Locus 7141

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	19,184,845 – 19,185,063
Length	218
Max. P	0.999758

overview

Window 3

Location	19,184,845 – 19,184,948
Length	103
Sequences	5
Columns	107
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	90.63
Mean single sequence MFE	-25.45
Consensus MFE	-20.87
Energy contribution	-20.83
Covariance contribution	-0.04
Combinations/Pair	1.04
Mean z-score	-1.74
Structure conservation index	0.82
SVM decision value	0.96
SVM RNA-class probability	0.889624
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 19184845 103 + 23771897
GAGCAAUUUGCGUGGGUAAACAUGCACUAAAACUCAAUUUAGAGGCGGAUACAAGUACUGUUUUAUAUAUGUAUCUAUACUAUGG----GCAUGUAUCUGACGUAUG
........(((((.((...((((((.(((...(((......)))..(((((((.(((........))).)))))))......)))----))))))..)).))))).. ( -27.70)
>DroSec_CAF1 13250 103 + 1
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(((.....((((((......))))))......)))........(.((((((((.((..(((..((((........))))..))).----)).)))))))).)..... ( -24.80)
>DroSim_CAF1 16779 103 + 1
GAGCAAUUUGCGUGGGUAAACAUGCACUAAAACUCAAUUUAGAGGCGGAUACAAGUACUGUUUUAUAUAUCUAUCUAUACUGCGA----GCAUGUAUCUGGCGUAUG
(((.....((((((......))))))......)))........(.((((((((.((..(((..((((........))))..))).----)).)))))))).)..... ( -24.80)
>DroEre_CAF1 16163 103 + 1
GAGCAAUUUGCGUGGGUAAACAUGCACUAAAACUCAAUUUAGAGGCGGAUACAAGUACAAUUUGAUAUAUCUAUCUAUACUAUAU----ACGCGUAUCUGGCGAAUA
(((.....((((((......))))))......)))........(.(((((((..(((......((((....)))).........)----))..))))))).)..... ( -22.26)
>DroYak_CAF1 37206 107 + 1
GAGCAAUUUGCGUGGGUAAACAUGCACUAAAACUCAAUUUAGAGGCGGAUACAAGUACAAUUUGAUAUAUCUAUCUAUACUAUAUAUGUACGUGUAUCUGGCAUAUA
(((.....((((((......))))))......)))........(.((((((((.(((((((.((.((((......)))).)).)).))))).)))))))).)..... ( -27.70)
>consensus
GAGCAAUUUGCGUGGGUAAACAUGCACUAAAACUCAAUUUAGAGGCGGAUACAAGUACUGUUUUAUAUAUCUAUCUAUACUAUGA____GCAUGUAUCUGGCGUAUG
(((.....((((((......))))))......)))........(.((((((((.((.........((((......))))..........)).)))))))).)..... (-20.87 = -20.83 +  -0.04)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	19,184,923 – 19,185,024
Length	101
Sequences	5
Columns	109
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	90.21
Mean single sequence MFE	-27.82
Consensus MFE	-21.92
Energy contribution	-22.16
Covariance contribution	0.24
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-1.62
Structure conservation index	0.79
SVM decision value	0.40
SVM RNA-class probability	0.720623
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 19184923 101 + 23771897
ACUAUGG----GCAUGUAUCUGACGUAUGU----AUCUAUGCACAGUUCUUGCAAAUUGUAUGCUGACACAGCAUUGAGGCAGGCGCCCAAUUUAAUGCGAUUUAAGCA
