Locus 7462

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 20,022,865 – 20,023,027
Length 162
Max. P 0.999948
window12126 window12127 window12128 window12129 window12130

overview

Window 6

Location 20,022,865 – 20,022,976
Length 111
Sequences 6
Columns 116
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.71
Mean single sequence MFE -37.72
Consensus MFE -27.71
Energy contribution -29.52
Covariance contribution 1.81
Combinations/Pair 1.25
Mean z-score -1.40
Structure conservation index 0.73
SVM decision value 0.31
SVM RNA-class probability 0.681363
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 20022865 111 + 23771897
-----GGCUAAACGGCCGACCAACAGGUUACUUGCUGAUAAGACCUCGUGAAGAGCCGAGCAACUCGAGUCGUUUCCCUCGCUGCGUAUACGUUAUAUGCAGCAUCGUCGGGCUAU
-----((((....))))((((....))))...........((.(((..(((.(((..((((.((....)).))))..)))((((((((((...)))))))))).)))..))))).. ( -33.90)
>DroVir_CAF1 15239 99 + 1
GCGCCGGCGUUCCCGUUAACCAACAGGUUAUCUGCUGAUAAGCGCUCGAGU----CCGAGCAAAUCG--UUGUAU-GAUGUCGGCAUAUACG----AUGCAAUUUC------CUAU
..((((((((...(((....((((.(.(((((....))))).)(((((...----.))))).....)--))).))-))))))))).......----..........------.... ( -29.50)
>DroSec_CAF1 14507 110 + 1
-----GGCUAAACGGCCGACCAACAGGUUACUUGCUGAUAAGAGCUCGUGGAGAGCCGAGCAACU-GAGUCGUUUCGCUCGCUGCGUAUACGUUAUAUGCAGCAUCGUCGGUUUAU
-----((((....))))((((....))))....((((((..(.((((.....)))))(((((((.-.....)))..))))((((((((((...))))))))))...)))))).... ( -38.40)
>DroSim_CAF1 9201 111 + 1
-----GGCUAAACGGCCGACCAACAGGUUACUAGCUGAUAAGAGCUCGUGGAGAGCCGAGCAACUCGAGUCGUUUCGCUCGCUGCGUAUACGUUAUAUGCAGCAUCGUCGGUUUAU
-----((((....))))((((.((....(((.((((......)))).)))((((((.((((.((....)).)))).))))((((((((((...)))))))))).)))).))))... ( -39.60)
>DroEre_CAF1 13986 110 + 1
-----GGCCAAGCGGCCGACCAACAGGUUA-CUGCUGAUAAGAGCUCGUGCAGAGCCGAGCAACUCGAGUCGUGUCGCUCGCUGCGUAUACGUAAUGUGCAGCGUCGUCGGCUCGU
-----((((....))))...((.(((....-))).))......(((((.((...)))))))....(((((((...((..((((((((((.....)))))))))).)).))))))). ( -44.70)
>DroYak_CAF1 16109 111 + 1
-----GGCUAAACGGCCGACCAACAGGUUAGUUGCUGAUAAGACCUCGUGAGGAGCCGAGCAACUCGAGUCGUUUCGCUCGCUGCGUAUACGUUAUAUGCAGCAUCGUCGGCUUAU
-----((((....))))((((....))))....((((((.......(....)((((.((((.((....)).)))).))))((((((((((...))))))))))...)))))).... ( -40.20)
>consensus
_____GGCUAAACGGCCGACCAACAGGUUACUUGCUGAUAAGAGCUCGUGAAGAGCCGAGCAACUCGAGUCGUUUCGCUCGCUGCGUAUACGUUAUAUGCAGCAUCGUCGGCUUAU
.....((((....))))((((....))))....((((((....(((((........))))).....((((......))))(((((((((.....)))))))))...)))))).... (-27.71 = -29.52 +   1.81)

