Locus 7178

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 19,248,200 – 19,248,310
Length 110
Max. P 0.993126
window11657

overview

Window 7

Location 19,248,200 – 19,248,310
Length 110
Sequences 5
Columns 110
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 93.09
Mean single sequence MFE -29.74
Consensus MFE -26.96
Energy contribution -27.32
Covariance contribution 0.36
Combinations/Pair 1.08
Mean z-score -1.83
Structure conservation index 0.91
SVM decision value 2.38
SVM RNA-class probability 0.993126
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 19248200 110 - 23771897
CAGUCAGAGAUCACAGAUCAGAAUACCAACCUUCGUGGGGCUAACUCUUCAUUGGGGUGAUUGGAUUUUUUGUUAGAAAAUCCACAAGGAACUAAGUAUUUUUUUGGCAA
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>DroSec_CAF1 76258 110 - 1
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>DroSim_CAF1 82218 109 - 1
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>DroEre_CAF1 80724 110 - 1
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>DroYak_CAF1 107429 110 - 1
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>consensus
CAGUCAGAGAUCACAGAUCAGAAUACCAACCUUCGUGGGGCUAGCUCUUCAUUAGGGUGAUUGGAUUUUUUGUUAGAAAAUCCACAAGGAACUAAGUAUUUUUUUGGCAA
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alignment

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secondary structure

Postscript

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