....(((----((......(((..(((((.----...))))).)))..(((((...(((.((((((...))))))))).))))).)))))......(((.......))) ( -25.80)
>DroSec_CAF1 13328 101 + 1
ACUGCGA----GCAUGUAUCUGGCGUAUGU----AUCUAUGCACAGUUCUUGCAAAUUGUAUGCUGACACAGCAUUGAGGCAGGCGCCCAAUUUAAUGCGAUUUAAGCA
...((..----(((.(...((((((((...----...))))).)))..).)))(((((((((((((...))))((((.(((....)))))))...)))))))))..)). ( -30.20)
>DroSim_CAF1 16857 101 + 1
ACUGCGA----GCAUGUAUCUGGCGUAUGU----AUCUAUGCACAGUUCUUGCAAAUUGUAUGCUGACACAGCAUUGAGGCAGGCGCCCAAUUUAAUGCGAUUUAAGCA
...((..----(((.(...((((((((...----...))))).)))..).)))(((((((((((((...))))((((.(((....)))))))...)))))))))..)). ( -30.20)
>DroEre_CAF1 16241 100 + 1
ACUAUAU----ACGCGUAUCUGGCGAAUAC----AUCUAUGCACAGUUCUUGCAAAUUGUAUGCUGACACAGCAUUG-GGCAGGCGCCCAAUUUAAUGCGAUUUAAGCA
.......----..(((((.((((((.....----.....))).)))....)))(((((((((((((...))))((((-(((....)))))))...)))))))))..)). ( -27.50)
>DroYak_CAF1 37284 109 + 1
ACUAUAUAUGUACGUGUAUCUGGCAUAUACAUUCAUCUAUGCACAGUUCUUGCAAAUUGUAUGCUGACACAGCAUUGAGGCAGGCGCCCAAUUUAAUGCGAUUUAAGCA
...((((((....))))))((((((((..........))))).)))....((((((((((((((((...))))((((.(((....)))))))...)))))))))..))) ( -25.40)
>consensus
ACUAUGA____GCAUGUAUCUGGCGUAUGU____AUCUAUGCACAGUUCUUGCAAAUUGUAUGCUGACACAGCAUUGAGGCAGGCGCCCAAUUUAAUGCGAUUUAAGCA
...............(((.((((((((..........))))).)))....)))(((((((((((((...))))((((.(((....)))))))...)))))))))..... (-21.92 = -22.16 +   0.24)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	19,184,948 – 19,185,063
Length	115
Sequences	5
Columns	119
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	97.08
Mean single sequence MFE	-35.66
Consensus MFE	-32.96
Energy contribution	-32.96
Covariance contribution	0.00
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-2.76
Structure conservation index	0.92
SVM decision value	4.02
SVM RNA-class probability	0.999758
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 19184948 115 + 23771897
U----AUCUAUGCACAGUUCUUGCAAAUUGUAUGCUGACACAGCAUUGAGGCAGGCGCCCAAUUUAAUGCGAUUUAAGCAAGAGCAGCGCAAAUUGAGCGAGCCGCUUGAAUGAAUGAA
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>DroSec_CAF1 13353 115 + 1
U----AUCUAUGCACAGUUCUUGCAAAUUGUAUGCUGACACAGCAUUGAGGCAGGCGCCCAAUUUAAUGCGAUUUAAGCAAGAGCAGCGCAAAUUGAGCGAGCCACUUGAAUGAAUGAA
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>DroSim_CAF1 16882 115 + 1
U----AUCUAUGCACAGUUCUUGCAAAUUGUAUGCUGACACAGCAUUGAGGCAGGCGCCCAAUUUAAUGCGAUUUAAGCAAGAGCAGCGCAAAUUGAGCGAGCCACUUGAAUGAAUGAA
.----.....(((.(.(((((((((((((((((((((...))))((((.(((....)))))))...)))))))))..)))))))).).)))..(..((.......))..)......... ( -32.70)
>DroEre_CAF1 16266 114 + 1
C----AUCUAUGCACAGUUCUUGCAAAUUGUAUGCUGACACAGCAUUG-GGCAGGCGCCCAAUUUAAUGCGAUUUAAGCAAGAGCAGCGCAAAUUGAGCGAGCCACUUGAAUGAAUGAA
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>DroYak_CAF1 37313 119 + 1