alignment

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secondary structure

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Window 7

Location 20,022,900 – 20,023,001
Length 101
Sequences 5
Columns 101
Reading direction forward
Mean pairwise identity 91.49
Mean single sequence MFE -39.68
Consensus MFE -35.50
Energy contribution -35.54
Covariance contribution 0.04
Combinations/Pair 1.21
Mean z-score -2.98
Structure conservation index 0.89
SVM decision value 4.44
SVM RNA-class probability 0.999898
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 20022900 101 + 23771897
AGACCUCGUGAAGAGCCGAGCAACUCGAGUCGUUUCCCUCGCUGCGUAUACGUUAUAUGCAGCAUCGUCGGGCUAUUACGUAUACGCAGCGUUUAACUCAC
.((((((.....))).((((...)))).)))(((.....((((((((((((((.(((.((..(......).))))).))))))))))))))...))).... ( -35.40)
>DroSec_CAF1 14542 100 + 1
AGAGCUCGUGGAGAGCCGAGCAACU-GAGUCGUUUCGCUCGCUGCGUAUACGUUAUAUGCAGCAUCGUCGGUUUAUUACGUAUACGCAGCGUUUCACUCAC
.......(((((((((.((((.((.-..)).)))).))))(((((((((((((.(((.((..........)).))).)))))))))))))..))))).... ( -37.40)
>DroSim_CAF1 9236 101 + 1
AGAGCUCGUGGAGAGCCGAGCAACUCGAGUCGUUUCGCUCGCUGCGUAUACGUUAUAUGCAGCAUCGUCGGUUUAUUACGUAUACGCCGCGUUUCACUCAC
.(((..(((((.(((((((.......((((......))))((((((((((...))))))))))....)))))))....((....))))))).....))).. ( -35.20)
>DroEre_CAF1 14020 101 + 1
AGAGCUCGUGCAGAGCCGAGCAACUCGAGUCGUGUCGCUCGCUGCGUAUACGUAAUGUGCAGCGUCGUCGGCUCGUUACGUAUACGCAGCGUUGCGCUCAC
.(((((((.((...)))))(((((..((((......))))(((((((((((((((((.((..((....)))).)))))))))))))))))))))))))).. ( -52.50)
>DroYak_CAF1 16144 101 + 1
AGACCUCGUGAGGAGCCGAGCAACUCGAGUCGUUUCGCUCGCUGCGUAUACGUUAUAUGCAGCAUCGUCGGCUUAUUACGUAUACGCAACGUUGCGCUCAC
.......((((((((((((.......((((......))))((((((((((...))))))))))....)))))))..........((((....))))))))) ( -37.90)
>consensus
AGAGCUCGUGAAGAGCCGAGCAACUCGAGUCGUUUCGCUCGCUGCGUAUACGUUAUAUGCAGCAUCGUCGGCUUAUUACGUAUACGCAGCGUUUCACUCAC
.......(((((((((.((((.((....)).)))).))))(((((((((((((.(((.((..........)).))).)))))))))))))..))))).... (-35.50 = -35.54 +   0.04)

