Locus 7052

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 19,109,564 – 19,109,684
Length 120
Max. P 0.703733
window11435

overview

Window 5

Location 19,109,564 – 19,109,684
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 83.33
Mean single sequence MFE -58.75
Consensus MFE -47.71
Energy contribution -47.22
Covariance contribution -0.49
Combinations/Pair 1.39
Mean z-score -1.72
Structure conservation index 0.81
SVM decision value 0.36
SVM RNA-class probability 0.703733
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 19109564 120 + 23771897
GCAGGGAGCCCGCCGCCGAGCCCACGGGCAUUCCCAUUCCAGAUCCGGCAUAGGGAUGCGGGAUCGGAGGCCGCUGCUUGAUCAGCGCCUGGUUGGCGCCCGUGCGGUCCGGCGCUCCUA
...((((((.....((((..(((((((((.(..(((.(((.(((((.((((....)))).))))))))(((.((((......))))))))))..)..))))))).))..)))))))))). ( -66.40)
>DroVir_CAF1 13852 120 + 1
GCAGAGAGCCCGCCGCCGAGCCAACGGGCAUGCCCAUGCCGGAGCCCGCGUACGGAUGCGGAAUGGGCGGCCUUUGUUUGAUCAGUGCCUGAUUGGCGCCCGUGCGAUCUGGCGCACCGA
((((((.(((.........(((....)))..((((((.(((.(..(((....))).).))).))))))))))))))).......(((((.(((((.((....))))))).)))))..... ( -50.80)
>DroPse_CAF1 12933 120 + 1
GCAGCGAUCCGGCCGCCGAGCCGACGGGCAUGCCCAUCCCGGAUCCGGCGUACGGGUGUGGAAUGGGCGGACGCUGCUUAAUCAGCGCCUGAUUGGCUCCAGUGCGAUCGGGCGCCCCGA
((((((.((((.(((.((...)).))).)..((((((.(((.(((((.....))))).))).))))))))))))))).......(((((((((((((....)).)))))))))))..... ( -66.00)
>DroGri_CAF1 13096 120 + 1
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((((((.(((.((((.((....)))).))..((((((.(((.(.(((.....))).).))).))))))))))))))).......(((((((((((.((....)))))))))))))..... ( -57.10)
>DroAna_CAF1 471 120 + 1
AUAGAGAUCCUGCCGCCGAUCCAACCGGCAUUCCCAUUCCAGAGCCGGCAUAUGGAUGCGGGAUGGGUGGACGUUGCUUAAUCAACGCCUGAUUGGCACCGGUGCGAUCGGGCGCCCCGA
......(((((((.((((.......))))....((((.((......))...))))..)))))))((((....((((......))))(((((((((.((....)))))))))))))))... ( -45.90)
>DroPer_CAF1 9036 120 + 1
GCAGCGAUCCGGCCGCCGAGCCAACGGGCAUGCCCAUCCCGGAUCCGGCGUACGGGUGUGGAAUGGGCGGACGCUGCUUAAUCAGCGCCUGAUUGGCUCCAGUGCGAUCGGGCGCCCCGA
...(((.((((..((((((((((((((((.(((((((.(((.(((((.....))))).))).)))))))...((((......))))))))).)))))))..).)))..)))))))..... ( -66.30)
>consensus
GCAGCGAGCCCGCCGCCGAGCCAACGGGCAUGCCCAUCCCGGAUCCGGCAUACGGAUGCGGAAUGGGCGGACGCUGCUUAAUCAGCGCCUGAUUGGCACCAGUGCGAUCGGGCGCCCCGA
((((((.(((....(((.........)))..((((((.(((.(.(((.....))).).))).))))))))))))))).......(((((((((((((....)).)))))))))))..... (-47.71 = -47.22 +  -0.49)

alignment

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secondary structure

Postscript

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