Locus 7429

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	19,981,634 – 19,981,791
Length	157
Max. P	0.936596

overview

Window 0

Location	19,981,634 – 19,981,751
Length	117
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	79.84
Mean single sequence MFE	-34.60
Consensus MFE	-23.23
Energy contribution	-22.73
Covariance contribution	-0.49
Combinations/Pair	1.37
Mean z-score	-2.38
Structure conservation index	0.67
SVM decision value	1.25
SVM RNA-class probability	0.936596
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 19981634 117 - 23771897
AGAAAAAUGUCAUAAAUGCAUUUUAGCCAAGCAACUUCAGCGGGGAAUUGUCAUUCUCUGCGCAGGAAGUCGGUGG--UCUGUCGGGAAAACAGAAUGGCAGAAU-CGUAAUGGCAAUUU
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>DroSec_CAF1 71926 117 - 1
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>DroSim_CAF1 30559 117 - 1
AGAAAAAUGUCAUAAAUGCAUUUUAGCCAAGCAACUUCAGCGGGGAAUUGUCGUUCUCCGCGCAGGAAGUCGGUGG--UCUGUCGGGAAAACAGAAUGGCAGAAU-CGCAAUGGCAAUUU
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>DroEre_CAF1 22521 109 - 1
AGAAAAAUGUCAUAAAUGCAUUUUAGCCGGGCAACUUCGGCGGAGAAUUGCCAUUCGCUGGGGAGGAAGUGGGUGG--CCUGUCGGGAAAAGCG--------AAU-CGCAAUGGCAAUUU
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>DroYak_CAF1 23393 108 - 1
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>DroAna_CAF1 25809 111 - 1
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>consensus
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alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	19,981,673 – 19,981,791
Length	118
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	87.13
Mean single sequence MFE	-37.33
Consensus MFE	-30.58
Energy contribution	-31.75
Covariance contribution	1.17
Combinations/Pair	1.15
Mean z-score	-2.96
Structure conservation index	0.82
SVM decision value	1.23
SVM RNA-class probability	0.933525
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 19981673 118 - 23771897
GACAUUAAUUGCAUAAGUGCAAUCAAUGCCACUGCAGCUAAGAAAAAUGUCAUAAAUGCAUUUUAGCCAAGCAACUUCAGCGGGGAAUUGUCAUUCUCUGCGCAGGAAGUCGGUGG--UC
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>DroSec_CAF1 71965 118 - 1
GACAUUAAUUGCAUAAGUGCAAUCAAUGCCACUGCAGCUAAGAAAAAUGUCAUAAAUGCAUUUUAGCCAAGCAACUUCAGCGGGGAAUAGUCAUUCUCCGCGCAGGAAGUCGGUGG--UC
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>DroSim_CAF1 30598 118 - 1
GACAUUAAUUGCAUAAGUGCAAUCAAUGCCACUGCAGCUAAGAAAAAUGUCAUAAAUGCAUUUUAGCCAAGCAACUUCAGCGGGGAAUUGUCGUUCUCCGCGCAGGAAGUCGGUGG--UC
..((((.((((((....)))))).))))((((((..(((..(.(((((((.......)))))))..)..))).(((((.(((((((((....)))))))))....)))))))))))--.. ( -39.60)
>DroEre_CAF1 22552 118 - 1
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>DroYak_CAF1 23424 117 - 1
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>DroAna_CAF1 25841 119 - 1
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((((((.((((((....))))))....(((.....))).......))))))......((((((.(((((((.....))..-(((((........))))).......))))).).))))). ( -33.80)
>consensus
GACAUUAAUUGCAUAAGUGCAAUCAAUGCCACUGCAGCUAAGAAAAAUGUCAUAAAUGCAUUUUAGCCAAGCAACUUCAGCGGGGAAUUGUCAUUCUCCGCGCAGGAAGUCGGUGG__CC
..((((.((((((....)))))).))))((((((..(((....((((((.((....)))))))).....))).(((((.(((((((((....)))))))))....))))))))))).... (-30.58 = -31.75 +   1.17)

alignment

secondary structure

dotplot

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