Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 19,616,659 – 19,616,772 |
Length | 113 |
Max. P | 0.947333 |
Location | 19,616,659 – 19,616,772 |
---|---|
Length | 113 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 94.10 |
Mean single sequence MFE | -28.50 |
Consensus MFE | -29.45 |
Energy contribution | -28.78 |
Covariance contribution | -0.67 |
Combinations/Pair | 1.16 |
Mean z-score | -0.89 |
Structure conservation index | 1.03 |
SVM decision value | 1.37 |
SVM RNA-class probability | 0.947333 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 19616659 113 - 23771897 GUCGUCGAUGGGCG------UGCCGGGAUUAACGCAAUUGGACACAAAGGUGGGGAUUAGUUCGGAUUUAAAACCGGACGAUGAAAACAAAUGUUUCAUUUGUAAGGUAAUU-UCUCAGU ........((((..------((((..((((..(((..(((....)))..)))..)))).((((((........)))))).......(((((((...)))))))..))))...-.)))).. ( -27.50) >DroGri_CAF1 30822 114 - 1 AUCGUCAAUGGGUG------UGCCGGGAUUAACGCAAUUGGACACAAAGGUGGGAAUUAGUUCGGAUUUAAAACCGGACGAUGAAAACAAAUGUUUCAUUUGUAAGGUAAUUUUCUCAGU ........((((..------((((..((((..(((..(((....)))..)))..)))).((((((........)))))).......(((((((...)))))))..)))).....)))).. ( -27.10) >DroWil_CAF1 48660 119 - 1 GUCAUCGAUGGGCGUCAGCAUGCCGGGAUUAACGCAAUUGGACACAAAGGUGGGAAUUAGUUCGGAUUUAAAACCGGACGAUGAAAACAAAUGUUUCAUUUGUAAGGUAAUU-UCUCAGU .(((((....(((((....)))))..((((..(((..(((....)))..)))..)))).((((((........)))))))))))..(((((((...))))))).........-....... ( -30.90) >DroYak_CAF1 31487 113 - 1 GUCUUCGAUGGGCG------UGCCGGGAUUAACGCAAUUGGACACAAAGGUGGGGAUUAGUUCGGAUUUAAAACCGGACGAUGAAAACAAAUGUUUCAUUUGUAAGGUAAUU-CCUGAGU ((.((((((..(((------(..........)))).)))))).))......((((((((((((((........)))))).......(((((((...)))))))....)))))-))).... ( -30.50) >DroMoj_CAF1 31896 113 - 1 AUCAUCAAUGGGCG------UGCCGGGAUUAACACAAUUGGACACAAAGGUGGGAAUUAGUUCGGAUUUAAAACCGGACGAUGAAAACAAAUGUUUCAUUUGUAAGGUAAUU-UCUCAGU .(((((....((..------..))..((((..(((..(((....)))..)))..)))).((((((........)))))))))))..(((((((...))))))).........-....... ( -27.50) >DroAna_CAF1 30593 113 - 1 GUCGUCAAUGGGCG------UGCCAGGAUUAACGCAAUUGGACACAAAGGUGGGGAUUAGUUCGGAUUUAAAACCGGACGAUGAAAACAAGUGUUUCAUUUGUAAGGUAAUU-UCUCAGU ........((((..------((((..((((..(((..(((....)))..)))..)))).((((((........)))))).......(((((((...)))))))..))))...-.)))).. ( -27.50) >consensus GUCGUCAAUGGGCG______UGCCGGGAUUAACGCAAUUGGACACAAAGGUGGGAAUUAGUUCGGAUUUAAAACCGGACGAUGAAAACAAAUGUUUCAUUUGUAAGGUAAUU_UCUCAGU .(((((....((((......))))..((((..(((..(((....)))..)))..)))).((((((........)))))))))))..(((((((...)))))))................. (-29.45 = -28.78 + -0.67)
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