).))).......(((.-((((((.((...(((((((((....)))))))))....)).)))))).))).... ( -24.10) >DroSec_CAF1 39038 102 + 1 GGGAGCAUCUAUGUGAUAUGAUUAGGUUGCAGUUGCACAACACCGAG-AUGCACACUGCAUGAAUUACAAGUUUGUGAGUUAAUCAAGAUUGCAUAACGUUUA ..((((...((((..((.(((((((..(((((((((((........)-.)))).))))))....(((((....))))).)))))))..))..))))..)))). ( -25.80) >DroSim_CAF1 34447 102 + 1 GGGAGCAUCUAUGUGAUAUGAUUAGGUUGCAGUUGCACAACACCGAG-AUGCACACUGCAUGAAUUACAAGUUUGUGAUUUAAUCAAGAUUGCAUAACGUUUA ..((((...((((..((.(((((....(((((((((((........)-.)))).)))))).((((((((....)))))))))))))..))..))))..)))). ( -26.90) >DroEre_CAF1 35215 102 + 1 GGGCGCAUCUGUGUGAUAUGAUUAGGUUGCAGUUGCAUAACACCCAGAAUGCAUGCUACAAGAACUACAAGUUUGUGAUUUAAUCAAG-UUGCACAUCGCUUA (((((....((((..((.(((((((((..(((((((((..........))))).)))....((((.....)))))..))))))))).)-)..)))).))))). ( -31.50) >DroYak_CAF1 48019 101 + 1 GGGAGCAUCUAUGUAAUAUGAUUAGGUUGCAGUUGCAUAACACUGAG-AUGCAUGCUGCAUGAAUUACAAGUUUGUGAUUUAAUCGAG-UUGCAUAUCGCUUA ..((((...((((((((.(((((....(((((((((((.........-))))).)))))).((((((((....))))))))))))).)-)))))))..)))). ( -31.80) >consensus GGGAGCAUCUAUGUGAUAUGAUUAGGUUGCAGUUGCACAACACCGAG_AUGCACACUGCAUGAAUUACAAGUUUGUGAUUUAAUCAAGAUUGCAUAUCGUUUA ..((((...(((((((..(((((((((((((((((((............)))).)))))((((((.....))))))))))))))))...)))))))..)))). (-22.50 = -22.14 + -0.36)
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