CAUUCAUCUAUGCACAGUUCUUGCAAAUUGUAUGCUGACACAGCAUUGAGGCAGGCGCCCAAUUUAAUGCGAUUUAAGCAAGAGCAGCGCAAAUUGAGCGAACCACUUGAAUGAAUGAA
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>consensus
U____AUCUAUGCACAGUUCUUGCAAAUUGUAUGCUGACACAGCAUUGAGGCAGGCGCCCAAUUUAAUGCGAUUUAAGCAAGAGCAGCGCAAAUUGAGCGAGCCACUUGAAUGAAUGAA
..........(((.(.(((((((((((((((((((((...))))((((.(((....)))))))...)))))))))..)))))))).).)))..(..((.......))..)......... (-32.96 = -32.96 +   0.00)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	19,184,948 – 19,185,063
Length	115
Sequences	5
Columns	119
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	97.08
Mean single sequence MFE	-30.29
Consensus MFE	-28.60
Energy contribution	-28.44
Covariance contribution	-0.16
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-1.46
Structure conservation index	0.94
SVM decision value	1.24
SVM RNA-class probability	0.934730
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 19184948 115 - 23771897
UUCAUUCAUUCAAGCGGCUCGCUCAAUUUGCGCUGCUCUUGCUUAAAUCGCAUUAAAUUGGGCGCCUGCCUCAAUGCUGUGUCAGCAUACAAUUUGCAAGAACUGUGCAUAGAU----A
..(((...(((..(((((.(((((((((((((..((....))......))))...)))))))))...)))...((((((...)))))).......))..)))..))).......----. ( -29.60)
>DroSec_CAF1 13353 115 - 1
UUCAUUCAUUCAAGUGGCUCGCUCAAUUUGCGCUGCUCUUGCUUAAAUCGCAUUAAAUUGGGCGCCUGCCUCAAUGCUGUGUCAGCAUACAAUUUGCAAGAACUGUGCAUAGAU----A
.............(.(((.(((((((((((((..((....))......))))...)))))))))...))).).((((((...))))))......((((.......)))).....----. ( -29.10)
>DroSim_CAF1 16882 115 - 1
UUCAUUCAUUCAAGUGGCUCGCUCAAUUUGCGCUGCUCUUGCUUAAAUCGCAUUAAAUUGGGCGCCUGCCUCAAUGCUGUGUCAGCAUACAAUUUGCAAGAACUGUGCAUAGAU----A
.............(.(((.(((((((((((((..((....))......))))...)))))))))...))).).((((((...))))))......((((.......)))).....----. ( -29.10)
>DroEre_CAF1 16266 114 - 1
UUCAUUCAUUCAAGUGGCUCGCUCAAUUUGCGCUGCUCUUGCUUAAAUCGCAUUAAAUUGGGCGCCUGCC-CAAUGCUGUGUCAGCAUACAAUUUGCAAGAACUGUGCAUAGAU----G
.(((((......)))))...........(((((.(.((((((................(((((....)))-))((((((...)))))).......)))))).).))))).....----. ( -30.00)
>DroYak_CAF1 37313 119 - 1
UUCAUUCAUUCAAGUGGUUCGCUCAAUUUGCGCUGCUCUUGCUUAAAUCGCAUUAAAUUGGGCGCCUGCCUCAAUGCUGUGUCAGCAUACAAUUUGCAAGAACUGUGCAUAGAUGAAUG
..((((((((...(..((((((((((((((((..((....))......))))...))))))))((........((((((...)))))).......))..))))..).....)))))))) ( -33.66)
>consensus
UUCAUUCAUUCAAGUGGCUCGCUCAAUUUGCGCUGCUCUUGCUUAAAUCGCAUUAAAUUGGGCGCCUGCCUCAAUGCUGUGUCAGCAUACAAUUUGCAAGAACUGUGCAUAGAU____A
.............(.(((.(((((((((((((..((....))......))))...)))))))))...))).).((((((...))))))......((((.......)))).......... (-28.60 = -28.44 +  -0.16)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:39:07 2006