Locus 7032

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	19,033,983 – 19,034,090
Length	107
Max. P	0.939077

overview

Window 9

Location	19,033,983 – 19,034,090
Length	107
Sequences	6
Columns	117
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	80.17
Mean single sequence MFE	-52.38
Consensus MFE	-29.06
Energy contribution	-29.39
Covariance contribution	0.34
Combinations/Pair	1.29
Mean z-score	-2.89
Structure conservation index	0.55
SVM decision value	1.30
SVM RNA-class probability	0.939077
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 19033983 107 + 23771897
---GCACCAUUUCCACCACGGAAACCGCCUCCGCGGUGGUCGUGGUCGAUGUGGACGAGCUGGUGGUGCUGGCCGGAGACAUGUUGUCCGGGUUAACC----GCCAGGCACAUG---
---((.((((.((.(((((((..(((((....)))))..))))))).)).)))).....((((((((...(.(((((.(.....).))))).)..)))----))))))).....--- ( -53.90)
>DroPse_CAF1 175678 107 + 1
---GCACCACCUCCACCACAGACACCGCCUCCGCGGUGGUUGUGGUCGAUGUGGAUGAGCUGGUGGUGCUGGCCGGCGACAUGUUGUC---GCUGGCC----GACAGAUAGAUGCAG
---((((((((((.(((((((.((((((....)))))).))))))).)).((......)).))))))))(((((((((((.....)))---)))))))----).............. ( -59.00)
>DroEre_CAF1 169016 107 + 1
---GCACCAUCUCCACUACAGAGACUGCCUCCGCAGUGGUCGUGGUCGAUGUGGACGAGCUGGUGGUGCUGGCCGGAGACAUGUUGUCUGGGUUUACC----GCCAGGCACAUG---
---.(((((.(((..(((((..(((..(..((.....))..)..)))..)))))..))).)))))((((((((...((((.....))))((.....))----)))).))))...--- ( -46.20)
>DroMoj_CAF1 192748 110 + 1
---GCACCAGCUCCACCACUGAGACAGCCUCGGCCGUGGUCGUUGUUGAAGUGGAUGAGCUGGUGGUGCUGGCUGGUGACAUGUUGUCAGCAUU-ACCGCAUGCCAGCCCAAUC---
---.(((((((((..(((((..((((((...(((....)))))))))..)))))..))))))))).....((((((((((.....))).((...-...))..))))))).....--- ( -52.20)
>DroAna_CAF1 164733 110 + 1
CUCGUACAACUUCUACGACAGAAACCGCCUCCGCUGUGGUCGUGGUCGAGGUGGAUGAGCUGGUGGUGCUGGCCGGGGACAUGUUGUCCGGAUUCACG----GCCAGGGCAAUG---
.(((((.......)))))(((...(((((((.((..(....)..)).))))))).....)))...((.(((((((.((((.....))))(....).))----))))).))....--- ( -44.00)
>DroPer_CAF1 176892 107 + 1
---GCACCACCUCCACCACAGACACCGCCUCCGCGGUGGUUGUGGUCGAUGUGGAUGAGCUGGUGGUGCUGGCCGGCGACAUGUUGUC---GCUGGCC----GACAGGUAGAUGCAG
---((((((((((.(((((((.((((((....)))))).))))))).)).((......)).))))))))(((((((((((.....)))---)))))))----).............. ( -59.00)
>consensus
___GCACCACCUCCACCACAGAAACCGCCUCCGCGGUGGUCGUGGUCGAUGUGGAUGAGCUGGUGGUGCUGGCCGGAGACAUGUUGUC_GGGUUGACC____GCCAGGCAAAUG___
....(((((.(((..(((((...(((((..((.....))..)))))...)))))..))).)))))...(((((.((((((.....)))).......))....))))).......... (-29.06 = -29.39 +   0.34)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	19,033,983 – 19,034,090
Length	107
Sequences	6
Columns	117
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	80.17
Mean single sequence MFE	-46.20
Consensus MFE	-23.97
Energy contribution	-25.42
Covariance contribution	1.45
Combinations/Pair	1.26
Mean z-score	-2.74
Structure conservation index	0.52
SVM decision value	0.98
SVM RNA-class probability	0.894801
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 19033983 107 - 23771897
---CAUGUGCCUGGC----GGUUAACCCGGACAACAUGUCUCCGGCCAGCACCACCAGCUCGUCCACAUCGACCACGACCACCGCGGAGGCGGUUUCCGUGGUGGAAAUGGUGC---
---...((((.((((----((....))((((.........))))))))))))(((((....(((......))).....(((((((((((.....)))))))))))...))))).--- ( -44.00)
>DroPse_CAF1 175678 107 - 1
CUGCAUCUAUCUGUC----GGCCAGC---GACAACAUGUCGCCGGCCAGCACCACCAGCUCAUCCACAUCGACCACAACCACCGCGGAGGCGGUGUCUGUGGUGGAGGUGGUGC---
...............----((((.((---(((.....))))).)))).((((((((.(........).((.((((((..((((((....))))))..)))))).))))))))))--- ( -56.30)
>DroEre_CAF1 169016 107 - 1
---CAUGUGCCUGGC----GGUAAACCCAGACAACAUGUCUCCGGCCAGCACCACCAGCUCGUCCACAUCGACCACGACCACUGCGGAGGCAGUCUCUGUAGUGGAGAUGGUGC---
---...((((.((((----((....)).((((.....))))...))))))))(((((.((((((......)))......((((((((((.....))))))))))))).))))).--- ( -43.40)
>DroMoj_CAF1 192748 110 - 1
---GAUUGGGCUGGCAUGCGGU-AAUGCUGACAACAUGUCACCAGCCAGCACCACCAGCUCAUCCACUUCAACAACGACCACGGCCGAGGCUGUCUCAGUGGUGGAGCUGGUGC---
---....((((((((..(((..-..)))((((.....))))...)))))).))((((((((..(((((((......))..(((((....)))))...)))))..))))))))..--- ( -47.60)
>DroAna_CAF1 164733 110 - 1
---CAUUGCCCUGGC----CGUGAAUCCGGACAACAUGUCCCCGGCCAGCACCACCAGCUCAUCCACCUCGACCACGACCACAGCGGAGGCGGUUUCUGUCGUAGAAGUUGUACGAG
---.......(((((----((.(.....((((.....))))))))))))..................((((((.((..(.((.((((((.....)))))).)).)..)).)).)))) ( -29.60)
>DroPer_CAF1 176892 107 - 1
CUGCAUCUACCUGUC----GGCCAGC---GACAACAUGUCGCCGGCCAGCACCACCAGCUCAUCCACAUCGACCACAACCACCGCGGAGGCGGUGUCUGUGGUGGAGGUGGUGC---
...............----((((.((---(((.....))))).)))).((((((((.(........).((.((((((..((((((....))))))..)))))).))))))))))--- ( -56.30)
>consensus
___CAUCUGCCUGGC____GGUCAACCC_GACAACAUGUCGCCGGCCAGCACCACCAGCUCAUCCACAUCGACCACGACCACCGCGGAGGCGGUCUCUGUGGUGGAGGUGGUGC___
...................(((......((((.....))))...))).((((((..............(((....)))(((((((((((.....)))))))))))...))))))... (-23.97 = -25.42 +   1.45)

alignment

secondary structure

dotplot

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