Locus 7390

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 19,850,451 – 19,850,571
Length 120
Max. P 0.902005
window12005

overview

Window 5

Location 19,850,451 – 19,850,571
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 75.98
Mean single sequence MFE -42.50
Consensus MFE -25.77
Energy contribution -24.75
Covariance contribution -1.02
Combinations/Pair 1.34
Mean z-score -1.81
Structure conservation index 0.61
SVM decision value 1.02
SVM RNA-class probability 0.902005
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 19850451 120 + 23771897
GCGUUGGCGCCAUCCUCGGUCUGGGCAUCGCCUACGCUGGCUCCAAUCGCUCCAUUGUGAUCGACACCCUGAAGACGGUCUUCUCGUUUGGCAGCAACAACAAGAGUUCGGCCAGCGUGG
(((...((.(((.(....)..)))))..)))(((((((((((.(.(((((......))))).).....(((.((((((.....))))))..)))...............))))))))))) ( -39.60)
>DroVir_CAF1 36150 114 + 1
GCAUUGGUGCCAUUUUGGGCCUGGGCAUUGCCUAUGCUGGCUCCAAUCGCGCCAUUGUCAUCGAUACGCUGAAAACGAUCU------UUGCCAGCAACGGCAAGACGGCUGCCAGUGUCG
(((((((((((.......((....)).(((((..(((((((....((((((..((((....)))).)))(....).)))..------..)))))))..)))))...))).)))))))).. ( -42.70)
>DroGri_CAF1 36295 114 + 1
GCAUUGGCGCCAUAUUGGGCCUGGGCAUUGCCUAUGCCGGCUCCAAUCGAGCCAUUGUCAUCGAUACCCUGAAAACGAUAU------UUGCCAGCAAUGGCAAAACGGCUGCCAAUGUUG
(((((((((((.((((((((.(((((...))))).)))(((((.....)))))......................)))))(------((((((....)))))))..))).)))))))).. ( -50.60)
>DroWil_CAF1 45780 117 + 1
GCAUUGGAGCCAUAUUGGGCCUGGGCAUAGCCUAUGCCGGCUCAAAUCGCGCCAUUGUGAUUGAUACAUUGAAAACAGUUUUCAAUUUUGGCAA---UUCGAAAAUUUCCGCCAGUGUCG
(((((((.((.((.(((((((..((((((...))))))))))))))).))((((....((((((...((((....))))..)))))).))))..---..............))))))).. ( -38.10)
>DroMoj_CAF1 35960 114 + 1
GCAUUGGCGCUAUUUUGGGCUUGGGCAUUGCCUAUGCUGGCUCAAACCGGGCCAUUGUCAUCGAUACGCUGAAGACGAUAU------UUGCCAGCAAUGGCAAGACAACCGCCAGUGUUG
(((((((((........(((((((.....(((......))).....)))))))((((((.(((......))).)))))).(------((((((....))))))).....))))))))).. ( -48.10)
>DroAna_CAF1 33834 120 + 1
GCGUGGGUGCUAUCCUUGGCCUGGGAAUAGCCUACGCCGGGUCGAAUCGGUCCAUUGUCAUCGACACUCUGAAGACUGUGUUCUCCUUUGGCAGCAACAACAAGAGCUCCGCCAGCGUGG
((((((((....((((......))))...))))))))(((((((((..((..(((.(((.(((......))).))).)))..))..))))))(((..........))))))......... ( -35.90)
>consensus
GCAUUGGCGCCAUAUUGGGCCUGGGCAUUGCCUAUGCCGGCUCCAAUCGCGCCAUUGUCAUCGAUACCCUGAAAACGAUAU______UUGCCAGCAACGGCAAGACGUCCGCCAGUGUCG
(((((((((........(((.(((((...))))).)))(((.(.....).)))(((((..(((......)))..)))))..............................))))))))).. (-25.77 = -24.75 +  -1.02)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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