Locus 6986

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 18,858,411 – 18,858,528
Length 117
Max. P 0.602282
window11335

overview

Window 5

Location 18,858,411 – 18,858,528
Length 117
Sequences 6
Columns 117
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 88.77
Mean single sequence MFE -29.36
Consensus MFE -24.64
Energy contribution -24.92
Covariance contribution 0.28
Combinations/Pair 1.23
Mean z-score -1.72
Structure conservation index 0.84
SVM decision value 0.14
SVM RNA-class probability 0.602282
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 18858411 117 - 23771897
CAAGUGCAUUUAUGCGUGGGAACCGCUGGAACAAUUUUGACGGCCAUCCGUUAUCGGUUCUCACCAUGUUAACGUAGCAUUUACCACUUAGUUGAUUCUGUUAUGCAUAUUGUAUAA
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>DroSec_CAF1 23326 117 - 1
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>DroSim_CAF1 23493 117 - 1
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>DroEre_CAF1 23656 116 - 1
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>DroYak_CAF1 24005 117 - 1
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>DroAna_CAF1 23955 111 - 1
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>consensus
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alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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