Locus 7405

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 19,918,800 – 19,918,958
Length 158
Max. P 0.999984
window12026 window12027 window12028

overview

Window 6

Location 19,918,800 – 19,918,896
Length 96
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 79.49
Mean single sequence MFE -43.97
Consensus MFE -26.22
Energy contribution -26.03
Covariance contribution -0.19
Combinations/Pair 1.41
Mean z-score -2.14
Structure conservation index 0.60
SVM decision value 0.84
SVM RNA-class probability 0.863769
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 19918800 96 + 23771897
CGGCCAGCAGGCGAUUGAAGGACAGGUCGUACUGCA------------------CCAAUUGCUGCAACGG------CAGCUGCGAGUCCUGUGCGGGAUUCGUCAGCAGCUGCUGAUGCG
.........((((((((...(.(((......)))).------------------.))))))))(((.(((------((((((((((((((....)))))))....)))))))))).))). ( -44.80)
>DroSec_CAF1 54548 96 + 1
CGGACAGCAGGCGGUUGAAGGACAGGUCGUACUGCA------------------CCAAUUGCUGCAGCGG------CAGCUGCGAGUCCUGUGCGGGAUUCGUCAGCAGCUGCUGAUGCG
......(((((((((((...(.(((......)))).------------------.)))))))).((((((------(.((((((((((((....)))))))).)))).))))))).))). ( -47.40)
>DroSim_CAF1 38873 96 + 1
CGGACAGCAGGCGGUUGAAGGAGAGGUCGUACUGCA------------------CCAAUUGCUGCAGCGG------CAGCUGCGAGUCCUGUGCGGGAUUCGUCAGCAGCUGCUGAUGCG
......(((((((((((..(.((........)).).------------------.)))))))).((((((------(.((((((((((((....)))))))).)))).))))))).))). ( -45.30)
>DroEre_CAF1 53883 96 + 1
CGGCCAGCAGGCGGUUGAAGGACAGGUCAUACUGCA------------------CCAGUUGCUGCAUCGG------CAGCUGCGAGUCCUGGGCGGGAUUCGUCAGCAGCUGCUGCUGCG
..((.(((((.((((((...(((.((((.....).)------------------)).((.(((((....)------)))).))(((((((....))))))))))..))))))))))))). ( -45.00)
>DroYak_CAF1 61697 96 + 1
CGGUCAGCAGGCGGUUGAAGGACAGGUCAUACUGCA------------------CCAGUUGCUGCAUCGG------CAGCUGCGAGUCCUGUGCGGGAUUCAUCAGCAGCUGCUGUUGCG
.((.((((..((((((((........))).))))).------------------...))))))(((.(((------((((((((((((((....)))))))....)))))))))).))). ( -43.40)
>DroAna_CAF1 45277 119 + 1
CAGUGAGGAGGCGGGAAAAGGACAGGUCACAGGGCAGACGUAGGAAUUGGGACGCCUGCUGCUGCUGCGGCGACAACUGCUGCGAAUCCUGGCCAGAAUUUGUUAUAAGUGGUUGCUGC-
((((.((.(((((....((...((.(((........))).).)...))....))))).))))))..((((((((.(((...((((((.((....)).))))))....))).))))))))- ( -37.90)
>consensus
CGGACAGCAGGCGGUUGAAGGACAGGUCAUACUGCA__________________CCAAUUGCUGCAGCGG______CAGCUGCGAGUCCUGUGCGGGAUUCGUCAGCAGCUGCUGAUGCG
(((.((((.((((((((......................................))))))))...............((((((((((((....)))))))).)))).)))))))..... (-26.22 = -26.03 +  -0.19)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 7

