| Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 19,510,690 – 19,510,797 |
| Length | 107 |
| Max. P | 0.539288 |
| Location | 19,510,690 – 19,510,797 |
|---|---|
| Length | 107 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 77.57 |
| Mean single sequence MFE | -38.67 |
| Consensus MFE | -30.35 |
| Energy contribution | -29.94 |
| Covariance contribution | -0.41 |
| Combinations/Pair | 1.35 |
| Mean z-score | -0.80 |
| Structure conservation index | 0.79 |
| SVM decision value | 0.01 |
| SVM RNA-class probability | 0.539288 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 19510690 107 - 23771897 UCU--------UGAUCCAUUU-----UGCAGAUCGACAUCUACCCCUGGAGCGAUAUGCCUGCCACUUGUACACGGAGGUGCUCCGCAAGCUGCCUGCCGUGGUGCGCAGGUGGUGGAAC ...--------...(((....-----.(((.((((...((((....)))).)))).)))..(((((((((.((((((((((((.....))).)))).)))))....)))))))))))).. ( -41.90) >DroVir_CAF1 4203 120 - 1 UCUUUAACUGAUUCUCCUUGUACUCGAACAGAUCCUCAACUCCCACUGGAGCGGUAUGCAUGCCAUCUGUAUACGGAGGUGUUGCGCAAGUUGCCAGCCGUGGUGCGCAAAUGGUGGAAC ...........(((.((.(((((....((((((......((((....)))).((((....)))))))))).(((((..(.((.((....)).)))..)))))))))).....)).))).. ( -32.40) >DroSim_CAF1 1517 107 - 1 GGU--------CGUUCUAUUU-----UGCAGAUCGACAACUACCCCUGGAGCGAUAUGUCUGCCACUUGUACACGGAGGUGCUCCGCAAGCUGCCUGCCGUGGUGCGCAGGUGGUGGAAC .((--------(((((((...-----.(.((........)).)...)))))))))...((..((((((((.((((((((((((.....))).)))).)))))....))))))))..)).. ( -42.00) >DroEre_CAF1 1503 106 - 1 UGU--------UGCUCCGUUU------ACAGAUCGACAGCUACCCCUGGAGCGAUAUGUCUGCCAUUUGUACACGGAGGUGCUCCGCAAGCUGCCUGCCGUGGUGCGCAGGUGGUGGAAU (((--------(((((((...------..((........)).....))))))))))..((..((((((((.((((((((((((.....))).)))).)))))....))))))))..)).. ( -42.80) >DroYak_CAF1 2260 106 - 1 UGU--------GGCUCCGUUU------UCAGAUCGACAGCUACCCCUGGAGCGAUAUGUCUGCCACUUGUACACGGAGGUGCUCCGCAAGCUGCCUGCCGUGGUGCGCAGGUGGUGGAAC (((--------.((((((...------..((........)).....)))))).)))..((..((((((((.((((((((((((.....))).)))).)))))....))))))))..)).. ( -43.50) >DroMoj_CAF1 3785 117 - 1 ---AUAAAUAUUAUUUCUUGUACUCCAACAGAUCCCCGCCUGUCAGUGGAACGAUAUGCCUGCCAUCUGUAUACGGAAGUGUUGCGCAAGUUGCCCGCCGUGGUGCGCAAAUGGUGGAAC ---..............((((..((((((((........))))...)))))))).....(..((((.(((.(((((..(.((.((....)).)))..)))))....))).))))..)... ( -29.40) >consensus UGU________UGCUCCAUUU______ACAGAUCGACAACUACCCCUGGAGCGAUAUGCCUGCCACUUGUACACGGAGGUGCUCCGCAAGCUGCCUGCCGUGGUGCGCAGGUGGUGGAAC ...........((((((..............................))))))......(((((((((((.(((((..(.((..(....)..)))..)))))....)))))))))))... (-30.35 = -29.94 + -0.41)
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