Locus 7173

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 19,232,599 – 19,232,759
Length 160
Max. P 0.866429
window11649 window11650

overview

Window 9

Location 19,232,599 – 19,232,719
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 75.00
Mean single sequence MFE -46.30
Consensus MFE -18.26
Energy contribution -18.60
Covariance contribution 0.34
Combinations/Pair 1.44
Mean z-score -2.13
Structure conservation index 0.39
SVM decision value 0.36
SVM RNA-class probability 0.702496
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 19232599 120 + 23771897
CGUGUGCACGGGACCCACCAGAGUUUGAGCUUCGAGCUGGUGUCCAAUCUUGGAAAUUAGCUGCUUAUAUUUACCAACCAGCUCCUUUACGAACUGAUCGUGCAGCUUUUCGUGGACAAU
..(((.((((..(.......((((.(((((....(((((((.((((....)))).)))))))))))).)))).......((((....(((((.....))))).)))))..)))).))).. ( -34.40)
>DroVir_CAF1 6797 120 + 1
UGUGUGCACGGGUCCCACGAGGGUUUGCGCCUCCAGCUGGUGGCCAAUGCGCGGCAAUAGCUGCGCAUACUUGACAGUCAACGCCUCCACAAAGCUGUCGUGCAGUUUCUCGUGGACAAU
...........((((.(((((((.((((((...(((((((.(((..(((((((((....)))))))))..(((.....))).))).))....)))))..)))))).)))))))))))... ( -52.70)
>DroPse_CAF1 6541 120 + 1
GGUGUGCACGGGGCCCACCAACGUCUGCCCAUCCAAUUGGUGUCCAAUUUUGGGUAUCAGCUGCUUGUACUUGGCCACCAAGGACGUGACAAACUGGUCAUGCAGCUGUUCGUGGACAAU
((((.((.....)).))))...(((((((((...((((((...)))))).)))))..(((((((..((.(((((...))))).))(((((......)))))))))))).....))))... ( -45.90)
>DroMoj_CAF1 7858 120 + 1
GGCGUGCACCGGACCCACGAGCGUCUGCAGCUCCAGCUGGUGGCCAAUGCGUGGCAGCAGCUGCGCAUACUUGGCCGUCAGCGCCUCCACGAAGCUGUCGUGGAGCUUUUCGUGCACAAU
...((((((.(((.....((((.......))))..((((..((((((((((..((....))..)))))...)))))..))))((.(((((((.....)))))))))..)))))))))... ( -61.10)
>DroAna_CAF1 49670 120 + 1
CGUGUGAACGGGACCCACGAGAGUUUGUGCCUCCAAUUGGUGUCCAAUCUUGGGUAUCAGUUGCUUGUAUUUGCUGACCAGAGCCUGUACAAAUUGGUCGUGGAGCUUCUCGUGGACAAU
(((....)))....(((((((((((..((((..((((((((..(((....)))..)))))))).((((((..(((......)))..))))))...)).))..))..)))))))))..... ( -42.40)
>DroPer_CAF1 6517 120 + 1
GGUGUGCACGGGGCCCACCAACGUCUGCCCAUCCAAUUGGUGUCCAAUUUUGGGUAUCAGAUGCUUGUACUUGGCCACCAAGGACGUGACAAACUGGUCAUGCAGUUGUUCGUGGACAAU
..(((.(((((((((...(((((((((((((...((((((...)))))).))))...)))))).))).....)))).))...(.((((((......)))))))........))).))).. ( -41.30)
>consensus
GGUGUGCACGGGACCCACCAGCGUCUGCGCCUCCAACUGGUGUCCAAUCUUGGGUAUCAGCUGCUUAUACUUGGCCACCAACGCCUUCACAAACUGGUCGUGCAGCUUUUCGUGGACAAU
..............((((.((((.((((.....((((((((((((......)))))))))))).......(((.....)))....................)))).)))).))))..... (-18.26 = -18.60 +   0.34)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 0

