Locus 7367

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 19,753,697 – 19,753,817
Length 120
Max. P 0.565837
window11970

overview

Window 0

Location 19,753,697 – 19,753,817
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 83.33
Mean single sequence MFE -43.87
Consensus MFE -29.72
Energy contribution -29.87
Covariance contribution 0.15
Combinations/Pair 1.41
Mean z-score -1.92
Structure conservation index 0.68
SVM decision value 0.06
SVM RNA-class probability 0.565837
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 19753697 120 + 23771897
AGCAUGUGUGUGGCCGGGGCUCCAGCAAGGAUUGGAAGCGUUCGAUCAAGUACGGCGGCAAAUCGCUGCAGUCCCUCAUCGAUGAGGGUACGCUCACGCCGCACGCGACCAACUGCAGCU
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>DroVir_CAF1 11413 120 + 1
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>DroGri_CAF1 15706 120 + 1
AGCAUGUGUGCGGCCGUGGCUCCAGCAAGGACUGGAAACGCUCCAUCAAAUAUGGUGGCAAAUCUCUACAGUCGCUCAUCGACGAGGGCACGCUAACACCGCACGCGACCAACUGCAGUU
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>DroWil_CAF1 7393 120 + 1
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>DroMoj_CAF1 5760 120 + 1
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>DroAna_CAF1 5659 120 + 1
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>consensus
AGCACGUGUGCGGCCGGGGCUCCAGCAAGGAUUGGAAACGAUCCAUCAAAUACGGUGGCAAAUCGCUGCAGUCCCUCAUCGAUGAGGGCACGCUAACGCCGCACGCGACCAACUGCAGUU
.....(((((((((..((((........(((.((....)).)))..........((((.......)))).(((((((......))))).))))))..))))))))).............. (-29.72 = -29.87 +   0.15)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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Postscript

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