Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 20,035,325 – 20,035,445 |
Length | 120 |
Max. P | 0.570716 |
Location | 20,035,325 – 20,035,445 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 93.17 |
Mean single sequence MFE | -52.09 |
Consensus MFE | -44.34 |
Energy contribution | -44.59 |
Covariance contribution | 0.26 |
Combinations/Pair | 1.15 |
Mean z-score | -1.55 |
Structure conservation index | 0.85 |
SVM decision value | 0.07 |
SVM RNA-class probability | 0.570716 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 20035325 120 + 23771897 UCCACGGGUCGAUAUCCGGAUGACGUCUGCAGGAACAUCUUGUCGAUGUGCGCGGGCGCAUCGUCCGUGGGCGAGACGACCGGCGUGAAUGGGUUGUAGAUCUCCUCGCCAUCGGCCGGA ....(.(((((((...((((((((((((((....(((((.....)))))..)))))))..)))))))..((((((((((((.(......).)))))).......))))))))))))).). ( -53.61) >DroSec_CAF1 2452 120 + 1 UCCACGGGUCGAUAUCCGGAUGACGUCUGCAGGAACAUCUUGUCGAUGUGCGCGGGCGCAUCGUCCGUGGGCGAGACGACCGGCGUGAACGGGUUGUAGAUCUCCUCGCCAUCGGCCGGA ....(.(((((((...((((((((((((((....(((((.....)))))..)))))))..)))))))..((((((((((((..((....)))))))).......))))))))))))).). ( -55.31) >DroSim_CAF1 2466 120 + 1 UCCACGGGUCGAUAUCCGGAUGACGUCUGCAGGAACAUCUUGUCGAUGUGCGCGGGCGCAUCGUCCGUGGGCGAGACGACCGGCGUGAAUGGGUUGUAGAUCUCCUCGCCAUCGGCCGGA ....(.(((((((...((((((((((((((....(((((.....)))))..)))))))..)))))))..((((((((((((.(......).)))))).......))))))))))))).). ( -53.61) >DroEre_CAF1 6490 120 + 1 UCCACCGGUCGAUAUCCGGAUGACGUCUGCAGGAACAUCUUGUCGAUGUGCGCGGGCGCAUCGUCCGUGGGCGAGACGACCGGCGUGAAUGGGUUGUAGAUCUCCUCGCCCUCGGCCGGA ....((((((((....((((((((((((((....(((((.....)))))..)))))))..))))))).(((((((((((((.(......).)))))).......))))))))))))))). ( -59.31) >DroWil_CAF1 117896 120 + 1 UCCACUGGUCGAUACCCUGAUGACGUCUGCAAGAACAUUUUGUCUAUAUGCGCGGGCGUAUCAUCAGUGGGCGAGACGACCGGUGUGAAUGGAUUGUAGAUCUCUUCCCCCUCAGUUGGG ..(((((((((...((((((((((((((((.....................)))))))..))))))).))......))))))))).(((.(((((...))))).))).(((......))) ( -42.00) >DroYak_CAF1 2415 120 + 1 UCCACCGGUCGAUAUCCGGAUGACGUCUGCAGGAACAUCUUGUCGAUGUGCGCGGGCGCAUCGUCCGUAGGCGAGACGACCGGCGUGAAUGGGUUGUAGAUCUCCUCGCCCUCGGGAGGA (((..(((.......)))((((.(((((((....(((((.....)))))..))))))))))).((((..((((((((((((.(......).)))))).......))))))..)))).))) ( -48.71) >consensus UCCACGGGUCGAUAUCCGGAUGACGUCUGCAGGAACAUCUUGUCGAUGUGCGCGGGCGCAUCGUCCGUGGGCGAGACGACCGGCGUGAAUGGGUUGUAGAUCUCCUCGCCAUCGGCCGGA ....(.((((((....((((((((((((((....(((((.....)))))..)))))))..)))))))..((((((((((((.(......).)))))).......)))))).)))))).). (-44.34 = -44.59 + 0.26)
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