alignment

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secondary structure

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Window 8

Location 20,022,900 – 20,023,001
Length 101
Sequences 5
Columns 101
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 91.49
Mean single sequence MFE -39.48
Consensus MFE -31.72
Energy contribution -31.80
Covariance contribution 0.08
Combinations/Pair 1.09
Mean z-score -3.09
Structure conservation index 0.80
SVM decision value 2.83
SVM RNA-class probability 0.997263
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 20022900 101 - 23771897
GUGAGUUAAACGCUGCGUAUACGUAAUAGCCCGACGAUGCUGCAUAUAACGUAUACGCAGCGAGGGAAACGACUCGAGUUGCUCGGCUCUUCACGAGGUCU
.((((((...((((((((((((((.(((((...........)).))).))))))))))))))..(....))))))).....((((........)))).... ( -39.20)
>DroSec_CAF1 14542 100 - 1
GUGAGUGAAACGCUGCGUAUACGUAAUAAACCGACGAUGCUGCAUAUAACGUAUACGCAGCGAGCGAAACGACUC-AGUUGCUCGGCUCUCCACGAGCUCU
..(((..(...(((((((((((((.(((..(.(......).)..))).)))))))))))))(((((...)).)))-..)..)))(((((.....))))).. ( -36.90)
>DroSim_CAF1 9236 101 - 1
GUGAGUGAAACGCGGCGUAUACGUAAUAAACCGACGAUGCUGCAUAUAACGUAUACGCAGCGAGCGAAACGACUCGAGUUGCUCGGCUCUCCACGAGCUCU
..(((..(..(((.((((((((((.(((..(.(......).)..))).)))))))))).))(((((...)).))))..)..)))(((((.....))))).. ( -32.90)
>DroEre_CAF1 14020 101 - 1
GUGAGCGCAACGCUGCGUAUACGUAACGAGCCGACGACGCUGCACAUUACGUAUACGCAGCGAGCGACACGACUCGAGUUGCUCGGCUCUGCACGAGCUCU
..((((((((((((((((((((((((.(.((.(......).)).).)))))))))))))))(((((...)).)))..)))))(((((...)).))))))). ( -46.70)
>DroYak_CAF1 16144 101 - 1
GUGAGCGCAACGUUGCGUAUACGUAAUAAGCCGACGAUGCUGCAUAUAACGUAUACGCAGCGAGCGAAACGACUCGAGUUGCUCGGCUCCUCACGAGGUCU
(((((.((...(((((((((((((.(((.((.(......).)).))).)))))))))))))((((((..((...))..)))))).))..)))))....... ( -41.70)
>consensus
GUGAGUGAAACGCUGCGUAUACGUAAUAAACCGACGAUGCUGCAUAUAACGUAUACGCAGCGAGCGAAACGACUCGAGUUGCUCGGCUCUCCACGAGCUCU
..((((..((((((((((((((((.(((..(.(......).)..))).)))))))))))))(((........)))..)))))))(((((.....))))).. (-31.72 = -31.80 +   0.08)

alignment

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secondary structure

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Window 9

Location 20,022,936 – 20,023,027
Length 91
Sequences 5
Columns 91
Reading direction forward
Mean pairwise identity 90.00
Mean single sequence MFE -40.64
Consensus MFE -34.46
Energy contribution -34.30
Covariance contribution -0.16
Combinations/Pair 1.14
Mean z-score -4.55
Structure conservation index 0.85
SVM decision value 4.02
SVM RNA-class probability 0.999760
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 20022936 91 + 23771897
CCUCGCUGCGUAUACGUUAUAUGCAGCAUCGUCGGGCUAUUACGUAUACGCAGCGUUUAACUCACUCAAUUGCAAGGGCUUUGAGUGGGCG
...((((((((((((((.(((.((..(......).))))).)))))))))))))).....(((((((((..((....)).))))))))).. ( -40.30)
>DroSec_CAF1 14577 91 + 1
GCUCGCUGCGUAUACGUUAUAUGCAGCAUCGUCGGUUUAUUACGUAUACGCAGCGUUUCACUCACUCAAUUGCAAGGGCUUUGAGUGGGCG
...((((((((((((((.(((.((..........)).))).)))))))))))))).....(((((((((..((....)).))))))))).. ( -39.00)
>DroSim_CAF1 9272 91 + 1
GCUCGCUGCGUAUACGUUAUAUGCAGCAUCGUCGGUUUAUUACGUAUACGCCGCGUUUCACUCACUCAAUUGCAAGGGCUUUGAGUGGGCG
...(((.((((((((((.(((.((..........)).))).)))))))))).))).....(((((((((..((....)).))))))))).. ( -34.40)
>DroEre_CAF1 14056 90 + 1
GCUCGCUGCGUAUACGUAAUGUGCAGCGUCGUCGGCUCGUUACGUAUACGCAGCGUUGCGCUCACUCAAUUGCAGGG-UGUUGAGUGGACG
((.((((((((((((((((((.((..((....)))).))))))))))))))))))..))(..((((((((.......-.))))))))..). ( -48.50)
>DroYak_CAF1 16180 91 + 1
GCUCGCUGCGUAUACGUUAUAUGCAGCAUCGUCGGCUUAUUACGUAUACGCAACGUUGCGCUCACUCAGUUGCAAGGGAUCUGAGUGGGCG
((.((.(((((((((((...(((.(((.......)))))).))))))))))).))..))((((((((((...(....)..)))))))))). ( -41.00)
>consensus
GCUCGCUGCGUAUACGUUAUAUGCAGCAUCGUCGGCUUAUUACGUAUACGCAGCGUUUCACUCACUCAAUUGCAAGGGCUUUGAGUGGGCG
...((((((((((((((.(((.((..........)).))).)))))))))))))).....(((((((((...........))))))))).. (-34.46 = -34.30 +  -0.16)

