Locus 7020

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 18,984,526 – 18,984,651
Length 125
Max. P 0.979533
window11385 window11386

overview

Window 5

Location 18,984,526 – 18,984,622
Length 96
Sequences 6
Columns 113
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.43
Mean single sequence MFE -24.22
Consensus MFE -12.05
Energy contribution -11.94
Covariance contribution -0.11
Combinations/Pair 1.21
Mean z-score -2.41
Structure conservation index 0.50
SVM decision value 0.33
SVM RNA-class probability 0.691368
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 18984526 96 + 23771897
-GAC--AGGG--CUCUCUAUCACUCGUAGCCAUCAAUGUUUUU--AUGUUAUGU-UAUGCCAUGUGCUAUUACUUUAGCAUUGGCGAACA--CCCUA---CA---AAACGUG-
-((.--..((--((..(........).)))).)).((((((..--.(((..(((-(.(((((.((((((......)))))))))))))))--....)---))---)))))).- ( -23.70)
>DroVir_CAF1 132899 100 + 1
CAACUCA-GU--CUCUUUAUCAUUCGCAGCCAUCAAUGUUUU---GUGUUAUGU-UAUGGCAUGUGCUAUUACUUUAGCAUUGGC-AACG--CCCCA---CAUAUAAACAUGG
.......-..--.......................((((((.---....(((((-...(((..((((((......)))))).(..-..))--))..)---)))).)))))).. ( -18.30)
>DroGri_CAF1 120054 102 + 1
UAGCUCGCGU--CUCUCUAUCAUUUGCAGCCAUCAAUGUUUUU--AUGUUCUGU-UAUGCCAUGUGCUAUUACUUUAGCAUUGGC-AACG--CCCCA---CAUAUAAACAUGG
..(((.(((.--............)))))).....((((((.(--((((...((-..(((((.((((((......))))))))))-)..)--)...)---)))).)))))).. ( -26.92)
>DroWil_CAF1 152559 104 + 1
-CGUUUAGAG--CUCUCUAUCAUUUGCAGGCAUCAAUGUUUUUAUAUGUUAUGUUUAUGCCAUGUGCUAUUACUUUAGCAUUGGCAAACA--CCCUCAAUCU---GAAUCUA-
-.((((((((--(............))((((((.(((((......))))))))))).(((((.((((((......)))))))))))....--.......)))---))))...- ( -23.10)
>DroMoj_CAF1 136140 105 + 1
CAACUGA-GUUGCUCUUUAUCAUUCGCAGCCAUCAAUGUUUUUAUAUGUUCUGU-UAUGCCAUGUGCUAUUACUUUAGCAUUGGC-AACG--CCCCA---CAUAUAAACAUAG
....((.-(((((............)))))))....(((.(((((((((...((-..(((((.((((((......))))))))))-)..)--)...)---)))))))).))). ( -27.40)
>DroAna_CAF1 116043 100 + 1
-GGCUCAGGG--CUCUCUAUCAUUUGCAGCCAUCAAUGUUUUU--AUGUUAUGU-UAUGCCAUGUGCUAUUACUUUAGCAUUGGCGAACACACUCUA---UA---UAACAUG-
-((((((((.--..........)))).))))...........(--(((((((((-...((((.((((((......))))))))))((......)).)---))---)))))))- ( -25.90)
>consensus
_AACUCAGGG__CUCUCUAUCAUUCGCAGCCAUCAAUGUUUUU__AUGUUAUGU_UAUGCCAUGUGCUAUUACUUUAGCAUUGGC_AACA__CCCCA___CA___AAACAUG_
...................................((((((..........(((....((((.((((((......))))))))))..)))...............)))))).. (-12.05 = -11.94 +  -0.11)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 6

Location 18,984,556 – 18,984,651
Length 95
Sequences 6
Columns 109
Reading direction forward
Mean pairwise identity 78.50
Mean single sequence MFE -23.32
Consensus MFE -13.87
Energy contribution -13.71
Covariance contribution -0.16
Combinations/Pair 1.25
Mean z-score -2.82
Structure conservation index 0.59
SVM decision value 1.84
SVM RNA-class probability 0.979533
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 18984556 95 + 23771897
AUGUUUUU--AUGUUAUGU-UAUGCCAUGUGCUAUUACUUUAGCAUUGGCGAACA--CCCUA---CA---AAACGUG-CAGGGCAACCC--AACUUCGCCUAGAACCCC
((((((..--.(((..(((-(.(((((.((((((......)))))))))))))))--....)---))---)))))).-..((((.....--......))))........ ( -23.30)
>DroGri_CAF1 120087 93 + 1
AUGUUUUU--AUGUUCUGU-UAUGCCAUGUGCUAUUACUUUAGCAUUGGC-AACG--CCCCA---CAUAUAAACAUGGCACAUUACCCC--CUCUUUGCU-----GCCC
((((((.(--((((...((-..(((((.((((((......))))))))))-)..)--)...)---)))).))))))((((((.......--.....)).)-----))). ( -27.20)
>DroSec_CAF1 118529 95 + 1
AUGUUUUU--AUGUUAUGU-UAUGCCAUGUGCUAUUACUUUAGCAUUGGCGAACA--CCCUA---CA---AAACGUG-CAGGGCAACCC--AACUUCGCCUAGAACCCC
((((((..--.(((..(((-(.(((((.((((((......)))))))))))))))--....)---))---)))))).-..((((.....--......))))........ ( -23.30)
>DroSim_CAF1 123305 95 + 1
AUGUUUUU--AUGUUAUGU-UAUGCCAUGUGCUAUUACUUUAGCAUUGGCGAACA--CCCUA---CA---AAACGUG-CAGGGCAACCC--AACUUCGCCUAGAACCCC
((((((..--.(((..(((-(.(((((.((((((......)))))))))))))))--....)---))---)))))).-..((((.....--......))))........ ( -23.30)
>DroWil_CAF1 152591 101 + 1
AUGUUUUUAUAUGUUAUGUUUAUGCCAUGUGCUAUUACUUUAGCAUUGGCAAACA--CCCUCAAUCU---GAAUCUA-CAGCACCCCCCCCCCCCCCGCCUA--ACCCC
............((((.((...(((((.((((((......)))))))))))....--........((---(......-)))................)).))--))... ( -16.60)
>DroAna_CAF1 116075 89 + 1
AUGUUUUU--AUGUUAUGU-UAUGCCAUGUGCUAUUACUUUAGCAUUGGCGAACACACUCUA---UA---UAACAUG-CAUGGUG----------UGGCAUGGCUCCCC
........--..(((((((-((((((((((((((......))))..((.....)).......---..---......)-)))))))----------)))))))))..... ( -26.20)
>consensus
AUGUUUUU__AUGUUAUGU_UAUGCCAUGUGCUAUUACUUUAGCAUUGGCGAACA__CCCUA___CA___AAACGUG_CAGGGCAACCC__AACUUCGCCUAGAACCCC
((((((..........(((...(((((.((((((......))))))))))).)))...............))))))................................. (-13.87 = -13.71 +  -0.16)

alignment

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