Locus 7511

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 20,185,318 – 20,185,423
Length 105
Max. P 0.847627
window12216

overview

Window 6

Location 20,185,318 – 20,185,423
Length 105
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 78.81
Mean single sequence MFE -35.35
Consensus MFE -18.99
Energy contribution -19.80
Covariance contribution 0.81
Combinations/Pair 1.21
Mean z-score -2.22
Structure conservation index 0.54
SVM decision value 0.78
SVM RNA-class probability 0.847627
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 20185318 105 - 23771897
AUGUCAGCU--CGGAUGC------------CGAUGCUCGUCAUCGUUAAGGACCGAUUUGUUCUUUUAUUUAUAAACCAAAUUGGGAAUUAACGCAGAUUGAGCGUUGGGCGC-CGACAC
......(.(--(((.(((------------(((((((((((..((((((...((((((((.................))))))))...))))))..)).)))))))).)))))-)))).. ( -36.53)
>DroPse_CAF1 18191 116 - 1
AUGUCAGCUCUCGGAUGC-GGUGCUCAUGUGGAUGUGUGUCAAUGCUGAGAGUCGAUUU---UCGUUAUUUAUAAACCAAAUUAGGGAUAAACGGAAAUUGGGCGUCAGGCGUUUGGCAC
.(((((((((((((....-((..(.(((....))).)..))....))))))))((((((---((((((((..(((......)))..))).)))))))))))((((.....))))))))). ( -35.10)
>DroSim_CAF1 18751 105 - 1
AUGUCAGCU--CGGAUGC------------CGAUGCUCGUCAUCGUUAAGGACCGAUUUGUUCUUUUAUUUAUAAACCAAAUUGGGAAUUAACGCAGAUUGAGCGUUGGGCGC-CGACAC
......(.(--(((.(((------------(((((((((((..((((((...((((((((.................))))))))...))))))..)).)))))))).)))))-)))).. ( -36.53)
>DroEre_CAF1 18289 105 - 1
AUGUCAGCU--CGGAUGC------------CGAUGCUCGUCAUCGUUAAGCACCGAUUUGUUCUUUUAUUUAUAAACCAAAUUGGGAAUUAACGCAGAUUGAGCGUUGGGCGC-CAACAC
.........--.((.(((------------(((((((((((..((((((...((((((((.................))))))))...))))))..)).)))))))).)))))-)..... ( -33.43)
>DroYak_CAF1 17703 111 - 1
AUGUCAGCU--CGGAUGCUGGUGC------UGAUGCUCGUCAUCGUUAAGGACCGAUUUGUUCCUUUAUUUAUAAACCAAAUUGGGAAUUAACGCAGAUUGAGCGUUGGGCGG-CAACAC
.(..((((.--.....))))..)(------..(((((((((..((((((...((((((((.................))))))))...))))))..)).)))))))..)..(.-...).. ( -35.43)
>DroPer_CAF1 18128 116 - 1
AUGUCAGCUCUCGGAUGC-GGUGCUCAUGUGGAUGUGUGUCAAUGCUGAGAGUCGAUUU---UCGUUAUUUAUAAACCAAAUUAGGGAUAAACGGAAAUUGGGCGUCAGGCGUUUGGCAC
.(((((((((((((....-((..(.(((....))).)..))....))))))))((((((---((((((((..(((......)))..))).)))))))))))((((.....))))))))). ( -35.10)
>consensus
AUGUCAGCU__CGGAUGC____________CGAUGCUCGUCAUCGUUAAGGACCGAUUUGUUCCUUUAUUUAUAAACCAAAUUGGGAAUUAACGCAGAUUGAGCGUUGGGCGC_CGACAC
.((((.((........))............(((((((((....((((((...((((((((.................))))))))...)))))).....)))))))))))))........ (-18.99 = -19.80 +   0.81)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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