| Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 18,863,143 – 18,863,256 |
| Length | 113 |
| Max. P | 0.713198 |
| Location | 18,863,143 – 18,863,256 |
|---|---|
| Length | 113 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 117 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 81.55 |
| Mean single sequence MFE | -34.30 |
| Consensus MFE | -22.35 |
| Energy contribution | -23.38 |
| Covariance contribution | 1.03 |
| Combinations/Pair | 1.16 |
| Mean z-score | -1.92 |
| Structure conservation index | 0.65 |
| SVM decision value | 0.38 |
| SVM RNA-class probability | 0.713198 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 18863143 113 + 23771897 -AACUCCGUGUACAGUAC-CAUUAACACUAUGAUCUAUUUA--GAUCCAAAGGGUAUACUCACCAGUCUCCUUCAUCAUUUUCUCAUCGUCGGUGAGAAAGGUGAGGGGUGGGGGGA -..((((((((((.((..-.....)).((..(((((....)--))))...)).))))))...(((...(((((((((..((((((((.....)))))))))))))))))))))))). ( -37.70) >DroSec_CAF1 28144 113 + 1 -AACUGGAUGUACAGUAC-CAUUAACACUAUGAUCUAUUUG--GAUCCAAAGGGGAUACUCACCAGUCUCCUUCAUCAUUUUCUCAUCGUCGGUGAGGAAGGUGAGGGGUGGGGGGA -.((((......)))).(-(............((((.((((--....))))..)))).((((((..((.(((((.(((((..(.....)..))))).))))).))..)))))))).. ( -35.70) >DroSim_CAF1 28669 113 + 1 -AACUGGAUGUACAGUAC-CAUUAACACUAUGAUCUAUUUG--GAUCCAAAGGGGAUACUCACCAGUCUCCUUCAUCAUUUUCUCAUCGUCGGUGAGGAAGGUGAGGGGUGGGGGGA -.((((......)))).(-(............((((.((((--....))))..)))).((((((..((.(((((.(((((..(.....)..))))).))))).))..)))))))).. ( -35.70) >DroEre_CAF1 28698 111 + 1 -AACUGGACUUACAGUAC-CA-CUAUACUAUGAUCUAUGUA--GAUCCAA-GGGGAUACUCACCAGUCUCCUUCAUCAUUUUCUCGUCAUCAGUGAGGAAGGUGAGGGGUGGGGGGA -.((((......)))).(-(.-((...((..(((((....)--))))..)-).))...((((((..((.(((((.(((((...........))))).))))).))..)))))))).. ( -33.90) >DroYak_CAF1 29356 111 + 1 -AACUGGACUCACAGUUC-CAUCAAUACUAUUAUCUAUGUA--GAUUUAA-G-GGAUACUCACCAGUCUCCUUCAUCAUUUUCUCAUCAUCUGUUAGGAAGGUGAGGGGUGGGGGGA -.(((((.......((((-(...(((.((((.......)))--))))...-)-)))).....))))).(((((((((....(((((((.(((....))).)))))))))))))))). ( -30.10) >DroMoj_CAF1 27415 111 + 1 AGGC-UAUAGUCUA-UAUUCAUAUAUGCUAUACUCUACUGAUCUAGCCAAAG----GACUCACCUGUCUCCUUCAUCAUUUUCUCAUCGUCGGUGAGGAAUGUUAGUGCAGGUGGGA .(((-((((((.((-((....)))).))))...((....))..)))))....----..(((((((((...((....(((((.(((((.....))))))))))..)).))))))))). ( -32.70) >consensus _AACUGGAUGUACAGUAC_CAUUAACACUAUGAUCUAUUUA__GAUCCAAAGGGGAUACUCACCAGUCUCCUUCAUCAUUUUCUCAUCGUCGGUGAGGAAGGUGAGGGGUGGGGGGA ..((((......))))...............((((........))))...........(((.(((...(((((((((..((((((((.....)))))))))))))))))))).))). (-22.35 = -23.38 + 1.03)
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