Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 19,920,979 – 19,921,099 |
Length | 120 |
Max. P | 0.962208 |
Location | 19,920,979 – 19,921,099 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 78.67 |
Mean single sequence MFE | -41.21 |
Consensus MFE | -29.95 |
Energy contribution | -29.82 |
Covariance contribution | -0.13 |
Combinations/Pair | 1.26 |
Mean z-score | -2.30 |
Structure conservation index | 0.73 |
SVM decision value | 1.54 |
SVM RNA-class probability | 0.962208 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 19920979 120 + 23771897 CCGAGCAGCAUGUCCAGCUGCUCCUGCUGCACGUGCAGCAAUUGCUGUCCGUCGAGGACGAGUCAAGUCUGCCCAAUGCAGAUGGGCAAUCAGUAUCAAUGUCCAGCCAACGGAAGCAAC ..(((((((.......))))))).((((((....)))))).(((((.(((((.(.((((((......))((((((.......))))))............))))...).)))))))))). ( -47.00) >DroSec_CAF1 56717 111 + 1 CCGAGCA---------GCUGCUCCUGCUGCACGUGCAGCAAUUGCUAUCCGUCGAGGACGAGUCAAGUCUGUCCAAUGGAGAUGGGCAAUCAGUAUCAAUGUCCAGCCAACGGAAGCAAC ..((((.---------...)))).((((((....)))))).(((((.(((((...((((.((......))))))..(((...((((((...........)))))).))))))))))))). ( -42.70) >DroSim_CAF1 44054 111 + 1 CCGAGCA---------GCUGCUCCUGCUGCACGUGCAGCAAUUGCUAUCCGUCGAGGACGAGUCAAGUCUGUCCAAUGCAGAUGGGCAAUCAGUAUCAAUGUCCAGCCAACGGAAGCAAC ..((((.---------...)))).((((((....)))))).(((((.(((((.(.((((.((......))))))........((((((...........))))))..).)))))))))). ( -38.90) >DroEre_CAF1 56226 120 + 1 CCGAGCAACAUGUCCGGCUGCUCCUGCUGCACGUGCAGCAGUUGCUGUCCGUCAAGGACAACCCAAGUCUGUCCAAUGCAGAUGGGCAAUCAGUACCAAAGUCCAGCCCACGGAAGCAAC ..(((((.(......)..)))))(((((((....)))))))(((((((((.....))))...((..((((((.....))))))((((..................))))..)).))))). ( -42.47) >DroYak_CAF1 64120 120 + 1 CCGAGCAACAUGUCCAGCUGCUCUUGCUGCACGUGCAGCAGUUGCUGUCCGUCAAGGACAACUCAAGUCUGUCAAAUGCAGAUGGGUAAUCAGUAUCAAAGUCCAGCCAACGGAAGCAAC ..(((((.(.......).))))).((((((....))))))((((((.(((((...((((.......((((((.....)))))).((((.....))))...)))).....))))))))))) ( -41.30) >DroAna_CAF1 48224 105 + 1 CCCAGCAACCUUUCAAGUUGUUGCAGCUGCACCUGCAGCAAUUGCUGUCCGUCAAGGCCACCGCCAUACCGACCGAUGCCCCCGG--------------CGGCCAGCAAGUGUAA-CCAG ..(((((((.......)))))))..(((((....)))))..((((((.(((((..(((....)))....(....)........))--------------))).))))))......-.... ( -34.90) >consensus CCGAGCAACAUGUCCAGCUGCUCCUGCUGCACGUGCAGCAAUUGCUGUCCGUCAAGGACAACUCAAGUCUGUCCAAUGCAGAUGGGCAAUCAGUAUCAAUGUCCAGCCAACGGAAGCAAC ..(((((...........))))).((((((....)))))).(((((.(((((...((((..........((((((.......))))))............)))).....)))))))))). (-29.95 = -29.82 + -0.13)
Location | 19,920,979 – 19,921,099 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 78.67 |
Mean single sequence MFE | -45.67 |
Consensus MFE | -34.79 |
Energy contribution | -35.43 |
Covariance contribution | 0.64 |
Combinations/Pair | 1.25 |
Mean z-score | -1.98 |
Structure conservation index | 0.76 |
SVM decision value | 1.33 |
SVM RNA-class probability | 0.943134 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 19920979 120 - 23771897 GUUGCUUCCGUUGGCUGGACAUUGAUACUGAUUGCCCAUCUGCAUUGGGCAGACUUGACUCGUCCUCGACGGACAGCAAUUGCUGCACGUGCAGCAGGAGCAGCUGGACAUGCUGCUCGG ((((((((((((((..((((............((((((.......))))))((......)))))))))))))).))))))((((((....)))))).(((((((.......))))))).. ( -55.20) >DroSec_CAF1 56717 111 - 1 GUUGCUUCCGUUGGCUGGACAUUGAUACUGAUUGCCCAUCUCCAUUGGACAGACUUGACUCGUCCUCGACGGAUAGCAAUUGCUGCACGUGCAGCAGGAGCAGC---------UGCUCGG ((((((((((((((..((((............((.(((.......))).))((......)))))))))))))).))))))((((((....)))))).((((...---------.)))).. ( -40.60) >DroSim_CAF1 44054 111 - 1 GUUGCUUCCGUUGGCUGGACAUUGAUACUGAUUGCCCAUCUGCAUUGGACAGACUUGACUCGUCCUCGACGGAUAGCAAUUGCUGCACGUGCAGCAGGAGCAGC---------UGCUCGG ((((((((((((((..((((.......(..((.((......))))..)...((......)))))))))))))).))))))((((((....)))))).((((...---------.)))).. ( -41.10) >DroEre_CAF1 56226 120 - 1 GUUGCUUCCGUGGGCUGGACUUUGGUACUGAUUGCCCAUCUGCAUUGGACAGACUUGGGUUGUCCUUGACGGACAGCAACUGCUGCACGUGCAGCAGGAGCAGCCGGACAUGUUGCUCGG .((((((((((((((.((((....)).))....)))).....((..((((((.(....))))))).))))))).)))))(((((((....)))))))(((((((.......))))))).. ( -49.40) >DroYak_CAF1 64120 120 - 1 GUUGCUUCCGUUGGCUGGACUUUGAUACUGAUUACCCAUCUGCAUUUGACAGACUUGAGUUGUCCUUGACGGACAGCAACUGCUGCACGUGCAGCAAGAGCAGCUGGACAUGUUGCUCGG (((((((((((..(..((((..((((....))))....(((((....).))))........)))))..))))).))))))((((((....)))))).(((((((.......))))))).. ( -45.50) >DroAna_CAF1 48224 105 - 1 CUGG-UUACACUUGCUGGCCG--------------CCGGGGGCAUCGGUCGGUAUGGCGGUGGCCUUGACGGACAGCAAUUGCUGCAGGUGCAGCUGCAACAACUUGAAAGGUUGCUGGG (..(-(.((..((((((.(((--------------.(((((.(((((.((.....))))))).))))).))).))))))..(((((....)))))................)).))..). ( -42.20) >consensus GUUGCUUCCGUUGGCUGGACAUUGAUACUGAUUGCCCAUCUGCAUUGGACAGACUUGACUCGUCCUCGACGGACAGCAAUUGCUGCACGUGCAGCAGGAGCAGCUGGACAUGUUGCUCGG ((((((((((((((..((((...............(((.......)))...((......)))))))))))))).))))))((((((....)))))).(((((((.......))))))).. (-34.79 = -35.43 + 0.64)
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