Locus 7392

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	19,859,899 – 19,860,071
Length	172
Max. P	0.998445

overview

Window 7

Location	19,859,899 – 19,860,012
Length	113
Sequences	6
Columns	114
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	78.45
Mean single sequence MFE	-53.27
Consensus MFE	-28.46
Energy contribution	-28.38
Covariance contribution	-0.08
Combinations/Pair	1.33
Mean z-score	-3.43
Structure conservation index	0.53
SVM decision value	2.27
SVM RNA-class probability	0.991477
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 19859899 113 + 23771897
GAGCUCUGGGCUGCGGCAUUGGCUUCGGCUAUUUGCAUCGCAUUCCCGUGCAGGCAGAGCCAGUGACCAGCA-GUUCCGCUGCUGUUCCUGCUGCUGCCGCCGCGGAGUCCACU
......((((((((((((.((((....))))..)))..)))....(((((..((((((((.((.((.(((((-(.....)))))).))))))).)))))..))))))))))).. ( -55.30)
>DroPse_CAF1 6390 104 + 1
GUGCUCUCGGCUGUGGCAUUGGCUUCGGCUAUCUGCAUCGCAUCCCGGUGCAGGCAGUCCCCGUCC-CAGCCUCUUCGGCCUCGGUU------GCUACUGCAGCCGAGGCC---
........(((((.(((..((((....))))(((((((((.....)))))))))........))).-))))).....((((((((((------((....))))))))))))--- ( -56.70)
>DroSec_CAF1 5850 113 + 1
GAGCACUGGGCUGCGGCAUUGGCUUCGGCUAUCUGCAUCGUAUUCCCGUGCAGGCAGAGCCAGUGACCAGCA-GCUCAGCUGCUGCUCCUGCUGCUGCCUCCGCGGAGUCCUCU
.......(((((((((...((((....)))).)))).........(((((.(((((((((.((.((.(((((-((...))))))).))))))).)))))).))))))))))... ( -55.90)
>DroSim_CAF1 5453 113 + 1
GAGCACUGGGCUGCGGCAUUGGCUUCGGCUAUCUGCAUCGCAUUCCCGUGCAGGCAGAGCCAGUGACCAGCA-GCUCCGCUGCUGCCCCUGCUGCUGCCUCCGCGGAGUCCUCU
.......(((((((((((.((((....))))..)))..)))....(((((.(((((((((.((.(..(((((-((...)))))))..)))))).)))))).))))))))))... ( -54.80)
>DroYak_CAF1 5847 110 + 1
GAGCCCUGGGCUGCGGCAUUGGCUUCGGCUAUCUGCAUCGCAUUCCCGUGCAAGCAGAGCCAGUCCCUAGUA-GCACUGCGGCUGCUCCUGCUUCUGCCGUC---GAGUCCUCU
.......(((((((((((..(((...(((..(((((...((((....))))..)))))))).......((((-((......))))))...)))..)))))).---.)))))... ( -42.40)
>DroPer_CAF1 6395 104 + 1
GUGCUCUCGGCUGUGGCAUUGGCUUCGGCUAUCUGCAUCGCAUCCCGGUGCAGGCAGUCCCCGUCC-CAGCCUCUUCGGCCUCGGUU------GCUACUGCAGCUGAGGCC---
........(((((.(((..((((....))))(((((((((.....)))))))))........))).-))))).....((((((((((------((....))))))))))))--- ( -54.50)
>consensus
GAGCUCUGGGCUGCGGCAUUGGCUUCGGCUAUCUGCAUCGCAUUCCCGUGCAGGCAGAGCCAGUCACCAGCA_GCUCCGCUGCUGCUCCUGCUGCUGCCGCCGCGGAGUCCUCU
..((....(((((.(((....))).))))).(((((...((((....))))..)))))...........))..(((((((.((.((..........)).)).)))))))..... (-28.46 = -28.38 +  -0.08)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	19,859,939 – 19,860,049
Length	110
Sequences	6
Columns	111
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	71.39
Mean single sequence MFE	-52.25
Consensus MFE	-20.06
Energy contribution	-21.07
Covariance contribution	1.00
Combinations/Pair	1.43
Mean z-score	-2.67
Structure conservation index	0.38
SVM decision value	2.32
SVM RNA-class probability	0.992271
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 19859939 110 + 23771897
CAUUCCCGUGCAGGCAGAGCCAGUGACCAGCA-GUUCCGCUGCUGUUCCUGCUGCUGCCGCCGCGGAGUCCACUGCUCCGCUGUUAACUGCCGGAGGAGCUGCUCCGGCGG
