Locus 7016

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 18,973,053 – 18,973,165
Length 112
Max. P 0.584498
window11378

overview

Window 8

Location 18,973,053 – 18,973,165
Length 112
Sequences 6
Columns 118
Reading direction forward
Mean pairwise identity 81.21
Mean single sequence MFE -44.30
Consensus MFE -30.98
Energy contribution -30.40
Covariance contribution -0.58
Combinations/Pair 1.25
Mean z-score -1.36
Structure conservation index 0.70
SVM decision value 0.10
SVM RNA-class probability 0.584498
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 18973053 112 + 23771897
CGCUGUUGCUGUCAUCGUCCUCGUCAUCGGACUUAAUCAGUUUGCGUGGUCGAUAGCGAUGCUGGCGGCGGUUGCCGGCGGAUGUCGUUAGCGCCGAC------GCUCCGCCGGAUCC
.((((((((((.((((((..(((((((((((((.....)))))).)))).)))..)))))).))))))))))..(((((((((((((.......))))------).)))))))).... ( -54.00)
>DroVir_CAF1 121521 106 + 1
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>DroPse_CAF1 114242 107 + 1
CGCUGUUGCUGUCAUCGUCCUCGUCGUCGGACUUAAUCAGUUUGCGCGGUCGAUACCGAUGCUGGCGGCGUGUGCCGGCGGAUGUCGUUAGCGCUCCA------CCGCCGCCG-----
.((....)).(.(((((...(((((((((((((.....)))))).)))).)))...)))))).(((((((.((((..(((.....)))..))))....------.))))))).----- ( -42.30)
>DroGri_CAF1 108076 106 + 1
CACUGUUGCUGUCAUCGUCCUCGUCAUCGGAUUUAAUCAGUUUGCGUGGUCGAUGCCGAUGCUGGCGGCGUGCACCGCCGGAUGUCGUUAGCGCCAUGCCAUUCAC------------
.......((((.....((((........)))).....))))..((((((.((.((.((((((((((((......))))))).))))).)).)))))))).......------------ ( -36.30)
>DroWil_CAF1 138548 112 + 1
CGCUAUUGCUGUCAUCGUCCUCGUCAUCGGACUUAAUCAGUUUGCGUGGUCGAUAGCGAUGCUGACGGCGUGCGCCGGCGGAUGUCGUUAGGGCACCA------GCUCCGCCAACUCC
.(((..((((..((((((..(((((((((((((.....)))))).)))).)))..))))))((((((((((.((....)).))))))))))))))..)------))............ ( -42.80)
>DroMoj_CAF1 123124 118 + 1
CGCUAUUGCUGUCAUCGUCCUCGUCAUCGGACUUAAUCAGUUUGCGUGGUCGAUGACGAUGCUGGCGGCGUGCGCCGCCGGAUGUCGUUAGUGCCACGCCAUUCGCUCCUGCCGCUCC
.((....((((.....((((........)))).....))))..(((((((...((((((((((((((((....)))))))).))))))))..))))))).....((....)).))... ( -49.60)
>consensus
CGCUGUUGCUGUCAUCGUCCUCGUCAUCGGACUUAAUCAGUUUGCGUGGUCGAUACCGAUGCUGGCGGCGUGCGCCGCCGGAUGUCGUUAGCGCCACG______GCUCCGCC______
(((....((((.....((((........)))).....))))....)))((((....))))(((((((((((.((....)).))))))))))).......................... (-30.98 = -30.40 +  -0.58)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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