| Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 2,088,966 – 2,089,086 |
| Length | 120 |
| Max. P | 0.997139 |
| Location | 2,088,966 – 2,089,086 |
|---|---|
| Length | 120 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 87.17 |
| Mean single sequence MFE | -51.83 |
| Consensus MFE | -45.85 |
| Energy contribution | -46.10 |
| Covariance contribution | 0.25 |
| Combinations/Pair | 1.23 |
| Mean z-score | -3.91 |
| Structure conservation index | 0.88 |
| SVM decision value | 2.80 |
| SVM RNA-class probability | 0.997139 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 2088966 120 - 23771897 CGGUGAAGUGGCCAUCGAGGCACAGUUGAACGUGUUGGAAAAGGAACAAGUUGUCGCACCACAAUUUGUUCAACGUUUUAGCACCAUGACUGUGCGCGAAGGCGAACCGAUCACCAUGAG .(((((.((.(((.(((..(((((((((...(((((((((...(((((((((((......)))))))))))....)))))))))..))))))))).))).)))..))...)))))..... ( -51.20) >DroVir_CAF1 166671 120 - 1 CGGUGAGGUUGCCAUCGAGGCACAACUGCAUGUGCUGGAGAAAGAGCAAGUUGUCGCACCACAAUUUGUUCAACGCUUCAGCACGAUGACUGUGCGCGAGGGUGAGCCCAUCAGCAUGAG .((((.(((((((.(((..(((((....((((((((((((...(((((((((((......)))))))))))....))))))))).)))..))))).))).))).))))))))........ ( -53.10) >DroGri_CAF1 141309 120 - 1 CGGUGAGGUGGCCAUCGAGGCGCAGUUGCAUGUGCUGGAGAAGGAGCAAGUUGUCGCACCACAAUUUGUUCAACGCUUCAGCACGAUGACUGUGCGCGAGGGUGAACCAAUCACGAUGAG ..(((((((.(((.(((..((((((((...((((((((((...(((((((((((......)))))))))))....))))))))))..)))))))).))).)))..)))..))))...... ( -56.40) >DroWil_CAF1 185471 120 - 1 CGGCGAGGUCGCCAUCGAGGCGCAGUUAAAUGUGUUGGAGAAGGAACAAGUUGUCGCACCACAAUUCGUUCAACGAUUCAGCACCAUGACUGUGCGCGAGGGCGAACCAAUUAGCAUGAG ..((..(((((((.(((..(((((((((...((((((((....((((.((((((......)))))).)))).....))))))))..))))))))).))).)))).))).....))..... ( -48.80) >DroYak_CAF1 143576 120 - 1 UGGUGAAGUUGCCAUCGAGGCACAGUUAAACGUGUUGGAAAAGGAACAGGUUGUCGCACCACAAUUUGUCCAGCGUUUCAGCACCAUGACUGUACGCGAGGGUGAACCGAUCACCAUGAG ((((((..(..((.(((.(..(((((((...(((((((((..(((.((((((((......)))))))))))....)))))))))..))))))).).))).))..).....)))))).... ( -44.90) >DroMoj_CAF1 145112 120 - 1 UGGUGAGGUGGCCAUCGAGGCGCCGCUGCAUGUGCUGGAGAAGGAGCAGGUUGUCGCACCACAAUUUGUGCAGCGCUUCAGCACGAUGACAGUGCGCGAGGGUGAGCCCAUCACCAUGAG ((((((.(.(((((((...((((.((((((((((((((((...(.(((((((((......))))))))).)....))))))))).))).))))))))...)))).)))).)))))).... ( -56.60) >consensus CGGUGAGGUGGCCAUCGAGGCACAGUUGAAUGUGCUGGAGAAGGAACAAGUUGUCGCACCACAAUUUGUUCAACGCUUCAGCACCAUGACUGUGCGCGAGGGUGAACCAAUCACCAUGAG .((((((((.(((.(((..(((((((((...(((((((((...(((((((((((......)))))))))))....)))))))))..))))))))).))).)))..)))..)))))..... (-45.85 = -46.10 + 0.25)
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