.......(.((.((((((((.((.((.(((((-(.....)))))).))))))).))))))))(((((((.....)))))))......(((((((((......))))))))) ( -57.00)
>DroPse_CAF1 6430 98 + 1
CAUCCCGGUGCAGGCAGUCCCCGUCC-CAGCCUCUUCGGCCUCGGUU------GCUACUGCAGCCGAGGCC---GCUCCAUUGCUGACGAGCGGAGGCG---GACCGGCAC
....(((((.(.(((.......))).-..((((((..((((((((((------((....))))))))))))---((((..........)))))))))))---.)))))... ( -52.90)
>DroSec_CAF1 5890 110 + 1
UAUUCCCGUGCAGGCAGAGCCAGUGACCAGCA-GCUCAGCUGCUGCUCCUGCUGCUGCCUCCGCGGAGUCCUCUGCUCCACUGCUGACUGCCGGAGGAGCGGCACCGGCUG
.....(((((.(((((((((.((.((.(((((-((...))))))).))))))).)))))).)))))((((..(((((((.((((.....).))).)))))))....)))). ( -55.20)
>DroSim_CAF1 5493 110 + 1
CAUUCCCGUGCAGGCAGAGCCAGUGACCAGCA-GCUCCGCUGCUGCCCCUGCUGCUGCCUCCGCGGAGUCCUCUGCUCCGCUGCUGACUGCCGGAGGAGCGGCACCGGCUG
.....(((((.(((((((((.((.(..(((((-((...)))))))..)))))).)))))).)))))((((..(((((((.((((.....).))).)))))))....)))). ( -53.50)
>DroYak_CAF1 5887 107 + 1
CAUUCCCGUGCAAGCAGAGCCAGUCCCUAGUA-GCACUGCGGCUGCUCCUGCUUCUGCCGUC---GAGUCCUCUGCUCUUCUGCAGACAGCUGGAGGAGCGGCUCCAGCUG
.((((.((.(((((((((((.((.((.(((..-...))).))))))).)))))..)))))..---))))..(((((......)))))(((((((((......))))))))) ( -44.20)
>DroPer_CAF1 6435 98 + 1
CAUCCCGGUGCAGGCAGUCCCCGUCC-CAGCCUCUUCGGCCUCGGUU------GCUACUGCAGCUGAGGCC---GCUCCAUUGCUGACGAGCGGAGGCG---GACCGGCAC
....(((((.(.(((.......))).-..((((((..((((((((((------((....))))))))))))---((((..........)))))))))))---.)))))... ( -50.70)
>consensus
CAUUCCCGUGCAGGCAGAGCCAGUCACCAGCA_GCUCCGCUGCUGCUCCUGCUGCUGCCGCCGCGGAGUCCUCUGCUCCACUGCUGACUGCCGGAGGAGCGGCACCGGCUG
.................((((.(((........(((((((.((.((..........)).)).)))))))...(((((((.(((........))).)))))))))).)))). (-20.06 = -21.07 +   1.00)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	19,859,978 – 19,860,071
Length	93
Sequences	6
Columns	105
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	66.86
Mean single sequence MFE	-50.90
Consensus MFE	-19.43
Energy contribution	-19.47
Covariance contribution	0.03
Combinations/Pair	1.45
Mean z-score	-3.28
Structure conservation index	0.38
SVM decision value	3.10
SVM RNA-class probability	0.998445
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 19859978 93 + 23771897
UGCUGUUCCUGCUGCUGCCGCCGCGGAGUCCACUGCUCCGCUGUUAACUGCCGGAGGAGCUGCUCCGGCGGGUGCACAAGUAGCACAA------------GUAGU
.((((((..(((((((...((((((((((.....)))))))......(((((((((......)))))))))).))...)))))))..)------------))))) ( -44.40)
>DroPse_CAF1 6469 93 + 1
CUCGGUU------GCUACUGCAGCCGAGGCC---GCUCCAUUGCUGACGAGCGGAGGCG---GACCGGCACCUGCCCCUGUGGCAGUUGCCGGCUCUGCUGUCGU
(((((((------((....))))))))).((---((((..........)))))).((((---((((((((.(((((.....))))).)))))).))))))..... ( -55.60)
>DroSec_CAF1 5929 105 + 1
UGCUGCUCCUGCUGCUGCCUCCGCGGAGUCCUCUGCUCCACUGCUGACUGCCGGAGGAGCGGCACCGGCUGUUGCUCAAGCAGCCCAUGCAGGAUCCGCAGUGGU
.(((((((((((((((.((((((.(.((((....((......)).)))).)))))))))))))...(((((((.....))))))).....))))...)))))... ( -52.20)
>DroSim_CAF1 5532 105 + 1
UGCUGCCCCUGCUGCUGCCUCCGCGGAGUCCUCUGCUCCGCUGCUGACUGCCGGAGGAGCGGCACCGGCUGUUGCUCAAGCAGCCCAUGCAGGAUCCGCUGUGGU
..((((...(((((((.((((((((((((.....))))))).((.....)).))))))))))))..(((((((.....)))))))...))))............. ( -50.50)
