Locus 706

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 2,114,905 – 2,115,061
Length 156
Max. P 0.888812
window1080 window1081

overview

Window 0

Location 2,114,905 – 2,115,022
Length 117
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.25
Mean single sequence MFE -46.87
Consensus MFE -28.05
Energy contribution -29.17
Covariance contribution 1.12
Combinations/Pair 1.24
Mean z-score -1.94
Structure conservation index 0.60
SVM decision value 0.43
SVM RNA-class probability 0.733866
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 2114905 117 + 23771897
CUCGAGGAUUCGGUGUUGUGCUCCUGACUCACGGUCUGAACAUCACUAGAGGCGGGCA---AACCACUUCCUCGGAUAUUCAAAAAGGCCACACAGGUGGCCUUGCCCGCCUCAUUCUCA
...((((((..((((.(((..((..(((.....))).))))).)))).(((((((((.---..((........)).........((((((((....))))))))))))))))))))))). ( -51.00)
>DroVir_CAF1 187185 120 + 1
CGCGAAGAUUCAGUAUUAUGCUCCUGGGUCAUGGUCUGCACAUCGCUGGAGGCGGGCAACGGACCGCUGCCAAUAAUGUUUAGGAAGGCCACACAGGUGGCUUUACCCGCCUCAUUCUCG
.((((.(...(((.((((((((....)).)))))))))..).))))..((((((((((.((...)).))))...........((((((((((....)))))))).))))))))....... ( -44.70)
>DroPse_CAF1 201696 117 + 1
CGCGACGAUUCGGUGUUGUGCUCCUGGGUCAUGGUCUGCAGGUCGCUGGAGGCGGGCA---GGCCGCUGCCGAUGAUGUUCAGGAAGGCCACACAGGUGGCCUUUCCCGCCUCGUUCUCG
.((((((((((((.(.....).)).))))).((.....)).)))))..((((((((((---(....)))))...........((((((((((....)))))))))).))))))....... ( -51.70)
>DroWil_CAF1 209691 117 + 1
CUCGAGGAUUCGGUAUUGUGCUCCUGGGACAUGGUCUGAACUUCACUUGUCGCUGGUA---UUCCACUGCCAAUUAUAUUGAGGAAUGCCACACAGGUGGCCUUACCCGCCUCGUUCUCG
..(((((.(((((.((..((.((....))))..)))))))..((((((((.(.(((((---((((.(.............).)))))))))))))))))).........)))))...... ( -38.52)
>DroMoj_CAF1 165928 120 + 1
CGGGACGAUUCGGUGUUGUGCUCCUGUGUCAUGGUCUGCAAGUUGCUGGAGGCGGGCACUGGGCUGCUGCCAAUGAUAUUCAGGAAGGCCACACAAGUGGCUUUGCCUGCGUCAUUCUCG
(((((......(((((...((.((.(((((...((((.((......)).)))).))))).)))).)).))).(((((...((((((((((((....)))))))).)))).)))))))))) ( -46.80)
>DroAna_CAF1 167972 117 + 1
CUCGAGGACUCGGUGUUGUGCUCCUGGGUCAUAGUCUGAACGUCACUCGAAGCAGGCA---GACCACUGCCAACGAUGUUCAGGAAGGCCACGCAGGUGGCCUUUCCGGCUUCGUUCUCG
..(((((((((((...((((((....)).))))..)))).........(((((.((((---(....)))))...........((((((((((....))))))))))..)))))))))))) ( -48.50)
>consensus
CGCGAGGAUUCGGUGUUGUGCUCCUGGGUCAUGGUCUGAACGUCACUGGAGGCGGGCA___GACCACUGCCAAUGAUAUUCAGGAAGGCCACACAGGUGGCCUUACCCGCCUCAUUCUCG
...((.(((((((..........)))))))..................((((((((((.........))))...........((((((((((....)))))))).))))))))....)). (-28.05 = -29.17 +   1.12)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 1