alignment

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secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 0

Location 20,022,936 – 20,023,027
Length 91
Sequences 5
Columns 91
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 90.00
Mean single sequence MFE -36.70
Consensus MFE -33.32
Energy contribution -32.72
Covariance contribution -0.60
Combinations/Pair 1.17
Mean z-score -4.48
Structure conservation index 0.91
SVM decision value 4.77
SVM RNA-class probability 0.999948
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 20022936 91 - 23771897
CGCCCACUCAAAGCCCUUGCAAUUGAGUGAGUUAAACGCUGCGUAUACGUAAUAGCCCGACGAUGCUGCAUAUAACGUAUACGCAGCGAGG
.((.(((((((.((....))..))))))).))....((((((((((((((.(((((...........)).))).))))))))))))))... ( -36.00)
>DroSec_CAF1 14577 91 - 1
CGCCCACUCAAAGCCCUUGCAAUUGAGUGAGUGAAACGCUGCGUAUACGUAAUAAACCGACGAUGCUGCAUAUAACGUAUACGCAGCGAGC
(((.(((((((.((....))..))))))).)))...((((((((((((((.(((..(.(......).)..))).))))))))))))))... ( -36.30)
>DroSim_CAF1 9272 91 - 1
CGCCCACUCAAAGCCCUUGCAAUUGAGUGAGUGAAACGCGGCGUAUACGUAAUAAACCGACGAUGCUGCAUAUAACGUAUACGCAGCGAGC
(((.(((((((.((....))..))))))).)))...(((.((((((((((.(((..(.(......).)..))).)))))))))).)))... ( -31.70)
>DroEre_CAF1 14056 90 - 1
CGUCCACUCAACA-CCCUGCAAUUGAGUGAGCGCAACGCUGCGUAUACGUAACGAGCCGACGACGCUGCACAUUACGUAUACGCAGCGAGC
((..(((((((..-........)))))))..))...((((((((((((((((.(.((.(......).)).).))))))))))))))))... ( -39.90)
>DroYak_CAF1 16180 91 - 1
CGCCCACUCAGAUCCCUUGCAACUGAGUGAGCGCAACGUUGCGUAUACGUAAUAAGCCGACGAUGCUGCAUAUAACGUAUACGCAGCGAGC
(((.(((((((...........))))))).)))...((((((((((((((.(((.((.(......).)).))).))))))))))))))... ( -39.60)
>consensus
CGCCCACUCAAAGCCCUUGCAAUUGAGUGAGUGAAACGCUGCGUAUACGUAAUAAACCGACGAUGCUGCAUAUAACGUAUACGCAGCGAGC
(((.(((((((...........))))))).)))...((((((((((((((.(((..(.(......).)..))).))))))))))))))... (-33.32 = -32.72 +  -0.60)

alignment

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