>DroYak_CAF1 5926 102 + 1
GGCUGCUCCUGCUUCUGCCGUC---GAGUCCUCUGCUCUUCUGCAGACAGCUGGAGGAGCGGCUCCAGCUGUUGCUCCAGCAGCUUAUGCAGGAUCUGCUGUGGU
(((.(.((((((.(((((.(..---((((.....))))..).)))))..(((((((.((((((....)))))).))))))).......)))))).).)))..... ( -49.30)
>DroPer_CAF1 6474 93 + 1
CUCGGUU------GCUACUGCAGCUGAGGCC---GCUCCAUUGCUGACGAGCGGAGGCG---GACCGGCACCUGCCCCUGUGGCAGUUGCCGGCUCUGCUGUCGU
(((((((------((....))))))))).((---((((..........)))))).((((---((((((((.(((((.....))))).)))))).))))))..... ( -53.40)
>consensus
UGCUGCUCCUGCUGCUGCCGCCGCGGAGUCCUCUGCUCCACUGCUGACUGCCGGAGGAGCGGCACCGGCUGUUGCUCAAGCAGCACAUGCAGGAUCUGCUGUGGU
..((((.......(((((..............(((((((.(((........))).)))))))....(((....)))...)))))....))))............. (-19.43 = -19.47 +   0.03)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	19,859,978 – 19,860,071
Length	93
Sequences	6
Columns	105
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	66.86
Mean single sequence MFE	-45.08
Consensus MFE	-15.18
Energy contribution	-15.85
Covariance contribution	0.67
Combinations/Pair	1.24
Mean z-score	-2.22
Structure conservation index	0.34
SVM decision value	1.24
SVM RNA-class probability	0.934905
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 19859978 93 - 23771897
ACUAC------------UUGUGCUACUUGUGCACCCGCCGGAGCAGCUCCUCCGGCAGUUAACAGCGGAGCAGUGGACUCCGCGGCGGCAGCAGCAGGAACAGCA
....(------------(((((((......((..(((((((((......)))))))........(((((((....).))))))))..)))))).))))....... ( -37.30)
>DroPse_CAF1 6469 93 - 1
ACGACAGCAGAGCCGGCAACUGCCACAGGGGCAGGUGCCGGUC---CGCCUCCGCUCGUCAGCAAUGGAGC---GGCCUCGGCUGCAGUAGC------AACCGAG
......((.(..((((((.(((((.....))))).))))))..---)))..((((((..((....))))))---)).(((((.(((....))------).))))) ( -46.30)
>DroSec_CAF1 5929 105 - 1
ACCACUGCGGAUCCUGCAUGGGCUGCUUGAGCAACAGCCGGUGCCGCUCCUCCGGCAGUCAGCAGUGGAGCAGAGGACUCCGCGGAGGCAGCAGCAGGAGCAGCA
.((.(((((((((((((((.(((((.((....))))))).)))).(((((....((.....))...)))))..)))).))))))).))..((.((....)).)). ( -49.50)
>DroSim_CAF1 5532 105 - 1
ACCACAGCGGAUCCUGCAUGGGCUGCUUGAGCAACAGCCGGUGCCGCUCCUCCGGCAGUCAGCAGCGGAGCAGAGGACUCCGCGGAGGCAGCAGCAGGGGCAGCA
......((...((((((((.(((((.((....))))))).))...((((((((.((.....)).(((((((....).))))))))))).))).))))))...)). ( -49.70)
>DroYak_CAF1 5926 102 - 1
ACCACAGCAGAUCCUGCAUAAGCUGCUGGAGCAACAGCUGGAGCCGCUCCUCCAGCUGUCUGCAGAAGAGCAGAGGACUC---GACGGCAGAAGCAGGAGCAGCC
......((...((((((.....((((((((((..(((((((((......)))))))))(((((......))))).).)))---..))))))..))))))...)). ( -45.60)
>DroPer_CAF1 6474 93 - 1
ACGACAGCAGAGCCGGCAACUGCCACAGGGGCAGGUGCCGGUC---CGCCUCCGCUCGUCAGCAAUGGAGC---GGCCUCAGCUGCAGUAGC------AACCGAG
((..((((.(..((((((.(((((.....))))).))))))..---)....((((((..((....))))))---)).....))))..))...------....... ( -42.10)
>consensus
ACCACAGCAGAUCCUGCAUGUGCUACUGGAGCAACAGCCGGUGCCGCUCCUCCGGCAGUCAGCAGUGGAGCAGAGGACUCCGCGGCGGCAGCAGCAGGAACAGCA
.....................(((((((..((....(((((..........)))))...........(((.......))).))..)))))))............. (-15.18 = -15.85 +   0.67)

alignment

secondary structure

dotplot

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