Locus 7269

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	19,459,794 – 19,459,887
Length	93
Max. P	0.938356

overview

Window 7

Location	19,459,794 – 19,459,887
Length	93
Sequences	6
Columns	112
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	84.75
Mean single sequence MFE	-24.87
Consensus MFE	-20.02
Energy contribution	-20.05
Covariance contribution	0.03
Combinations/Pair	1.04
Mean z-score	-3.21
Structure conservation index	0.81
SVM decision value	1.29
SVM RNA-class probability	0.938356
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 19459794 93 + 23771897
-------CGGAGAUGGA--AAGAAGUGUUAUAAAAUAAUAAAUGCCUUGCAUUUUUGCAAUUGCAUAAACAUAUGCAUGUGUAUAUGUUAAUGCAGCCGCAC----------
-------.(((((((.(--(.(...((((((...))))))....).)).)))))))((..((((((.(((((((((....))))))))).))))))..))..---------- ( -25.50)
>DroVir_CAF1 52071 102 + 1
-------GAGACAAACAUGUAGCAAUGUUAUAAAAUAAUAAAUGCCUUGCAUUUUUGCAAUUGCAUAAACAUAUGCAUGUGUAUAUGUUAAUGCAACAC-AGAUGCCACC--
-------...........((.(((.(((..................(((((....)))))((((((.(((((((((....))))))))).)))))).))-)..))).)).-- ( -25.30)
>DroPse_CAF1 59964 92 + 1
-------CAGAGAUGGA--GAGAAGUGUUAUAAAAUAAUAAAUGCCUUGCAUUUUUGCAAUUGCAUAAACAUAUGCAUGUGUAUAUGUUAAUGCAGCCC-AG----------
-------((((((((((--(.(...((((((...))))))....)))).))))))))...((((((.(((((((((....))))))))).))))))...-..---------- ( -24.70)
>DroGri_CAF1 204 97 + 1
-------CAGAGAUGGA-----AAAUGUUAUAAAAUAAUAAAUGUCUUGCAAUUUGGCAAUUGCAUAAACAUAUGCAUGUGUAUAUGUUAAUGCAGCAC-AGAA--CAGCUC
-------..((((((..-----...((((((...))))))..))))))((..((((((...(((((.(((((((((....))))))))).))))))).)-))).--..)).. ( -23.10)
>DroYak_CAF1 140771 100 + 1
ACGGAGAUAGAGAUGGA--GAGAAGUGUUAUAAAAUAAUAAAUGCCUUGCAUUUUUGCAAUUGCAUAAACAUAUGCAUGUGUAUAUGUUAAUGCAGCCCCAG----------
..((.(.((((((((((--(.(...((((((...))))))....)))).)))))))))..((((((.(((((((((....))))))))).))))))..))..---------- ( -25.90)
>DroPer_CAF1 60246 92 + 1
-------CAGAGAUGGA--GAGAAGUGUUAUAAAAUAAUAAAUGCCUUGCAUUUUUGCAAUUGCAUAAACAUAUGCAUGUGUAUAUGUUAAUGCAGCCC-AG----------
-------((((((((((--(.(...((((((...))))))....)))).))))))))...((((((.(((((((((....))))))))).))))))...-..---------- ( -24.70)
>consensus
_______CAGAGAUGGA__GAGAAGUGUUAUAAAAUAAUAAAUGCCUUGCAUUUUUGCAAUUGCAUAAACAUAUGCAUGUGUAUAUGUUAAUGCAGCCC_AG__________
.........................((((((...))))))......(((((....)))))((((((.(((((((((....))))))))).))))))................ (-20.02 = -20.05 +   0.03)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	19,459,794 – 19,459,887
Length	93
Sequences	6
Columns	112
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	84.75
Mean single sequence MFE	-20.05
Consensus MFE	-15.24
Energy contribution	-15.30
Covariance contribution	0.06
Combinations/Pair	1.05
Mean z-score	-2.51
Structure conservation index	0.76
SVM decision value	0.49
SVM RNA-class probability	0.756481
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 19459794 93 - 23771897
----------GUGCGGCUGCAUUAACAUAUACACAUGCAUAUGUUUAUGCAAUUGCAAAAAUGCAAGGCAUUUAUUAUUUUAUAACACUUCUU--UCCAUCUCCG-------
----------.(((((.(((((.(((((((.(....).))))))).))))).))))).((((((...))))))....................--..........------- ( -20.10)
>DroVir_CAF1 52071 102 - 1
--GGUGGCAUCU-GUGUUGCAUUAACAUAUACACAUGCAUAUGUUUAUGCAAUUGCAAAAAUGCAAGGCAUUUAUUAUUUUAUAACAUUGCUACAUGUUUGUCUC-------
--.((((((..(-(((((((((.(((((((.(....).))))))).))))))).....((((((...))))))...........))).))))))...........------- ( -25.50)
>DroPse_CAF1 59964 92 - 1
----------CU-GGGCUGCAUUAACAUAUACACAUGCAUAUGUUUAUGCAAUUGCAAAAAUGCAAGGCAUUUAUUAUUUUAUAACACUUCUC--UCCAUCUCUG-------
----------.(-(((((((((.(((((((.(....).))))))).))))..(((((....))))))))..((((......))))........--.)))......------- ( -18.50)
>DroGri_CAF1 204 97 - 1
GAGCUG--UUCU-GUGCUGCAUUAACAUAUACACAUGCAUAUGUUUAUGCAAUUGCCAAAUUGCAAGACAUUUAUUAUUUUAUAACAUUU-----UCCAUCUCUG-------
(((.((--....-(((.(((((.(((((((.(....).))))))).))))).((((......))))...................)))..-----..)).)))..------- ( -17.70)
>DroYak_CAF1 140771 100 - 1
----------CUGGGGCUGCAUUAACAUAUACACAUGCAUAUGUUUAUGCAAUUGCAAAAAUGCAAGGCAUUUAUUAUUUUAUAACACUUCUC--UCCAUCUCUAUCUCCGU
----------.(((((.(((((.(((((((.(....).))))))).))))).(((((....)))))..........................)--))))............. ( -20.00)
>DroPer_CAF1 60246 92 - 1
----------CU-GGGCUGCAUUAACAUAUACACAUGCAUAUGUUUAUGCAAUUGCAAAAAUGCAAGGCAUUUAUUAUUUUAUAACACUUCUC--UCCAUCUCUG-------
----------.(-(((((((((.(((((((.(....).))))))).))))..(((((....))))))))..((((......))))........--.)))......------- ( -18.50)
>consensus
__________CU_GGGCUGCAUUAACAUAUACACAUGCAUAUGUUUAUGCAAUUGCAAAAAUGCAAGGCAUUUAUUAUUUUAUAACACUUCUC__UCCAUCUCUG_______
...............(((((((.(((((((.(....).))))))).))))..((((......)))))))........................................... (-15.24 = -15.30 +   0.06)

alignment

secondary structure

dotplot

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