Location 19,232,639 – 19,232,759
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 77.00
Mean single sequence MFE -46.67
Consensus MFE -24.73
Energy contribution -27.26
Covariance contribution 2.53
Combinations/Pair 1.21
Mean z-score -2.07
Structure conservation index 0.53
SVM decision value 0.85
SVM RNA-class probability 0.866429
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 19232639 120 + 23771897
UGUCCAAUCUUGGAAAUUAGCUGCUUAUAUUUACCAACCAGCUCCUUUACGAACUGAUCGUGCAGCUUUUCGUGGACAAUAAUCCUCCUGGUGGUGGUGCAUCUUUGACCACUGGUGCCA
((((((....(((((...((((((.((....)).....(((.((......)).))).....)))))))))))))))))...........(((((((((.((....))))))))...))). ( -29.20)
>DroVir_CAF1 6837 120 + 1
UGGCCAAUGCGCGGCAAUAGCUGCGCAUACUUGACAGUCAACGCCUCCACAAAGCUGUCGUGCAGUUUCUCGUGGACAAUGAUGCGCCUUGUGGUGGUGCAGCGCUGUCCGCUGGUGCCA
.(((..(((((((((....)))))))))..............(((......((((((.....))))))...(((((((.((.((((((.......)))))).)).))))))).)))))). ( -50.70)
>DroPse_CAF1 6581 120 + 1
UGUCCAAUUUUGGGUAUCAGCUGCUUGUACUUGGCCACCAAGGACGUGACAAACUGGUCAUGCAGCUGUUCGUGGACAAUGAUGCGCCUGGUGGUGGUGCAGCGUUGUCCGCUGGUGCCG
............((((((((((((..((.(((((...))))).))(((((......)))))))))))....((((((((((.((((((.......)))))).)))))))))).)))))). ( -55.60)
>DroMoj_CAF1 7898 120 + 1
UGGCCAAUGCGUGGCAGCAGCUGCGCAUACUUGGCCGUCAGCGCCUCCACGAAGCUGUCGUGGAGCUUUUCGUGCACAAUGAUGCGUCGGGUGGUGGUGCAGCGUUGUCCGCUGGUGCCA
.((((...(((.((((((.(((((((.(((((((((((((((((((((((((.....))))))))......))))....))))).))))))))...))))))))))))))))..).))). ( -62.60)
>DroAna_CAF1 49710 120 + 1
UGUCCAAUCUUGGGUAUCAGUUGCUUGUAUUUGCUGACCAGAGCCUGUACAAAUUGGUCGUGGAGCUUCUCGUGGACAAUGAUUCUCCUGGUGGUGGUGCAUCUCUGGCCACUAGUUCCG
.(.(((((....((((.....))))(((((..(((......)))..))))).))))).)..((((((....((((.((..(((.(.((.......)).).)))..)).)))).)))))). ( -33.00)
>DroPer_CAF1 6557 120 + 1
UGUCCAAUUUUGGGUAUCAGAUGCUUGUACUUGGCCACCAAGGACGUGACAAACUGGUCAUGCAGUUGUUCGUGGACAAUGAUGCGCCUGGUGGUGGUGCAGCGUUGUCCGCUGGUGCCG
............(((((((..(((..((.(((((...))))).))(((((......)))))))).......((((((((((.((((((.......)))))).))))))))))))))))). ( -48.90)
>consensus
UGUCCAAUCUUGGGUAUCAGCUGCUUAUACUUGGCCACCAACGCCUUCACAAACUGGUCGUGCAGCUUUUCGUGGACAAUGAUGCGCCUGGUGGUGGUGCAGCGUUGUCCGCUGGUGCCA
............((((((((((((.....................................))))).....((((((((((.((((((.......)))))).))))))))))))))))). (-24.73 = -27.26 +   2.53)

alignment

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secondary structure

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