Location 2,114,945 – 2,115,061
Length 116
Sequences 6
Columns 119
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.19
Mean single sequence MFE -47.59
Consensus MFE -31.52
Energy contribution -33.05
Covariance contribution 1.53
Combinations/Pair 1.18
Mean z-score -2.15
Structure conservation index 0.66
SVM decision value 0.95
SVM RNA-class probability 0.888812
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 2114945 116 + 23771897
CAUCACUAGAGGCGGGCA---AACCACUUCCUCGGAUAUUCAAAAAGGCCACACAGGUGGCCUUGCCCGCCUCAUUCUCAGCCACACAGCUGAUCUUGCCAACGGCAUCGUGGGUUAGC
..((((..(((((((((.---..((........)).........((((((((....)))))))))))))))))....(((((......)))))...((((...))))..))))...... ( -49.10)
>DroVir_CAF1 187225 119 + 1
CAUCGCUGGAGGCGGGCAACGGACCGCUGCCAAUAAUGUUUAGGAAGGCCACACAGGUGGCUUUACCCGCCUCAUUCUCGGCCAUGCAGCUGAUCUUGCCGACGGCAUCGUGGGUUAAC
(((.((((((((((((((.((...)).))))...........((((((((((....)))))))).)))))))).....)))).))).((((.((..((((...))))..)).))))... ( -44.30)
>DroPse_CAF1 201736 116 + 1
GGUCGCUGGAGGCGGGCA---GGCCGCUGCCGAUGAUGUUCAGGAAGGCCACACAGGUGGCCUUUCCCGCCUCGUUCUCGGCCACACAGCUGAUCUUGCCGACGGCGUCGUGGGUGAGC
........((((((((((---(....)))))...........((((((((((....)))))))))).))))))...((((.((((((.((((.((.....)))))))).)))).)))). ( -55.20)
>DroWil_CAF1 209731 116 + 1
CUUCACUUGUCGCUGGUA---UUCCACUGCCAAUUAUAUUGAGGAAUGCCACACAGGUGGCCUUACCCGCCUCGUUCUCGGCAACGCAGCUUAUCUUACCCACUGCAUCGUGGGUUAGC
..((((((((.(.(((((---((((.(.............).)))))))))))))))))).((.((((((.........(....)((((.............))))...)))))).)). ( -36.54)
>DroMoj_CAF1 165968 119 + 1
AGUUGCUGGAGGCGGGCACUGGGCUGCUGCCAAUGAUAUUCAGGAAGGCCACACAAGUGGCUUUGCCUGCGUCAUUCUCGGCCGUGCAGCUGAUCUUGCCAACGGCAUCGUGCGUUAGC
.(.(((((..((((((...(.((((((.(((((((((...((((((((((((....)))))))).)))).))))))...)))...)))))).).))))))..))))).).......... ( -53.10)
>DroAna_CAF1 168012 116 + 1
CGUCACUCGAAGCAGGCA---GACCACUGCCAACGAUGUUCAGGAAGGCCACGCAGGUGGCCUUUCCGGCUUCGUUCUCGGCCACGCAACUGAUCUUGCCGACGGCGUCGUGGGUCAGC
.(((...((((((.((((---(....)))))...........((((((((((....))))))))))..)))))).....))).......(((((((...((((...)))).))))))). ( -47.30)
>consensus
CGUCACUGGAGGCGGGCA___GACCACUGCCAAUGAUAUUCAGGAAGGCCACACAGGUGGCCUUACCCGCCUCAUUCUCGGCCACGCAGCUGAUCUUGCCGACGGCAUCGUGGGUUAGC
........((((((((((.........))))...........((((((((((....)))))))).))))))))....(((((......))))).((.(((.(((....))).))).)). (-31.52 = -33.05 +   1.53)

alignment

Postscript

secondary structure

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