Locus 7015

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 18,971,973 – 18,972,065
Length 92
Max. P 0.590688
window11377

overview

Window 7

Location 18,971,973 – 18,972,065
Length 92
Sequences 6
Columns 92
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 91.01
Mean single sequence MFE -43.28
Consensus MFE -37.86
Energy contribution -38.28
Covariance contribution 0.42
Combinations/Pair 1.20
Mean z-score -1.39
Structure conservation index 0.87
SVM decision value 0.11
SVM RNA-class probability 0.590688
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 18971973 92 - 23771897
GUCGCUGAACCACAAGAGCGCGUCGGGGUCACCACCGCUGGGCGUGGGGGGUGGUGGCGACAUGAUGCUCGAUGGGGUGCAGCUGCGUCAGC
((.((((.(((.((.((((((((.(..(((((((((.((.......)).)))))))))..)))).)))))..)).))).)))).))...... ( -42.40)
>DroSec_CAF1 106373 92 - 1
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((.((((.(((.(....(.((((((..(((.(((((((((........))))))))).))).)))))).)....)))).)))).))...... ( -43.10)
>DroSim_CAF1 110474 92 - 1
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((.((((.(((....((((((((.(..((((((((((((.......))))))))))))..)))).))))).....))).)))).))...... ( -44.00)
>DroEre_CAF1 107269 92 - 1
GCCGCUGAACCACAAGAGCGCGUCGGGGUCACCACCGCUGGGGGUGGGCGGUGGUGGCGACAUGAUGCUCGAUGGGGUGCAGCUGCGCCAGC
((.((((.(((.((.((((((((.(..((((((((((((.......))))))))))))..)))).)))))..)).))).)))).))...... ( -48.10)
>DroYak_CAF1 122539 92 - 1
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((.((((.(((.((.((((((((.(..((((((((((((......))).)))))))))..)))).)))))..)).))).)))).))...... ( -43.00)
>DroAna_CAF1 104273 89 - 1
GUCGCUGAACCACAAGAGUGCCUCGGUGUCACCACCGCUU---GUUGGCGGGGGUGGUGAGGUGAUGCUCGAUGGUGUGCAAUUGCGUCAGC
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>consensus
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((.((((.(((....((((((((.(..((((((((((((.......))))))))))))..)))).))))).....))).)))).))...... (-37.86 = -38.28 +   0.42)

alignment

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Postscript

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