Location 19,918,836 – 19,918,927
Length 91
Sequences 5
Columns 91
Reading direction forward
Mean pairwise identity 92.42
Mean single sequence MFE -49.86
Consensus MFE -46.52
Energy contribution -47.76
Covariance contribution 1.24
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -4.05
Structure conservation index 0.93
SVM decision value 5.36
SVM RNA-class probability 0.999984
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 19918836 91 + 23771897
CCAAUUGCUGCAACGGCAGCUGCGAGUCCUGUGCGGGAUUCGUCAGCAGCUGCUGAUGCGUCAAGUGCUGCGGUUGGGCCAGCGGCACCAG
....(((.((((.(((((((((((((((((....)))))))....)))))))))).)))).)))(((((((((.....)).)))))))... ( -48.70)
>DroSec_CAF1 54584 91 + 1
CCAAUUGCUGCAGCGGCAGCUGCGAGUCCUGUGCGGGAUUCGUCAGCAGCUGCUGAUGCGGCAAGUGCUGCGGUUGGGCCAUCGGCACCAG
....((((((((.(((((((((((((((((....)))))))....)))))))))).))))))))((((((.((.....))..))))))... ( -51.10)
>DroSim_CAF1 38909 91 + 1
CCAAUUGCUGCAGCGGCAGCUGCGAGUCCUGUGCGGGAUUCGUCAGCAGCUGCUGAUGCGGCAAGUGCUGCGGUUGGGCCAUCGGCACCAG
....((((((((.(((((((((((((((((....)))))))....)))))))))).))))))))((((((.((.....))..))))))... ( -51.10)
>DroEre_CAF1 53919 91 + 1
CCAGUUGCUGCAUCGGCAGCUGCGAGUCCUGGGCGGGAUUCGUCAGCAGCUGCUGCUGCGGCAAGUGCUGCGGUUGGGCCAGCGGAACCAG
.((.((((((((.(((((((((((((((((....)))))))....)))))))))).)))))))).))((((((.....)).))))...... ( -50.50)
>DroYak_CAF1 61733 91 + 1
CCAGUUGCUGCAUCGGCAGCUGCGAGUCCUGUGCGGGAUUCAUCAGCAGCUGCUGUUGCGGCAAGUGAUGCGGCUGGACCAGUGGAAGAAG
.((.((((((((.(((((((((((((((((....)))))))....)))))))))).)))))))).))...(.((((...)))).)...... ( -47.90)
>consensus
CCAAUUGCUGCAGCGGCAGCUGCGAGUCCUGUGCGGGAUUCGUCAGCAGCUGCUGAUGCGGCAAGUGCUGCGGUUGGGCCAGCGGCACCAG
....((((((((.(((((((((((((((((....)))))))....)))))))))).))))))))(((((((((.....)).)))))))... (-46.52 = -47.76 +   1.24)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 8

Location 19,918,856 – 19,918,958
Length 102
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 75.99
Mean single sequence MFE -43.18
Consensus MFE -22.49
Energy contribution -23.83
Covariance contribution 1.34
Combinations/Pair 1.30
Mean z-score -1.67
Structure conservation index 0.52
SVM decision value 0.01
SVM RNA-class probability 0.538715
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 19918856 102 + 23771897
UGCGAGUCCUGUGCGGGAUUCGUCAGCAGCUGCUGAUGCGUCAAGUGCUGCGGUUGG---GCCAGCGGCACCAG---------------GUUCCACGAUGGCGGAACUGGAAUCAGGCUG
.(((((((((....)))))))((((((....))))))))(((..(((((((((....---.)).)))))))..(---------------(((((.(....).)))))).......))).. ( -44.80)
>DroSec_CAF1 54604 102 + 1
UGCGAGUCCUGUGCGGGAUUCGUCAGCAGCUGCUGAUGCGGCAAGUGCUGCGGUUGG---GCCAUCGGCACCAG---------------AUUCCACGAUGGCGGCACUGGAAUCAGGCUG
.(((((((((....)))))))))((((.(((((....))))).((((((((.(((((---(..(((.......)---------------)).)).)))).))))))))........)))) ( -47.80)
>DroSim_CAF1 38929 102 + 1
UGCGAGUCCUGUGCGGGAUUCGUCAGCAGCUGCUGAUGCGGCAAGUGCUGCGGUUGG---GCCAUCGGCACCAG---------------AUUCCACGAUGGCGGCACUGGAAUCAUGCUG
.(((((((((....)))))))))((((((((((....))))).((((((((.(((((---(..(((.......)---------------)).)).)))).)))))))).......))))) ( -48.80)
>DroEre_CAF1 53939 102 + 1
UGCGAGUCCUGGGCGGGAUUCGUCAGCAGCUGCUGCUGCGGCAAGUGCUGCGGUUGG---GCCAGCGGAACCAG---------------GUUCCAGGAUGGCGGAACUGGCAUCAGGCUG
.(((((((((....)))))))))((((.((((((((((((((....))))))))..)---).))))(((((...---------------)))))..((((.((....)).))))..)))) ( -48.20)
>DroYak_CAF1 61753 102 + 1
UGCGAGUCCUGUGCGGGAUUCAUCAGCAGCUGCUGUUGCGGCAAGUGAUGCGGCUGG---ACCAGUGGAAGAAG---------------GUUCCAGGAUUGGGGAACUGGAAUCAGGCUG
...(((((((....)))))))..((((..(..(((.(.((((.(....)...)))).---).)))..).....(---------------(((((((..........))))))))..)))) ( -38.60)
>DroAna_CAF1 45357 111 + 1
UGCGAAUCCUGGCCAGAAUUUGUUAUAAGUGGUUGCUGC------UGUUGCGGUAUUGGCAUCACUGGAACCAGAUUAAUAGCCUGAAGAUUCCAAGC---CUGUGCCGGCACCAUGCCA
.(((((((..(((...((((((.....((((((((((((------....)))))).....)))))).....))))))....)))....)))))...((---(......))).....)).. ( -30.90)
>consensus
UGCGAGUCCUGUGCGGGAUUCGUCAGCAGCUGCUGAUGCGGCAAGUGCUGCGGUUGG___GCCAGCGGAACCAG_______________AUUCCACGAUGGCGGAACUGGAAUCAGGCUG
.(((((((((....)))))))))((((.(((((....))))).(((.(((((((......)))...((........................))......)))).)))........)))) (-22.49 = -23.83 +   1.34)

alignment

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