Locus 735

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 2,217,758 – 2,217,878
Length 120
Max. P 0.511709
window1125

overview

Window 5

Location 2,217,758 – 2,217,878
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 81.50
Mean single sequence MFE -44.15
Consensus MFE -25.60
Energy contribution -27.35
Covariance contribution 1.75
Combinations/Pair 1.28
Mean z-score -1.87
Structure conservation index 0.58
SVM decision value -0.04
SVM RNA-class probability 0.511709
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 2217758 120 - 23771897
UGCAGCAGAGCGGGAUUCAGCCCUUUGGCCUUCUCCAAGCAGCGCUGCCACUCACCAUGCUCCGCCAGGAGAUCUAGGGCGGACACUAUGUCUAUGUCCGCCAGCUGCUCAAUGUUGCCC
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>DroVir_CAF1 293759 120 - 1
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>DroGri_CAF1 262437 120 - 1
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>DroWil_CAF1 345630 120 - 1
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>DroMoj_CAF1 281362 120 - 1
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>DroAna_CAF1 263470 120 - 1
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>consensus
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alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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