Locus 6993

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 18,869,640 – 18,869,752
Length 112
Max. P 0.630997
window11351

overview

Window 1

Location 18,869,640 – 18,869,752
Length 112
Sequences 6
Columns 112
Reading direction forward
Mean pairwise identity 83.12
Mean single sequence MFE -41.32
Consensus MFE -27.56
Energy contribution -27.62
Covariance contribution 0.06
Combinations/Pair 1.42
Mean z-score -2.13
Structure conservation index 0.67
SVM decision value 0.20
SVM RNA-class probability 0.630997
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 18869640 112 + 23771897
GCAUUUGCUGGUGGCGCAGGCGCAUUUCCAGCGUUUAGAUCACUCAAGCGCUUGUGCAGCACUUGGUAGAGAUUUACGUUGUAGGUGGUUUGAACGUAAGUAAUGGCCAUUU
((....(((((..(((....)))....)))))((((((((((((((((.(((.....))).))))((((....))))......))))))))))))..........))..... ( -36.60)
>DroPse_CAF1 9829 109 + 1
GGA---GCUGGCGGUGCCGGGGCAUUGCUAGCGUUCAGGUCGCUCAAACGUUUGUGCAGCAACUGGUAGAGAUUAACGUUGUACGUAGUCUGUACAUAGGUGAUGGCCAUUU
(((---(((((((((((....))))))))))).))).((((((.(((....))).))..((.((((((.((((((.((.....)))))))).))).))).))..)))).... ( -43.10)
>DroSim_CAF1 5364 112 + 1
GCAUUUGCUGGUGGUGCCGGCGCGUUGCCAGCGUUUAGAUCGCUCAAACGCUUGUGCAGCACUUGGUAAAGAUUUACGUUGUAGGUGGUCUGAACGUAAGUAAUGGCCAUUU
((....(((((.....))))).((((((..((((((((((((((..((((((.....))).....((((....)))))))...))))))))))))))..))))))))..... ( -41.00)
>DroEre_CAF1 2666 112 + 1
GCAUUUGCUGGCGGCGCGGGCGCGUUGCCAGCGUUUAGAUCACUUAAGCGCUUGUGCAGCACCUGGUAGAGAUUUACGUUGUAGGUGGUCUGCACGUAAGUGAUGGCCAUUU
((....(((((((((((....)))))))))))......((((((((......(((((((((((((((((....))))....))))))..))))))))))))))).))..... ( -47.10)
>DroAna_CAF1 3319 112 + 1
GCAUUUCCCAGCGGGGCAGGUGCAUUUCCGGCAGUUAGAUCGCUCAGGCGCUUGUGCAAUACCUGGUAGAGAUUUACGUUGUAGGUGGUCUGCACAUAGGUGAUGGCCAUCU
(((((((((....))).)))))).....((((.((.(((((.((((((.((....))....))))..)).))))))))))).((((((((..(((....)))..)))))))) ( -35.40)
>DroPer_CAF1 10691 109 + 1
GGA---GCUGGCGGUGCCGGGGCAUUGCUAGCGUUCAGGUCGCUCAAACGUUUGUGCAGCAACUGGUAGAGAUUAACGUUGUACGUAGUCUGUACAUACGUGAUGGCCAUUU
(((---(((((((((((....))))))))))).))).(((((.((..((((.(((((((..(((((((.((.......)).))).))))))))))).))))))))))).... ( -44.70)
>consensus
GCAUUUGCUGGCGGUGCCGGCGCAUUGCCAGCGUUUAGAUCGCUCAAACGCUUGUGCAGCACCUGGUAGAGAUUUACGUUGUAGGUGGUCUGAACAUAAGUGAUGGCCAUUU
......(((((((((((....)))))))))))((.(((((((((..(((((....))........((((....)))))))...))))))))).))................. (-27.56 = -27.62 +   0.06)

alignment

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secondary structure

Postscript

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