Locus 702

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 2,109,591 – 2,109,727
Length 136
Max. P 0.856877
window1073 window1074

overview

Window 3

Location 2,109,591 – 2,109,705
Length 114
Sequences 6
Columns 114
Reading direction forward
Mean pairwise identity 78.08
Mean single sequence MFE -47.50
Consensus MFE -26.57
Energy contribution -27.35
Covariance contribution 0.78
Combinations/Pair 1.24
Mean z-score -2.06
Structure conservation index 0.56
SVM decision value 0.81
SVM RNA-class probability 0.856877
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 2109591 114 + 23771897
GCCACGUGCAUCGGAGCUCCAGCAACAGCAUUGUAGUACAUGGUCGGACGGGAUGUGGCCUGUGGCUGUUUCUGCUGUUGUUGUUGGGUUGCCGCUAUAAACUUGGCCGCCACA
((((.((....((((((.((((((((((((..((((...((((((..(((((......)))))))))))..))))))))))))))))))).)))......)).))))....... ( -44.30)
>DroVir_CAF1 181847 108 + 1
GCCAUGUGCAUGGGCGCACCUGCUACCGCAUUGUAGUACAUGGUUGGGCGUGAGCUGGGCAGCGGCUG------CUGCUGUUGCUGUGUGGCGGCUAUAAACUUGGCCGCCACA
(((((((((..((.....))(((....))).....)))))))))..(((....))).(((((((((..------..))))))))).(((((((((((......))))))))))) ( -57.50)
>DroGri_CAF1 156821 108 + 1
GCCGUAUGCAUUGGGGCACCAGCUACGGCAUUGUAAUACAUGGUUGGACGUGAUGUGGGCAGCGGUUG------CUGUUGUUGUUGGGUUGCUGCUAUGAACUUGGCUGCCACC
((((((.((..(((....))))))))))).........((((......))))..(((((((((....)------))))....((..((((.(......)))))..))..)))). ( -36.30)
>DroWil_CAF1 204009 108 + 1
GCGGUGUGCAUGGGAGCUCCAGCUACCGCAUUAUAGUACAUGGUAGGACGGGAAGUUGCCUGCGGCUG------UUGCUGUUGCUGGGUGGCCGCUAUAAACUUGGCUGCCACG
((((((.((.(((.....)))))))))))...(((((((((.(((((.(((....)))))))).).))------.))))))......(((((.((((......)))).))))). ( -41.50)
>DroMoj_CAF1 160973 108 + 1
GCCAUGUGCAUUGGCGCCCCUGCAACGGCAUUGUAGUACAUGGUCGGCCUCGAGCUGGGCAGCGGCUG------CUGCUGCUGCUGCGUGGCGGCUAUGAAUUUGGCUGCCACC
(((((((((......(((........)))......)))))))))((((.....))))(((((((((..------..)))))))))..((((((((((......)))))))))). ( -54.20)
>DroAna_CAF1 162878 114 + 1
GCCAGGUGCAUCGGAGCUCCAGCAACAGCAUUGUAGUACAUGGUCGGACGGGCGGUGGCCUGUGGAGCCUGCUGGUUUUGUUGUUGGGUGGCUGCGAUAAACUUGGCGGCCACG
(((((((..((((.((((((((((((((..(..(((..(((.(((.....))).)))..)))..)((((....))))))))))))))..)))).))))..)))))))....... ( -51.20)
>consensus
GCCAUGUGCAUCGGAGCUCCAGCAACAGCAUUGUAGUACAUGGUCGGACGGGAGGUGGCCAGCGGCUG______CUGCUGUUGCUGGGUGGCCGCUAUAAACUUGGCUGCCACA
(((((((((...((....)).((....))......)))))))))..............((.(((((.............))))).))(((((.((((......)))).))))). (-26.57 = -27.35 +   0.78) 

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 4

Location 2,109,631 – 2,109,727
Length 96
Sequences 6
Columns 96
Reading direction forward
Mean pairwise identity 79.50
Mean single sequence MFE -38.93
Consensus MFE -19.75
Energy contribution -19.07
Covariance contribution -0.69
Combinations/Pair 1.52
Mean z-score -2.04
Structure conservation index 0.51
SVM decision value 0.08
SVM RNA-class probability 0.571521
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 2109631 96 + 23771897
UGGUCGGACGGGAUGUGGCCUGUGGCUGUUUCUGCUGUUGUUGUUGGGUUGCCGCUAUAAACUUGGCCGCCACAGGUUUUGGUUUAAACACGGGCU
.(.(((....((((..((((((((((.((....)).......((..((((.........))))..)).))))))))))...)))).....))).). ( -28.60)
>DroVir_CAF1 181887 90 + 1
UGGUUGGGCGUGAGCUGGGCAGCGGCUG------CUGCUGUUGCUGUGUGGCGGCUAUAAACUUGGCCGCCACAGGCUUCGGCUUGAAGACAUGUU
((.(..(((..(((((.(((((((((..------..))))))))).(((((((((((......))))))))))))))))..)))..)...)).... ( -48.20)
>DroSec_CAF1 160987 96 + 1
UGGUCGGACGGGAUGUGGCUUGUGGCUGCUUCUGCUGUUGUUGUUGGGUUGCCGCUAUAAACUUGGCAGCCACAGGUUUCGGCUUAAAGACGGGCU
.((((((((((((.(..((.....))..))))))((((.(((((..((((.........))))..))))).))))..)))))))............ ( -33.80)
>DroEre_CAF1 165591 96 + 1
UGGUCGGACGGGCUGUGGCCUGUGGCUGCUUCUGCUGCUGUUGUUGGGUGGCCGCAAUGAACUUGGCCGCCACAGGUUUUGGCUUGAAGACUGGCU
.((((((.(((((((..(((((((((.((....)).))).......((((((((.........))))))))))))))..)))))))....)))))) ( -42.00)
>DroWil_CAF1 204049 90 + 1
UGGUAGGACGGGAAGUUGCCUGCGGCUG------UUGCUGUUGCUGGGUGGCCGCUAUAAACUUGGCUGCCACGGGCUUAGGCUUGAAGACCUGCU
.((((((.((((.....(((((((((..------..)))))......(((((.((((......)))).))))))))).....))))....)))))) ( -35.50)
>DroAna_CAF1 162918 96 + 1
UGGUCGGACGGGCGGUGGCCUGUGGAGCCUGCUGGUUUUGUUGUUGGGUGGCUGCGAUAAACUUGGCGGCCACGGGCUUCGGCUUGAACACCGGCU
.((((((((((((....))))))((((((....))))))..((((..((((((((.(......).))))))))((((....)))).)))))))))) ( -45.50)
>consensus
UGGUCGGACGGGAUGUGGCCUGUGGCUGCUUCUGCUGCUGUUGUUGGGUGGCCGCUAUAAACUUGGCCGCCACAGGCUUCGGCUUGAAGACCGGCU
.((((.(.((((....((((((((((.((....)).))))......((((((((.........)))))))).))))))....))))....).)))) (-19.75 = -19.07 +  -0.69) 

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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