Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 2,109,591 – 2,109,727 |
Length | 136 |
Max. P | 0.856877 |
Location | 2,109,591 – 2,109,705 |
---|---|
Length | 114 |
Sequences | 6 |
Columns | 114 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 78.08 |
Mean single sequence MFE | -47.50 |
Consensus MFE | -26.57 |
Energy contribution | -27.35 |
Covariance contribution | 0.78 |
Combinations/Pair | 1.24 |
Mean z-score | -2.06 |
Structure conservation index | 0.56 |
SVM decision value | 0.81 |
SVM RNA-class probability | 0.856877 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 2109591 114 + 23771897 GCCACGUGCAUCGGAGCUCCAGCAACAGCAUUGUAGUACAUGGUCGGACGGGAUGUGGCCUGUGGCUGUUUCUGCUGUUGUUGUUGGGUUGCCGCUAUAAACUUGGCCGCCACA ((((.((....((((((.((((((((((((..((((...((((((..(((((......)))))))))))..))))))))))))))))))).)))......)).))))....... ( -44.30) >DroVir_CAF1 181847 108 + 1 GCCAUGUGCAUGGGCGCACCUGCUACCGCAUUGUAGUACAUGGUUGGGCGUGAGCUGGGCAGCGGCUG------CUGCUGUUGCUGUGUGGCGGCUAUAAACUUGGCCGCCACA (((((((((..((.....))(((....))).....)))))))))..(((....))).(((((((((..------..))))))))).(((((((((((......))))))))))) ( -57.50) >DroGri_CAF1 156821 108 + 1 GCCGUAUGCAUUGGGGCACCAGCUACGGCAUUGUAAUACAUGGUUGGACGUGAUGUGGGCAGCGGUUG------CUGUUGUUGUUGGGUUGCUGCUAUGAACUUGGCUGCCACC ((((((.((..(((....))))))))))).........((((......))))..(((((((((....)------))))....((..((((.(......)))))..))..)))). ( -36.30) >DroWil_CAF1 204009 108 + 1 GCGGUGUGCAUGGGAGCUCCAGCUACCGCAUUAUAGUACAUGGUAGGACGGGAAGUUGCCUGCGGCUG------UUGCUGUUGCUGGGUGGCCGCUAUAAACUUGGCUGCCACG ((((((.((.(((.....)))))))))))...(((((((((.(((((.(((....)))))))).).))------.))))))......(((((.((((......)))).))))). ( -41.50) >DroMoj_CAF1 160973 108 + 1 GCCAUGUGCAUUGGCGCCCCUGCAACGGCAUUGUAGUACAUGGUCGGCCUCGAGCUGGGCAGCGGCUG------CUGCUGCUGCUGCGUGGCGGCUAUGAAUUUGGCUGCCACC (((((((((......(((........)))......)))))))))((((.....))))(((((((((..------..)))))))))..((((((((((......)))))))))). ( -54.20) >DroAna_CAF1 162878 114 + 1 GCCAGGUGCAUCGGAGCUCCAGCAACAGCAUUGUAGUACAUGGUCGGACGGGCGGUGGCCUGUGGAGCCUGCUGGUUUUGUUGUUGGGUGGCUGCGAUAAACUUGGCGGCCACG (((((((..((((.((((((((((((((..(..(((..(((.(((.....))).)))..)))..)((((....))))))))))))))..)))).))))..)))))))....... ( -51.20) >consensus GCCAUGUGCAUCGGAGCUCCAGCAACAGCAUUGUAGUACAUGGUCGGACGGGAGGUGGCCAGCGGCUG______CUGCUGUUGCUGGGUGGCCGCUAUAAACUUGGCUGCCACA (((((((((...((....)).((....))......)))))))))..............((.(((((.............))))).))(((((.((((......)))).))))). (-26.57 = -27.35 + 0.78)
Location | 2,109,631 – 2,109,727 |
---|---|
Length | 96 |
Sequences | 6 |
Columns | 96 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 79.50 |
Mean single sequence MFE | -38.93 |
Consensus MFE | -19.75 |
Energy contribution | -19.07 |
Covariance contribution | -0.69 |
Combinations/Pair | 1.52 |
Mean z-score | -2.04 |
Structure conservation index | 0.51 |
SVM decision value | 0.08 |
SVM RNA-class probability | 0.571521 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 2109631 96 + 23771897 UGGUCGGACGGGAUGUGGCCUGUGGCUGUUUCUGCUGUUGUUGUUGGGUUGCCGCUAUAAACUUGGCCGCCACAGGUUUUGGUUUAAACACGGGCU .(.(((....((((..((((((((((.((....)).......((..((((.........))))..)).))))))))))...)))).....))).). ( -28.60) >DroVir_CAF1 181887 90 + 1 UGGUUGGGCGUGAGCUGGGCAGCGGCUG------CUGCUGUUGCUGUGUGGCGGCUAUAAACUUGGCCGCCACAGGCUUCGGCUUGAAGACAUGUU ((.(..(((..(((((.(((((((((..------..))))))))).(((((((((((......))))))))))))))))..)))..)...)).... ( -48.20) >DroSec_CAF1 160987 96 + 1 UGGUCGGACGGGAUGUGGCUUGUGGCUGCUUCUGCUGUUGUUGUUGGGUUGCCGCUAUAAACUUGGCAGCCACAGGUUUCGGCUUAAAGACGGGCU .((((((((((((.(..((.....))..))))))((((.(((((..((((.........))))..))))).))))..)))))))............ ( -33.80) >DroEre_CAF1 165591 96 + 1 UGGUCGGACGGGCUGUGGCCUGUGGCUGCUUCUGCUGCUGUUGUUGGGUGGCCGCAAUGAACUUGGCCGCCACAGGUUUUGGCUUGAAGACUGGCU .((((((.(((((((..(((((((((.((....)).))).......((((((((.........))))))))))))))..)))))))....)))))) ( -42.00) >DroWil_CAF1 204049 90 + 1 UGGUAGGACGGGAAGUUGCCUGCGGCUG------UUGCUGUUGCUGGGUGGCCGCUAUAAACUUGGCUGCCACGGGCUUAGGCUUGAAGACCUGCU .((((((.((((.....(((((((((..------..)))))......(((((.((((......)))).))))))))).....))))....)))))) ( -35.50) >DroAna_CAF1 162918 96 + 1 UGGUCGGACGGGCGGUGGCCUGUGGAGCCUGCUGGUUUUGUUGUUGGGUGGCUGCGAUAAACUUGGCGGCCACGGGCUUCGGCUUGAACACCGGCU .((((((((((((....))))))((((((....))))))..((((..((((((((.(......).))))))))((((....)))).)))))))))) ( -45.50) >consensus UGGUCGGACGGGAUGUGGCCUGUGGCUGCUUCUGCUGCUGUUGUUGGGUGGCCGCUAUAAACUUGGCCGCCACAGGCUUCGGCUUGAAGACCGGCU .((((.(.((((....((((((((((.((....)).))))......((((((((.........)))))))).))))))....))))....).)))) (-19.75 = -19.07 + -0.69)
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