Locus 7091

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	19,147,751 – 19,147,968
Length	217
Max. P	0.867839

overview

Window 3

Location	19,147,751 – 19,147,864
Length	113
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	93.29
Mean single sequence MFE	-33.95
Consensus MFE	-30.92
Energy contribution	-31.28
Covariance contribution	0.36
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-1.39
Structure conservation index	0.91
SVM decision value	0.86
SVM RNA-class probability	0.867839
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 19147751 113 + 23771897
AGCGGGCUAAAAUGUUAGAAAUGAAUUUUAAAUAUUUUAUCGACG-GCGUUCGUGACUCACUUGAGUCCCAGUC------UGGGCUUCGGUCUCCCGGCGGACGCUCGCAUUUUGAUCAA
.(((((((((((((((.((((....)))).)))))))))......-..(((((((((((....)))))......------.((((....))))....))))))))))))........... ( -35.40)
>DroSec_CAF1 10605 113 + 1
AGCGGGCUAAACUGUUAGAAAUGAAUUUUAAAUAUUUUAUCGACG-GCGUUCGUGACUCACUUGAGUCCCAGUC------UGGGCUUCGUUCUCCCGGCGGACGCUCGCAUUUUGAUCAA
.((((((....(((((.((...((((.......))))..))))))-).(((((.(((((....))))).).(.(------((((.........))))))))))))))))........... ( -31.60)
>DroAna_CAF1 3421 120 + 1
AGCGGGCUAAAAUGUUAGAAAUGAAUUUUAAAUAUUUUAUCGAUGCACGUUCGUGACUCACUUGAGUCGCAGUCUAAGUCUGGUCGCCUUUUUCCCGGCGGACGCUCGCAUUUUGAUCGA
.(((((((((((((((.((((....)))).))))))))).........(((((((((((....))))))).(.(((....))).)(((........)))))))))))))........... ( -36.60)
>DroSim_CAF1 10276 113 + 1
AGCGGGCUAAAAUGUUAGAAAUGAAUUUUAAAUAUUUUAUCGACG-GCGUUCGUGACUCACUUGAGUCCCAGUC------UGGGCUUCGGUCUCCCGGCGGACGCUCGCAUUUUGAUCAA
.(((((((((((((((.((((....)))).)))))))))......-..(((((((((((....)))))......------.((((....))))....))))))))))))........... ( -35.40)
>DroEre_CAF1 11112 113 + 1
AGCGGGCUAAAAUGUUAGAAAUGAAUUUUAAAUAUUUUAUCGACG-GCGUUCGUGACUCACUUGAGUCCCAGUC------UGGGCCCCAGUCUCCCGGCGGACGCUCGCAUUUUGAUCAA
.(((((((((((((((.((((....)))).)))))))))......-..(((((((((((....)))))..((.(------(((...)))).))....))))))))))))........... ( -34.80)
>DroYak_CAF1 11221 112 + 1
AGUGGGCUA-AAUGUUAGAAAUGAAUUUUAAAUAUUUUAUCGACG-GCGUUCGUGACUCACUUGAGUCCCAGUC------UGGGCUUCAGUCUCCCGGCGGACGCUCGCAUUUUGAUCAA
.((.((..(-((((((.((((....)))).)))))))..)).))(-(((((((.(((((....))))).).(.(------((((.........))))))))))))).............. ( -29.90)
>consensus
AGCGGGCUAAAAUGUUAGAAAUGAAUUUUAAAUAUUUUAUCGACG_GCGUUCGUGACUCACUUGAGUCCCAGUC______UGGGCUUCGGUCUCCCGGCGGACGCUCGCAUUUUGAUCAA
.(((((((((((((((.((((....)))).))))))))).........(((((((((((....)))))............((((.........))))))))))))))))........... (-30.92 = -31.28 +   0.36)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	19,147,864 – 19,147,968
Length	104
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	80.44
Mean single sequence MFE	-38.88
Consensus MFE	-16.41
Energy contribution	-16.63
Covariance contribution	0.23
Combinations/Pair	1.15
Mean z-score	-2.74
Structure conservation index	0.42
SVM decision value	0.24
SVM RNA-class probability	0.646906
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 19147864 104 - 23771897
GCCCGACUACGUGACUCACAUACAUA--UAGUUGG---GCA----CUCCGGCCC-----UCCAAGAUAUUUCUGUGGGGAUUUCUGUGGUUGCCCGCCCGACUUGGCCUGGGCCACA--U
(((((((((..((.........))..--)))))))---)).----....(((((-----.(((((.....((.(((((((((.....)))).)))))..)))))))...)))))...--. ( -40.70)
>DroSec_CAF1 10718 104 - 1
GCCCGACUACGUGACUCACAUACACA--UAGUUGG---GCA----CUCCGGCCC-----UCCAAGAUAUUUCUGUGGGGAUUUCUGUGGUUGCCCCACCGACUUGGCCUGGGCCACA--U
(((((((((.(((.........))).--)))))))---)).----....(((((-----.(((((.....((.((((((....(....)...)))))).)))))))...)))))...--. ( -46.60)
>DroAna_CAF1 3541 99 - 1
GCCUGGCUACGUGACUCAAAUACAUAUGUAGUUUGUCCGGA----GUCCGGACUCCCCUUUUGAGAUAUUUCUUUGGGGAUUUCUGUGG-----------------CUUGGGCCACAUAU
....(((((((((...........))))))))).((((((.----..))))))(((((....((((....)))).)))))....(((((-----------------(....))))))... ( -35.20)
>DroSim_CAF1 10389 104 - 1
GCCCGACUACGUGACUCACAUACACA--UAGUUGG---GCA----CUCCGGGCC-----UCCAAGAUAUUUCUGUGGGGAUUUCUGUGGUUGCCCCACCGACUUGGCCUGGGCCACA--U
(((((((((.(((.........))).--)))))))---)).----.((((((((-----....(((....)))((((((....(....)...))))))......)))))))).....--. ( -43.70)
>DroEre_CAF1 11225 99 - 1
GCCCGACUACGUGACUCACAUACA----UAGUUG----GCA----CUCCGGUCC-----UCCAAGAUAUUUCUGUGGGGAUUUCUGUGGUUGCCC--CUGACUUGGCCUGAACCACA--U
(((.(((((.(((.......))).----))))))----)).----....(((((-----.((((((....))).))))))))..((((((((((.--.......)))...)))))))--. ( -29.60)
>DroYak_CAF1 11333 103 - 1
GCCCGACUACGUGACUCACAUACU----UAGUGG----CCGGAGUGCCCGGCCC-----UCCAAGAUAUUUCUGUGGGGAUUUCUGUGGUUGCCC--CCGACUUGGCCUGGGCCACA--U
(((((((((((.((..........----....((----((((.....))))))(-----(((((((....))).)))))...)))))))))(((.--.......)))..))))....--. ( -37.50)
>consensus
GCCCGACUACGUGACUCACAUACA_A__UAGUUGG___GCA____CUCCGGCCC_____UCCAAGAUAUUUCUGUGGGGAUUUCUGUGGUUGCCC__CCGACUUGGCCUGGGCCACA__U
(((((((((((.(((((((..............................((.........)).(((....))))))))....)))))))))(((..........)))..))))....... (-16.41 = -16.63 +   0.23)

alignment

secondary structure

dotplot

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